[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルThe step-by-step assembly mechanism of secreted flavivirus NS1 tetramer and hexamer captured at atomic resolution.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 18, Page eadm8275, Year 2024
掲載日2024年5月3日
著者Qi Pan / Haizhan Jiao / Wanqin Zhang / Qiang Chen / Geshu Zhang / Jianhai Yu / Wei Zhao / Hongli Hu /
PubMed 要旨Flaviviruses encode a conserved, membrane-associated nonstructural protein 1 (NS1) with replication and immune evasion functions. The current knowledge of secreted NS1 (sNS1) oligomers is based on ...Flaviviruses encode a conserved, membrane-associated nonstructural protein 1 (NS1) with replication and immune evasion functions. The current knowledge of secreted NS1 (sNS1) oligomers is based on several low-resolution structures, thus hindering the development of drugs and vaccines against flaviviruses. Here, we revealed that recombinant sNS1 from flaviviruses exists in a dynamic equilibrium of dimer-tetramer-hexamer states. Two DENV4 hexameric NS1 structures and several tetrameric NS1 structures from multiple flaviviruses were solved at atomic resolution by cryo-EM. The stacking of the tetrameric NS1 and hexameric NS1 is facilitated by the hydrophobic β-roll and connector domains. Additionally, a triacylglycerol molecule located within the central cavity may play a role in stabilizing the hexamer. Based on differentiated interactions between the dimeric NS1, two distinct hexamer models (head-to-head and side-to-side hexamer) and the step-by-step assembly mechanisms of NS1 dimer into hexamer were proposed. We believe that our study sheds light on the understanding of the NS1 oligomerization and contributes to NS1-based therapies.
リンクSci Adv / PubMed:38691607 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.2 Å
構造データ

37419

8wbb

EMDB-37419, PDB-8wbb:
CryoEM structure of non-structural protein 1 dimer from dengue virus type 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

37420

8wbc

EMDB-37420, PDB-8wbc:
CryoEM structure of non-structural protein 1 tetramer from dengue virus type 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

37421

8wbd

EMDB-37421, PDB-8wbd:
CryoEM structure of non-structural protein 1 hexamer 1 from dengue virus type 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

37422

8wbe

EMDB-37422, PDB-8wbe:
CryoEM structure of non-structural protein 1 hexamer 2 from dengue virus type 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

37423

8wbf

EMDB-37423, PDB-8wbf:
CryoEM structure of non-structural protein 1 tetramer from ZIKA virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å

37424

8wbg

EMDB-37424, PDB-8wbg:
CryoEM structure of non-structural protein 1 tetramer from ZIKA virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

37425

8wbh

EMDB-37425, PDB-8wbh:
CryoEM structure of non-structural protein 1 tetramer from Japanese encephalitis virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-TGL:
TRISTEAROYLGLYCEROL / トリステアリン

由来
  • dengue virus type 4 (デング熱ウイルス)
  • dengue virus 4 philippines/h241/1956 (デング熱ウイルス)
  • japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / flavivirus / non-structural protein 1 / dimer

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る