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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3755 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of Tick-borne encephalitis virus complexed with Fab fragment of neutralizing antibody 19/1786 at pH 5.8 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR) (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 19.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Fuzik T / Plevka P | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structure of tick-borne encephalitis virus and its neutralization by a monoclonal antibody. 著者: Tibor Füzik / Petra Formanová / Daniel Růžek / Kentaro Yoshii / Matthias Niedrig / Pavel Plevka / 要旨: Tick-borne encephalitis virus (TBEV) causes 13,000 cases of human meningitis and encephalitis annually. However, the structure of the TBEV virion and its interactions with antibodies are unknown. ...Tick-borne encephalitis virus (TBEV) causes 13,000 cases of human meningitis and encephalitis annually. However, the structure of the TBEV virion and its interactions with antibodies are unknown. Here, we present cryo-EM structures of the native TBEV virion and its complex with Fab fragments of neutralizing antibody 19/1786. Flavivirus genome delivery depends on membrane fusion that is triggered at low pH. The virion structure indicates that the repulsive interactions of histidine side chains, which become protonated at low pH, may contribute to the disruption of heterotetramers of the TBEV envelope and membrane proteins and induce detachment of the envelope protein ectodomains from the virus membrane. The Fab fragments bind to 120 out of the 180 envelope glycoproteins of the TBEV virion. Unlike most of the previously studied flavivirus-neutralizing antibodies, the Fab fragments do not lock the E-proteins in the native-like arrangement, but interfere with the process of virus-induced membrane fusion. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3755.map.gz | 46.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3755-v30.xml emd-3755.xml | 14.6 KB 14.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3755_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3755.png | 256.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3755 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3755 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3755_validation.pdf.gz | 279.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3755_full_validation.pdf.gz | 279 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3755_validation.xml.gz | 10.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3755 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3755 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3755.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR)
全体 | 名称: Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR) (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR)
超分子 | 名称: Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 70733 / 生物種: Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Mature particle / 直径: 500.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 5.8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: NITROGEN / 前処理 - 気圧: 0.007 kPa | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Wait time: 10 s Blot time: 2 s Blot force: -2 Drain time: 0 s. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2369 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 22.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 75000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: OTHER |
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