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- EMDB-37444: Cryo-EM structure of PAO1-ImcA with GMPCPP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37444
タイトルCryo-EM structure of PAO1-ImcA with GMPCPP
マップデータ
試料
  • 複合体: GGDEF domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Diguanylate cyclase
  • リガンド: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードGGDEF domain / diguanylate cyclase activity / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


diguanylate cyclase / nucleotidyltransferase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
diguanylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhan XL / Zhang K / Wang CC / Fan Q / Tang XJ / Zhang X / Wang K / Fu Y / Liang HH
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A c-di-GMP signaling module controls responses to iron in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Xueliang Zhan / Kuo Zhang / Chenchen Wang / Qiao Fan / Xiujia Tang / Xi Zhang / Ke Wang / Yang Fu / Haihua Liang /
要旨: Cyclic dimeric guanosine monophosphate (c-di-GMP) serves as a bacterial second messenger that modulates various processes including biofilm formation, motility, and host-microbe symbiosis. Numerous ...Cyclic dimeric guanosine monophosphate (c-di-GMP) serves as a bacterial second messenger that modulates various processes including biofilm formation, motility, and host-microbe symbiosis. Numerous studies have conducted comprehensive analysis of c-di-GMP. However, the mechanisms by which certain environmental signals such as iron control intracellular c-di-GMP levels are unclear. Here, we show that iron regulates c-di-GMP levels in Pseudomonas aeruginosa by modulating the interaction between an iron-sensing protein, IsmP, and a diguanylate cyclase, ImcA. Binding of iron to the CHASE4 domain of IsmP inhibits the IsmP-ImcA interaction, which leads to increased c-di-GMP synthesis by ImcA, thus promoting biofilm formation and reducing bacterial motility. Structural characterization of the apo-CHASE4 domain and its binding to iron allows us to pinpoint residues defining its specificity. In addition, the cryo-electron microscopy structure of ImcA in complex with a c-di-GMP analog (GMPCPP) suggests a unique conformation in which the compound binds to the catalytic pockets and to the membrane-proximal side located at the cytoplasm. Thus, our results indicate that a CHASE4 domain directly senses iron and modulates the crosstalk between c-di-GMP metabolic enzymes.
履歴
登録2023年9月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月13日-
マップ公開2024年3月13日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37444.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37444.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.67 Å/pix.
x 360 pix.
= 240.48 Å		0.67 Å/pix.
x 360 pix.
= 240.48 Å		0.67 Å/pix.
x 360 pix.
= 240.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.668 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.0039323727 - 2.1158953
平均 (標準偏差)0.0017142722 (±0.029541744)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 240.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37444_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37444_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GGDEF domain-containing protein

全体名称: GGDEF domain-containing protein
要素
  • 複合体: GGDEF domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Diguanylate cyclase
  • リガンド: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: GGDEF domain-containing protein

超分子名称: GGDEF domain-containing protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

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分子 #1: Diguanylate cyclase

分子名称: Diguanylate cyclase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 51.329805 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列: MGSDYDIPTT ENLYFQGSML ARDSLVQAGL PDNPYARQLR NGFRWLRFEK ELENEFREFL SWNSLMQRRA AIGVAFLIWA LFIVADWMM VDIRLHPSLF EQLLGVRLGM IGLLLVVWPA AFLPSLRKVG DAIAPYCLLL INLAVLACDV LFEWHGVPRF T QLGATLGI ...文字列:
MGSDYDIPTT ENLYFQGSML ARDSLVQAGL PDNPYARQLR NGFRWLRFEK ELENEFREFL SWNSLMQRRA AIGVAFLIWA LFIVADWMM VDIRLHPSLF EQLLGVRLGM IGLLLVVWPA AFLPSLRKVG DAIAPYCLLL INLAVLACDV LFEWHGVPRF T QLGATLGI LAVFFPLGLA FWACVRLALL CLALNLAVFL LFGGEENLRT NLLNTLYNGL VVLICSFALY LQDYAQREQF LG RRLLGMM AEQDSLTGLV NRRYYELLAQ RALEQGAREE KGVALILVDV DDFKAYNDHY GHPAGDAALR QLGVVLRQGA RRP LDIAAR LGGEEFAVLL YDSEEGNTLA IAERLRQAVE ALGIEHLGSS AGPCLTISLG VAYSTSGMGL DALYREADRA LYEA KDAGR NAVRVAFRQH DRLEGSFLSA WSHPQFEKGG GSGGGSGGGS WSHPQFEKLE HHHHHH

UniProtKB: diguanylate cyclase

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分子 #2: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: G2P
分子量理論値: 521.208 Da
Chemical component information

ChemComp-G2P:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMPCPP / GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 205294
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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