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万見
- EMDB-37506: mGlu2-mGlu4 heterodimer bound mGlu4 agonist E7P -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37506
タイトルmGlu2-mGlu4 heterodimer bound mGlu4 agonist E7P
マップデータ
試料
  • 複合体: mGlu2-mGlu4 heterodimer bound L-AP4
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 4
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 2
  • リガンド: (2S)-2-amino-4-phosphonobutanoic acid
キーワードGPCR / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / regulation of response to drug / group II metabotropic glutamate receptor activity / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / intracellular glutamate homeostasis / behavioral response to nicotine / neurotransmitter secretion / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of adenylate cyclase activity / astrocyte projection ...adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / regulation of response to drug / group II metabotropic glutamate receptor activity / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / intracellular glutamate homeostasis / behavioral response to nicotine / neurotransmitter secretion / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of adenylate cyclase activity / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate secretion / glutamate receptor activity / regulation of glutamate secretion / long-term synaptic depression / regulation of dopamine secretion / calcium channel regulator activity / regulation of neuron apoptotic process / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to cocaine / G protein-coupled receptor activity / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / presynapse / presynaptic membrane / gene expression / G alpha (i) signalling events / scaffold protein binding / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / axon / glutamatergic synapse / dendrite / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 4 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 2 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 4 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 2 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Metabotropic glutamate receptor 2 / Metabotropic glutamate receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.46 Å
データ登録者Zhang Y / Liu J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of allosteric activation in a metabotropic glutamate heterodimer
著者: Zhang Y / Liu J
履歴
登録2023年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37506.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37506.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 416 pix.
= 386.88 Å		0.93 Å/pix.
x 416 pix.
= 386.88 Å		0.93 Å/pix.
x 416 pix.
= 386.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.209
最小 - 最大-0.7462208 - 1.949532
平均 (標準偏差)0.0071454747 (±0.033173174)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 386.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : mGlu2-mGlu4 heterodimer bound L-AP4

全体名称: mGlu2-mGlu4 heterodimer bound L-AP4
要素
  • 複合体: mGlu2-mGlu4 heterodimer bound L-AP4
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 4
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 2
  • リガンド: (2S)-2-amino-4-phosphonobutanoic acid

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超分子 #1: mGlu2-mGlu4 heterodimer bound L-AP4

超分子名称: mGlu2-mGlu4 heterodimer bound L-AP4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Metabotropic glutamate receptor 4

分子名称: Metabotropic glutamate receptor 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 98.36532 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: KPKGHPHMNS IRIDGDITLG GLFPVHGRGS EGKPCGELKK EKGIHRLEAM LFALDRINND PDLLPNITLG ARILDTCSRD THALEQSLT FVQALIEKDG TEVRCGSGGP PIITKPERVV GVIGASGSSV SIMVANILRL FKIPQISYAS TAPDLSDNSR Y DFFSRVVP ...文字列:
KPKGHPHMNS IRIDGDITLG GLFPVHGRGS EGKPCGELKK EKGIHRLEAM LFALDRINND PDLLPNITLG ARILDTCSRD THALEQSLT FVQALIEKDG TEVRCGSGGP PIITKPERVV GVIGASGSSV SIMVANILRL FKIPQISYAS TAPDLSDNSR Y DFFSRVVP SDTYQAQAMV DIVRALKWNY VSTVASEGSY GESGVEAFIQ KSREDGGVCI AQSVKIPREP KAGEFDKIIR RL LETSNAR AVIIFANEDD IRRVLEAARR ANQTGHFFWM GSDSWGSKIA PVLHLEEVAE GAVTILPKRM SVRGFDRYFS SRT LDNNRR NIWFAEFWED NFHCKLSRHA LKKGSHVKKC TNRERIGQDS AYEQEGKVQF VIDAVYAMGH ALHAMHRDLC PGRV GLCPR MDPVDGTQLL KYIRNVNFSG IAGNPVTFNE NGDAPGRYDI YQYQLRNDSA EYKVIGSWTD HLHLRIERMH WPGSG QQLP RSICSLPCQP GERKKTVKGM PCCWHCEPCT GYQYQVDRYT CKTCPYDMRP TENRTGCRPI PIIKLEWGSP WAVLPL FLA VVGIAATLFV VITFVRYNDT PIVKASGREL SYVLLAGIFL CYATTFLMIA EPDLGTCSLR RIFLGLGMSI SYAALLT KT NRIYRIFEQG KRSVSAPRFI SPASQLAITF SLISLQLLGI CVWFVVDPSH SVVDFQDQRT LDPRFARGVL KCDISDLS L ICLLGYSMLL MVTCTVYAIK TRGVPETFNE AKPIGFTMYT TCIVWLAFIP IFFGTSQSAD KLYIQTTTLT VSVSLSASV SLGMLYMPKV YIILFHPEQN VPKRKRSLKA VVTAATMSNK FTQKGNFRPN GEAKSELCEN LEAPALATKQ TYVTYTNHAI

UniProtKB: Metabotropic glutamate receptor 4

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分子 #2: Metabotropic glutamate receptor 2

分子名称: Metabotropic glutamate receptor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 93.861367 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EGPAKKVLTL EGDLVLGGLF PVHQKGGPAE DCGPVNEHRG IQRLEAMLFA LDRINRDPHL LPGVRLGAHI LDSCSKDTHA LEQALDFVR ASLSRGADGS RHICPDGSYA THGDAPTAIT GVIGGSYSDV SIQVANLLRL FQIPQISYAS TSAKLSDKSR Y DYFARTVP ...文字列:
EGPAKKVLTL EGDLVLGGLF PVHQKGGPAE DCGPVNEHRG IQRLEAMLFA LDRINRDPHL LPGVRLGAHI LDSCSKDTHA LEQALDFVR ASLSRGADGS RHICPDGSYA THGDAPTAIT GVIGGSYSDV SIQVANLLRL FQIPQISYAS TSAKLSDKSR Y DYFARTVP PDFFQAKAMA EILRFFNWTY VSTVASEGDY GETGIEAFEL EARARNICVA TSEKVGRAMS RAAFEGVVRA LL QKPSARV AVLFTRSEDA RELLAASQRL NASFTWVASD GWGALESVVA GSEGAAEGAI TIELASYPIS DFASYFQSLD PWN NSRNPW FREFWEQRFR CSFRQRDCAA HSLRAVPFEQ ESKIMFVVNA VYAMAHALHN MHRALCPNTT RLCDAMRPVN GRRL YKDFV LNVKFDAPFR PADTHNEVRF DRFGDGIGRY NIFTYLRAGS GRYRYQKVGY WAEGLTLDTS LIPWASPSAG PLPAS RCSE PCLQNEVKSV QPGEVCCWLC IPCQPYEYRL DEFTCADCGL GYWPNASLTG CFELPQEYIR WGDAWAVGPV TIACLG ALA TLFVLGVFVR HNATPVVKAS GRELCYILLG GVFLCYCMTF IFIAKPSTAV CTLRRLGLGT AFSVCYSALL TKTNRIA RI FGGAREGAQR PRFISPASQV AICLALISGQ LLIVVAWLVV EAPGTGKETA PERREVVTLR CNHRDASMLG SLAYNVLL I ALCTLYAFKT RKCPENFNEA KFIGFTMYTT CIIWLAFLPI FYVTSSDYRV QTTTMCVSVS LSGSVVLGCL FAPKLHIIL FQPQKNVVSH RAPTSRFGSA AARASSSLGQ GSGSQFVPTV CNGREVVDST TSSL

UniProtKB: Metabotropic glutamate receptor 2

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分子 #3: (2S)-2-amino-4-phosphonobutanoic acid

分子名称: (2S)-2-amino-4-phosphonobutanoic acid / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: E7P
分子量理論値: 183.1 Da
Chemical component information

ChemComp-E7P:
(2S)-2-amino-4-phosphonobutanoic acid / L-AP4 / アゴニスト*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 112924
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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