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万見
- EMDB-37443: NSs filament formation determines RVFV pathogenesis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37443
タイトルNSs filament formation determines RVFV pathogenesis
マップデータEM map
試料
  • 複合体: The self-assembly of RVFV NSs protein
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein NS-S
キーワードSelf-assembly / helical structure / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Phlebovirus, non structural protein / Rift valley fever virus non structural protein-like / Rift valley fever virus non structural protein (NSs) like / Non-structural protein NS-S
機能・相同性情報
生物種Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Li H / Rao G / Cao S / Peng K
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC2303300 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Rift Valley fever virus coordinates the assembly of a programmable E3 ligase to promote viral replication.
著者: Huiling Li / Yulan Zhang / Guibo Rao / Chongtao Zhang / Zhenqiong Guan / Ziyan Huang / Shufen Li / Pierre-Yves Lozach / Sheng Cao / Ke Peng /
要旨: Viruses encode strategies to degrade cellular proteins to promote infection and pathogenesis. Here, we revealed that the non-structural protein NSs of Rift Valley fever virus forms a filamentous E3 ...Viruses encode strategies to degrade cellular proteins to promote infection and pathogenesis. Here, we revealed that the non-structural protein NSs of Rift Valley fever virus forms a filamentous E3 ligase to trigger efficient degradation of targeted proteins. Reconstitution in vitro and cryoelectron microscopy analysis with the 2.9-Å resolution revealed that NSs forms right-handed helical fibrils. The NSs filamentous oligomers associate with the cellular FBXO3 to form a remodeled E3 ligase. The NSs-FBXO3 E3 ligase targets the cellular TFIIH complex through the NSs-P62 interaction, leading to ubiquitination and proteasome-dependent degradation of the TFIIH complex. NSs-FBXO3-triggered TFIIH complex degradation resulted in robust inhibition of antiviral immunity and promoted viral pathogenesis in vivo. Furthermore, it is demonstrated that NSs can be programmed to target additional proteins for proteasome-dependent degradation, serving as a versatile targeted protein degrader. These results showed that a virulence factor forms a filamentous and programmable degradation machinery to induce organized degradation of cellular proteins to promote viral infection.
履歴
登録2023年9月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月18日-
マップ公開2024年9月18日-
更新2024年12月11日-
現状2024年12月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37443.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37443.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 256 pix.
= 243.2 Å		0.95 Å/pix.
x 256 pix.
= 243.2 Å		0.95 Å/pix.
x 256 pix.
= 243.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.17
最小 - 最大-0.81646717 - 1.4058331
平均 (標準偏差)0.005984196 (±0.0687474)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 243.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: EM half map

ファイルemd_37443_half_map_1.map
注釈EM half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: EM half map

ファイルemd_37443_half_map_2.map
注釈EM half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The self-assembly of RVFV NSs protein

全体名称: The self-assembly of RVFV NSs protein
要素
  • 複合体: The self-assembly of RVFV NSs protein
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein NS-S

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超分子 #1: The self-assembly of RVFV NSs protein

超分子名称: The self-assembly of RVFV NSs protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)

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分子 #1: Non-structural protein NS-S

分子名称: Non-structural protein NS-S / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
分子量理論値: 30.870221 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: HHHHHHGSGG DYFPVISVDL QSGRRVVSVE YIRGDGPPRI PYSMVGPCCV FLMHHRPSHE VRLRFSDFYN VGEFPYRVGL GDFASNVAP PPAKPFQRLI DLIGHMTLSD FTRFPNLKEA ISWPLGEPSL AFFDLSSTRV HRNDDIRRDQ IATLAMRSCK I TNDLEDSF ...文字列:
HHHHHHGSGG DYFPVISVDL QSGRRVVSVE YIRGDGPPRI PYSMVGPCCV FLMHHRPSHE VRLRFSDFYN VGEFPYRVGL GDFASNVAP PPAKPFQRLI DLIGHMTLSD FTRFPNLKEA ISWPLGEPSL AFFDLSSTRV HRNDDIRRDQ IATLAMRSCK I TNDLEDSF VGLHRMIVTE AILRGIDLCL LPGFDLMYEV AHVQCVRLLQ AAKEDISNAV VPNSALIALM EESLMLRSSL PS MMGRNNW IPVVPPIPDV EMESEEESDD DGFVEVD

UniProtKB: Non-structural protein NS-S

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 14.584 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 83.437 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 617585
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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