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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37420 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of non-structural protein 1 tetramer from dengue virus type 4 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | flavivirus / non-structural protein 1 / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | dengue virus type 4 (デング熱ウイルス) / Dengue virus 4 Philippines/H241/1956 (デング熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å | |||||||||
データ登録者 | Jiao HZ / Pan Q / Hu HL | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024 タイトル: The step-by-step assembly mechanism of secreted flavivirus NS1 tetramer and hexamer captured at atomic resolution. 著者: Qi Pan / Haizhan Jiao / Wanqin Zhang / Qiang Chen / Geshu Zhang / Jianhai Yu / Wei Zhao / Hongli Hu / 要旨: Flaviviruses encode a conserved, membrane-associated nonstructural protein 1 (NS1) with replication and immune evasion functions. The current knowledge of secreted NS1 (sNS1) oligomers is based on ...Flaviviruses encode a conserved, membrane-associated nonstructural protein 1 (NS1) with replication and immune evasion functions. The current knowledge of secreted NS1 (sNS1) oligomers is based on several low-resolution structures, thus hindering the development of drugs and vaccines against flaviviruses. Here, we revealed that recombinant sNS1 from flaviviruses exists in a dynamic equilibrium of dimer-tetramer-hexamer states. Two DENV4 hexameric NS1 structures and several tetrameric NS1 structures from multiple flaviviruses were solved at atomic resolution by cryo-EM. The stacking of the tetrameric NS1 and hexameric NS1 is facilitated by the hydrophobic β-roll and connector domains. Additionally, a triacylglycerol molecule located within the central cavity may play a role in stabilizing the hexamer. Based on differentiated interactions between the dimeric NS1, two distinct hexamer models (head-to-head and side-to-side hexamer) and the step-by-step assembly mechanisms of NS1 dimer into hexamer were proposed. We believe that our study sheds light on the understanding of the NS1 oligomerization and contributes to NS1-based therapies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37420.map.gz | 79 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37420-v30.xml emd-37420.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_37420_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_37420.png | 157.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37420.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_37420_additional_1.map.gz emd_37420_half_map_1.map.gz emd_37420_half_map_2.map.gz | 42 MB 77.6 MB 77.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37420 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37420 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37420_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37420_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37420_validation.xml.gz | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37420_validation.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37420 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37420 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wbcMC 8wbbC 8wbdC 8wbeC 8wbfC 8wbgC 8wbhC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37420.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_37420_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37420_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37420_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : dengue virus type 4 non-structural protein 1 tetramer
全体 | 名称: dengue virus type 4 non-structural protein 1 tetramer |
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要素 |
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-超分子 #1: dengue virus type 4 non-structural protein 1 tetramer
超分子 | 名称: dengue virus type 4 non-structural protein 1 tetramer タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: dengue virus type 4 (デング熱ウイルス) |
-分子 #1: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Dengue virus 4 Philippines/H241/1956 (デング熱ウイルス) 株: Philippines/H241/1956 |
分子量 | 理論値: 40.494758 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DTGCAVSWSG KELKCGSGIF VIDNVHTWTE QYKFQPESPA RLASAILNAH EDGVCGIRST TRLENIMWKQ ITNELNYVLW EGGHDLTVV AGDVKGVLSK GKRALAPPVN DLKYSWKTWG KAKIFTPEAK NSTFLIDGPD TSECPNERRA WNFLEVEDYG F GMFTTNIW ...文字列: DTGCAVSWSG KELKCGSGIF VIDNVHTWTE QYKFQPESPA RLASAILNAH EDGVCGIRST TRLENIMWKQ ITNELNYVLW EGGHDLTVV AGDVKGVLSK GKRALAPPVN DLKYSWKTWG KAKIFTPEAK NSTFLIDGPD TSECPNERRA WNFLEVEDYG F GMFTTNIW MKFREGSSEV CDHRLMSAAI KDQKAVHADM GYWIESSKNQ TWQIEKASLI EVKTCLWPKT HTLWSNGVLE SQ MLIPKAY AGPFSQHNYR QGYATQTVGP WHLGKLEIDF GECPGTTVTI QEDCDHRGPS LRTTTASGKL VTQWCCRSCT MPP LRFLGE DGCWYGMEIR PLSEKEENMV KSQVSAHHHH HH UniProtKB: Genome polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 105000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |