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- EMDB-37492: human glycine transporter 1 in complex with glycine in occluded c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37492
タイトルhuman glycine transporter 1 in complex with glycine in occluded conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: human glycine transporter 1 (GlyT1)
    • タンパク質・ペプチド: Isoform GlyT-1B of Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1
  • リガンド: GLYCINE
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water
キーワードGlyT1 / glycine / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine:sodium symporter activity / regulation of synaptic transmission, glycinergic / glycine transmembrane transporter activity / negative regulation of NMDA glutamate receptor activity / positive regulation of heme biosynthetic process / glycine import across plasma membrane / glycine transport / synaptic transmission, glycinergic / positive regulation of hemoglobin biosynthetic process / dense core granule ...glycine:sodium symporter activity / regulation of synaptic transmission, glycinergic / glycine transmembrane transporter activity / negative regulation of NMDA glutamate receptor activity / positive regulation of heme biosynthetic process / glycine import across plasma membrane / glycine transport / synaptic transmission, glycinergic / positive regulation of hemoglobin biosynthetic process / dense core granule / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / parallel fiber to Purkinje cell synapse / neurotransmitter transport / transport across blood-brain barrier / lateral plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / basal plasma membrane / synaptic vesicle membrane / presynaptic membrane / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / postsynaptic density / endosome / apical plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter, glycine, type 1 / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Wei Y / Zhao Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92157102 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Transport mechanism and pharmacology of the human GlyT1.
著者: Yiqing Wei / Renjie Li / Yufei Meng / Tuo Hu / Jun Zhao / Yiwei Gao / Qinru Bai / Na Li / Yan Zhao /
要旨: The glycine transporter 1 (GlyT1) plays a crucial role in the regulation of both inhibitory and excitatory neurotransmission by removing glycine from the synaptic cleft. Given its close association ...The glycine transporter 1 (GlyT1) plays a crucial role in the regulation of both inhibitory and excitatory neurotransmission by removing glycine from the synaptic cleft. Given its close association with glutamate/glycine co-activated NMDA receptors (NMDARs), GlyT1 has emerged as a central target for the treatment of schizophrenia, which is often linked to hypofunctional NMDARs. Here, we report the cryo-EM structures of GlyT1 bound with substrate glycine and drugs ALX-5407, SSR504734, and PF-03463275. These structures, captured at three fundamental states of the transport cycle-outward-facing, occluded, and inward-facing-enable us to illustrate a comprehensive blueprint of the conformational change associated with glycine reuptake. Additionally, we identified three specific pockets accommodating drugs, providing clear insights into the structural basis of their inhibitory mechanism and selectivity. Collectively, these structures offer significant insights into the transport mechanism and recognition of substrate and anti-schizophrenia drugs, thus providing a platform to design small molecules to treat schizophrenia.
履歴
登録2023年9月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月3日-
マップ公開2024年4月3日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37492.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37492.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.9
最小 - 最大-3.1582139 - 4.1051273
平均 (標準偏差)-0.0009177096 (±0.06687107)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 272.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37492_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37492_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human glycine transporter 1 (GlyT1)

全体名称: human glycine transporter 1 (GlyT1)
要素
  • 複合体: human glycine transporter 1 (GlyT1)
    • タンパク質・ペプチド: Isoform GlyT-1B of Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1
  • リガンド: GLYCINE
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: human glycine transporter 1 (GlyT1)

超分子名称: human glycine transporter 1 (GlyT1) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Isoform GlyT-1B of Sodium- and chloride-dependent glycine transpo...

分子名称: Isoform GlyT-1B of Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 63.769484 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RGNWGNQIEF VLTSVGYAVG LGNVWRFPYL CYRNAGGAFM FPYFIMLIFC GIPLFFMELS FGQFASQGCL GVWRISPMFK GVGYGMMVV STYIGIYYNV VICIAFYYFF SSMTHVLPWA YCNNPWNTHD CAGVLDASNL TNGSRPAALP SNLSHLLNHS L QRTSPSEE ...文字列:
RGNWGNQIEF VLTSVGYAVG LGNVWRFPYL CYRNAGGAFM FPYFIMLIFC GIPLFFMELS FGQFASQGCL GVWRISPMFK GVGYGMMVV STYIGIYYNV VICIAFYYFF SSMTHVLPWA YCNNPWNTHD CAGVLDASNL TNGSRPAALP SNLSHLLNHS L QRTSPSEE YWRLYVLKLS DDIGNFGEVR LPLLGCLGVS WLVVFLCLIR GVKSSGKVVY FTATFPYVVL TILFVRGVTL EG AFDGIMY YLTPQWDKIL AAKVWGDAAS QIFYSLGCAW GGLITMASYN KFHNNCYRDS VIISITNCAT SVYAGFVIFS ILG FMANHL GVDVSRVADH GPGLAFVAYP EALTLLPISP LWSLLFFFML ILLGLGTQFC LLETLVTAIV DEVGNEWILQ KKTY VTLGV AVAGFLLGIP LTSQAGIYWL LLMDNYAASF SLVVISCIMC VAIMYIYGHR NYFQDIQMML GFPPPLFFQI CWRFV SPAI IFFILVFTVI QYPITAYNHY QYPGWAVAIG FLMALSSVLC IPLYAMFRLC RTDGADLLQR LKNATKPSRD WGPALL EHR TGRYAP

UniProtKB: Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1

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分子 #2: GLYCINE

分子名称: GLYCINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: GLY
分子量理論値: 75.067 Da
Chemical component information

ChemComp-GLY:
GLYCINE / グリシン

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分子 #3: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #4: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 37 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 129157
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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