[日本語] English
万見
- EMDB-37637: Structural basis for the nucleosome binding and chromatin compact... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37637
タイトルStructural basis for the nucleosome binding and chromatin compaction by the linker histone H5
マップデータGlobular domain of linker histone H5 bound to mono-nucleosome with 177 bp DNA.
試料
  • 複合体: The complex of the H5 globular domain binding to the mono-nucleosome.
    • 複合体: Histone H5
    • 複合体: Core Histones
    • 複合体: 601 DNA
キーワードChromatin Fiber / Histone / DNA / Linker Histone / Nucleosome / Epigenetics / Genome Folding / Interaction / GENE REGULATION
生物種Gallus gallus (ニワトリ) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Li WY / Song F / Zhu P
資金援助 中国, 米国, 10件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA1300100 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31991161 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32230020 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32241029 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31730023 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31500606 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)62131004 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37010100 中国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)55008737 米国
Chinese Academy of Sciences153311KYSB20170020 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2024
タイトル: Structural basis for linker histone H5-nucleosome binding and chromatin fiber compaction.
著者: Wenyan Li / Jie Hu / Feng Song / Juan Yu / Xin Peng / Shuming Zhang / Lin Wang / Mingli Hu / Jia-Cheng Liu / Yu Wei / Xue Xiao / Yan Li / Dongyu Li / Hui Wang / Bing-Rui Zhou / Linchang Dai / ...著者: Wenyan Li / Jie Hu / Feng Song / Juan Yu / Xin Peng / Shuming Zhang / Lin Wang / Mingli Hu / Jia-Cheng Liu / Yu Wei / Xue Xiao / Yan Li / Dongyu Li / Hui Wang / Bing-Rui Zhou / Linchang Dai / Zongjun Mou / Min Zhou / Haonan Zhang / Zheng Zhou / Huidong Zhang / Yawen Bai / Jin-Qiu Zhou / Wei Li / Guohong Li / Ping Zhu /
要旨: The hierarchical packaging of chromatin fibers plays a critical role in gene regulation. The 30-nm chromatin fibers, a central-level structure bridging nucleosomal arrays to higher-order ...The hierarchical packaging of chromatin fibers plays a critical role in gene regulation. The 30-nm chromatin fibers, a central-level structure bridging nucleosomal arrays to higher-order organizations, function as the first level of transcriptional dormant chromatin. The dynamics of 30-nm chromatin fiber play a crucial role in biological processes related to DNA. Here, we report a 3.6-angstrom resolution cryogenic electron microscopy structure of H5-bound dodecanucleosome, i.e., the chromatin fiber reconstituted in the presence of linker histone H5, which shows a two-start left-handed double helical structure twisted by tetranucleosomal units. An atomic structural model of the H5-bound chromatin fiber, including an intact chromatosome, is built, which provides structural details of the full-length linker histone H5, including its N-terminal domain and an HMG-motif-like C-terminal domain. The chromatosome structure shows that H5 binds the nucleosome off-dyad through a three-contact mode in the chromatin fiber. More importantly, the H5-chromatin structure provides a fine molecular basis for the intra-tetranucleosomal and inter-tetranucleosomal interactions. In addition, we systematically validated the physiological functions and structural characteristics of the tetranucleosomal unit through a series of genetic and genomic studies in Saccharomyces cerevisiae and in vitro biophysical experiments. Furthermore, our structure reveals that multiple structural asymmetries of histone tails confer a polarity to the chromatin fiber. These findings provide structural and mechanistic insights into how a nucleosomal array folds into a higher-order chromatin fiber with a polarity in vitro and in vivo.
履歴
登録2023年10月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_37637.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37637.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 45.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Globular domain of linker histone H5 bound to mono-nucleosome with 177 bp DNA.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 228 pix.
= 237.12 Å		1.04 Å/pix.
x 228 pix.
= 237.12 Å		1.04 Å/pix.
x 228 pix.
= 237.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.268
最小 - 最大-1.125234 - 2.0012674
平均 (標準偏差)0.0036521642 (±0.073950335)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ228228228
Spacing228228228
セルA=B=C: 237.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half map 2.

ファイルemd_37637_half_map_1.map
注釈Half map 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 1.

ファイルemd_37637_half_map_2.map
注釈Half map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : The complex of the H5 globular domain binding to the mono-nucleosome.

全体名称: The complex of the H5 globular domain binding to the mono-nucleosome.
要素
  • 複合体: The complex of the H5 globular domain binding to the mono-nucleosome.
    • 複合体: Histone H5
    • 複合体: Core Histones
    • 複合体: 601 DNA

-
超分子 #1: The complex of the H5 globular domain binding to the mono-nucleosome.

超分子名称: The complex of the H5 globular domain binding to the mono-nucleosome.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1

-
超分子 #2: Histone H5

超分子名称: Histone H5 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 詳細: Globular domain of histone H5.
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)

-
超分子 #3: Core Histones

超分子名称: Core Histones / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 詳細: Octameric core histones H2A, H2B, H3 and H4.
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

-
超分子 #4: 601 DNA

超分子名称: 601 DNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 詳細: 12x177 bp tandem repeats of the Widom 601 DNA.
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2nqb

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 45705
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る