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万見
- EMDB-37579: Cryo-EM structure of URAT1(R477S) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37579
タイトルCryo-EM structure of URAT1(R477S)
マップデータ
試料
  • 細胞: Cryo-EM structure of URAT1(R477S)
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 22 member 12
キーワードSLC / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC22A12 causes renal hypouricemia 1 (RHUC1) / Organic anion transport / urate transport / renal urate salt excretion / urate metabolic process / urate transmembrane transporter activity / organic anion transport / cellular homeostasis / monoatomic ion transport / PDZ domain binding ...Defective SLC22A12 causes renal hypouricemia 1 (RHUC1) / Organic anion transport / urate transport / renal urate salt excretion / urate metabolic process / urate transmembrane transporter activity / organic anion transport / cellular homeostasis / monoatomic ion transport / PDZ domain binding / brush border membrane / cellular response to insulin stimulus / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 22 member 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Qian HW / He JJ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other privateKY9100000034 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the transport and substrate selection of human urate transporter 1.
著者: Jingjing He / Guoyun Liu / Fang Kong / Qiulong Tan / Zhenzhou Wang / Meng Yang / Yonglin He / Xiaoxiao Jia / Chuangye Yan / Chao Wang / Hongwu Qian /
要旨: High serum urate levels are the major risk factor for gout. URAT1, the primary transporter for urate absorption in the kidneys, is well known as an anti-hyperuricemia drug target. However, the ...High serum urate levels are the major risk factor for gout. URAT1, the primary transporter for urate absorption in the kidneys, is well known as an anti-hyperuricemia drug target. However, the clinical application of URAT1-targeted drugs is limited because of their low specificity and severe side effects. The lack of structural information impedes elucidation of the transport mechanism and the development of new drugs. Here, we present the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of human URAT1(R477S), its complex with urate, and its closely related homolog OAT4. URAT1(R477S) and OAT4 exhibit major facilitator superfamily (MFS) folds with outward- and inward-open conformations, respectively. Structural comparison reveals a 30° rotation between the N-terminal and C-terminal domains, supporting an alternating access mechanism. A conserved arginine (OAT4-Arg473/URAT1-Arg477) is found to be essential for chloride-mediated inhibition. The URAT1(R477S)-urate complex reveals the specificity of urate recognition. Taken together, our study promotes our understanding of the transport mechanism and substrate selection of URAT1.
履歴
登録2023年9月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月28日-
マップ公開2024年8月28日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37579.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37579.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 180 pix.
= 192.6 Å		1.07 Å/pix.
x 180 pix.
= 192.6 Å		1.07 Å/pix.
x 180 pix.
= 192.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.796
最小 - 最大-4.3089576 - 6.368349
平均 (標準偏差)0.0035022488 (±0.16682889)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 192.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37579_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37579_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of URAT1(R477S)

全体名称: Cryo-EM structure of URAT1(R477S)
要素
  • 細胞: Cryo-EM structure of URAT1(R477S)
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 22 member 12

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超分子 #1: Cryo-EM structure of URAT1(R477S)

超分子名称: Cryo-EM structure of URAT1(R477S) / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier family 22 member 12

分子名称: Solute carrier family 22 member 12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.027961 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAFSELLDLV GGLGRFQVLQ TMALMVSIMW LCTQSMLENF SAAVPSHRCW APLLDNSTAQ ASILGSLSPE ALLAISIPPG PNQRPHQCR RFRQPQWQLL DPNATATSWS EADTEPCVDG WVYDRSIFTS TIVAKWNLVC DSHALKPMAQ SIYLAGILVG A AACGPASD ...文字列:
MAFSELLDLV GGLGRFQVLQ TMALMVSIMW LCTQSMLENF SAAVPSHRCW APLLDNSTAQ ASILGSLSPE ALLAISIPPG PNQRPHQCR RFRQPQWQLL DPNATATSWS EADTEPCVDG WVYDRSIFTS TIVAKWNLVC DSHALKPMAQ SIYLAGILVG A AACGPASD RFGRRLVLTW SYLQMAVMGT AAAFAPAFPV YCLFRFLLAF AVAGVMMNTG TLLMEWTAAR ARPLVMTLNS LG FSFGHGL TAAVAYGVRD WTLLQLVVSV PFFLCFLYSW WLAESARWLL TTGRLDWGLQ ELWRVAAING KGAVQDTLTP EVL LSAMRE ELSMGQPPAS LGTLLRMPGL RFRTCISTLC WFAFGFTFFG LALDLQALGS NIFLLQMFIG VVDIPAKMGA LLLL SHLGR RPTLAASLLL AGLCILANTL VPHEMGALRS ALAVLGLGGV GAAFTCITIY SSELFPTVLR MTAVGLGQMA ASGGA ILGP LVRLLGVHGP WLPLLVYGTV PVLSGLAALL LPETQSLPLP DTIQDVQNQA VKKA

UniProtKB: Solute carrier family 22 member 12

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 838720
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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