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- EMDB-37537: Structure of DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with D... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37537
タイトルStructure of DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with DDM1 bound to SHL2 and SHL-2
マップデータDDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with DDM1 bound to SHL2 and SHL-2
試料
  • 複合体: DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with DDM1 bound to SHL2 and SHL-2
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A.6
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B.6
    • DNA: DNA (sense strand)
    • DNA: DNA (antisense strand)
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent DNA helicase DDM1
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードcomplex / nucleosome / chromatin remodeling / structural protein-hydrolase-dna complex / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-mediated transformation / retrotransposition / chloroplast thylakoid / chromocenter / response to water deprivation / plasmodesma / plant-type vacuole / thylakoid / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / ATP-dependent chromatin remodeler activity ...DNA-mediated transformation / retrotransposition / chloroplast thylakoid / chromocenter / response to water deprivation / plasmodesma / plant-type vacuole / thylakoid / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / ATP-dependent chromatin remodeler activity / chloroplast stroma / plastid / DNA helicase activity / epigenetic regulation of gene expression / chloroplast / response to bacterium / heterochromatin formation / response to wounding / structural constituent of chromatin / nucleosome / peroxisome / DNA helicase / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / nucleolus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / extracellular region / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
HELLS, N-terminal / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. ...HELLS, N-terminal / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / Histone H2A / Histone 2A / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Helicase conserved C-terminal domain / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B.6 / Histone H3.1 / Histone H4 / Histone H2A.6 / ATP-dependent DNA helicase DDM1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.05 Å
データ登録者Liu Y / Zhang Z / Du J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2024
タイトル: Molecular basis of chromatin remodelling by DDM1 involved in plant DNA methylation.
著者: Yue Liu / Zhihui Zhang / Hongmiao Hu / Wei Chen / Fan Zhang / Qian Wang / Changshi Wang / Kaige Yan / Jiamu Du /
要旨: Eukaryotic gene regulation occurs at the chromatin level, which requires changing the chromatin structure by a group of ATP-dependent DNA translocases-namely, the chromatin remodellers. In plants, ...Eukaryotic gene regulation occurs at the chromatin level, which requires changing the chromatin structure by a group of ATP-dependent DNA translocases-namely, the chromatin remodellers. In plants, chromatin remodellers function in various biological processes and possess both conserved and plant-specific components. DECREASE IN DNA METHYLATION 1 (DDM1) is a plant chromatin remodeller that plays a key role in the maintenance DNA methylation. Here we determined the structures of Arabidopsis DDM1 in complex with nucleosome in ADP-BeF-bound, ADP-bound and nucleotide-free conformations. We show that DDM1 specifically recognizes the H4 tail and nucleosomal DNA. The conformational differences between ADP-BeF-bound, ADP-bound and nucleotide-free DDM1 suggest a chromatin remodelling cycle coupled to ATP binding, hydrolysis and ADP release. This, in turn, triggers conformational changes in the DDM1-bound nucleosomal DNA, which alters the nucleosome structure and promotes DNA sliding. Together, our data reveal the molecular basis of chromatin remodelling by DDM1.
履歴
登録2023年9月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月17日-
マップ公開2024年4月17日-
更新2024年4月17日-
現状2024年4月17日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37537.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37537.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with DDM1 bound to SHL2 and SHL-2
投影像・断面図

画像のコントロール

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 218.88 Å		0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 218.88 Å		0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 218.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008
最小 - 最大-0.024935551 - 0.052177858
平均 (標準偏差)0.000388745 (±0.0023694013)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 218.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half1 map of DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx...

ファイルemd_37537_half_map_1.map
注釈Half1 map of DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with DDM1 bound to SHL2 and SHL-2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half2 map of DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx...

ファイルemd_37537_half_map_2.map
注釈Half2 map of DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with DDM1 bound to SHL2 and SHL-2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with DDM1 bound to ...

全体名称: DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with DDM1 bound to SHL2 and SHL-2
要素
  • 複合体: DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with DDM1 bound to SHL2 and SHL-2
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A.6
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B.6
    • DNA: DNA (sense strand)
    • DNA: DNA (antisense strand)
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent DNA helicase DDM1
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with DDM1 bound to ...

超分子名称: DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with DDM1 bound to SHL2 and SHL-2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 376 KDa

+
分子 #1: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 15.300968 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RFRPGTVALR EIRKYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VAALQEAAEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.1

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 11.436467 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK IFLENVIRDA VTYTEHARRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #3: Histone H2A.6

分子名称: Histone H2A.6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 13.680854 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAGRGKTLGS GGAKKATSRS SKAGLQFPVG RIARFLKAGK YAERVGAGAP VYLAAVLEYL AAEVLELAGN AARDNKKTRI VPRHIQLAV RNDEELSKLL GDVTIANGGV MPNIHNLLLP KKAGASKPQE D

UniProtKB: Histone H2A.6

+
分子 #4: Histone H2B.6

分子名称: Histone H2B.6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 16.474459 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAPRAEKKPA EKKPAAEKPV EEKSKAEKAP AEKKPKAGKK LPKEAGAGGD KKKKMKKKSV ETYKIYIFKV LKQVHPDIGI SSKAMGIMN SFINDIFEKL ASESSKLARY NKKPTITSRE IQTAVRLVLP GELAKHAVSE GTKAVTKFTS S

UniProtKB: Histone H2B.6

+
分子 #7: ATP-dependent DNA helicase DDM1

分子名称: ATP-dependent DNA helicase DDM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 86.844836 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SMVSLRSRKV IPASEMVSDG KTEKDASGDS PTSVLNEEEN CEEKSVTVVE EEILLAKNGD SSLISEAMAQ EEEQLLKLRE DEEKANNAG SAVAPNLNET QFTKLDELLT QTQLYSEFLL EKMEDITING IESESQKAEP EKTGRGRKRK AASQYNNTKA K RAVAAMIS ...文字列:
SMVSLRSRKV IPASEMVSDG KTEKDASGDS PTSVLNEEEN CEEKSVTVVE EEILLAKNGD SSLISEAMAQ EEEQLLKLRE DEEKANNAG SAVAPNLNET QFTKLDELLT QTQLYSEFLL EKMEDITING IESESQKAEP EKTGRGRKRK AASQYNNTKA K RAVAAMIS RSKEDGETIN SDLTEEETVI KLQNELCPLL TGGQLKSYQL KGVKWLISLW QNGLNGILAD QMGLGKTIQT IG FLSHLKG NGLDGPYLVI APLSTLSNWF NEIARFTPSI NAIIYHGDKN QRDELRRKHM PKTVGPKFPI VITSYEVAMN DAK RILRHY PWKYVVIDEG HRLKNHKCKL LRELKHLKMD NKLLLTGTPL QNNLSELWSL LNFILPDIFT SHDEFESWFD FSEK NKNEA TKEEEEKRRA QVVSKLHGIL RPFILRRMKC DVELSLPRKK EIIMYATMTD HQKKFQEHLV NNTLEAHLGE NAIRG QGWK GKLNNLVIQL RKNCNHPDLL QGQIDGSYLY PPVEEIVGQC GKFRLLERLL VRLFANNHKV LIFSQWTKLL DIMDYY FSE KGFEVCRIDG SVKLDERRRQ IKDFSDEKSS CSIFLLSTRA GGLGINLTAA DTCILYDSDW NPQMDLQAMD RCHRIGQ TK PVHVYRLSTA QSIETRVLKR AYSKLKLEHV VIGQGQFHQE RAKSSTPLEE EDILALLKED ETAEDKLIQT DISDADLD R LLDRSDLTIT APGETQAAEA FPVKGPGWEV VLPSSGGMLS SLNS

UniProtKB: ATP-dependent DNA helicase DDM1

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分子 #5: DNA (sense strand)

分子名称: DNA (sense strand) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.123758 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DG)(DA)(DT)

+
分子 #6: DNA (antisense strand)

分子名称: DNA (antisense strand) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.626043 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT) (DC)(DG)(DA)(DT)

+
分子 #8: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

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分子 #9: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 実像数: 6776 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 3898721
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 24191
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8wha:
Structure of DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with DDM1 bound to SHL2 and SHL-2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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