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- EMDB-37191: CryoEM structure of Gq coupled MRGPRX4 with agonist DCA-3P, local -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37191
タイトルCryoEM structure of Gq coupled MRGPRX4 with agonist DCA-3P, local
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of MRGPRX4 complex with agonist DCA-3P
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,Mas-related G-protein coupled receptor member X4,Green fluorescent protein
  • リガンド: (4~{R})-4-[(3~{R},5~{R},8~{R},9~{S},10~{S},12~{S},13~{R},14~{S},17~{R})-10,13-dimethyl-12-oxidanyl-3-phosphonooxy-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1~{H}-cyclopenta[a]phenanthren-17-yl]pentanoic acid
キーワードMRGPRX4 / Bile acid / Cholestatic itch / GPCR / Agonist / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / electron transport chain / G protein-coupled receptor activity / periplasmic space / electron transfer activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mas-related G protein-coupled receptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...Mas-related G protein-coupled receptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Green fluorescent protein / Mas-related G-protein coupled receptor member X4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Yang J / Fan JP / Lei XG
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Structure-guided discovery of bile acid derivatives for treating liver diseases without causing itch.
著者: Jun Yang / Tianjun Zhao / Junping Fan / Huaibin Zou / Guangyi Lan / Fusheng Guo / Yaocheng Shi / Han Ke / Huasheng Yu / Zongwei Yue / Xin Wang / Yingjie Bai / Shuai Li / Yingjun Liu / ...著者: Jun Yang / Tianjun Zhao / Junping Fan / Huaibin Zou / Guangyi Lan / Fusheng Guo / Yaocheng Shi / Han Ke / Huasheng Yu / Zongwei Yue / Xin Wang / Yingjie Bai / Shuai Li / Yingjun Liu / Xiaoming Wang / Yu Chen / Yulong Li / Xiaoguang Lei /
要旨: Chronic itch is a debilitating symptom profoundly impacting the quality of life in patients with liver diseases like cholestasis. Activation of the human G-protein coupled receptor, MRGPRX4 (hX4), by ...Chronic itch is a debilitating symptom profoundly impacting the quality of life in patients with liver diseases like cholestasis. Activation of the human G-protein coupled receptor, MRGPRX4 (hX4), by bile acids (BAs) is implicated in promoting cholestasis itch. However, the detailed underlying mechanisms remain elusive. Here, we identified 3-sulfated BAs that are elevated in cholestatic patients with itch symptoms. We solved the cryo-EM structure of hX4-Gq in a complex with 3-phosphated deoxycholic acid (DCA-3P), a mimic of the endogenous 3-sulfated deoxycholic acid (DCA-3S). This structure revealed an unprecedented ligand-binding pocket in MRGPR family proteins, highlighting the crucial role of the 3-hydroxyl (3-OH) group on BAs in activating hX4. Guided by this structural information, we designed and developed compound 7 (C7), a BA derivative lacking the 3-OH. Notably, C7 effectively alleviates hepatic injury and fibrosis in liver disease models while significantly mitigating the itch side effects.
履歴
登録2023年8月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月6日-
マップ公開2024年11月6日-
更新2024年12月25日-
現状2024年12月25日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37191.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37191.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
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= 266.24 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
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表面レベル登録者による: 0.52
最小 - 最大-1.5280142 - 4.984838
平均 (標準偏差)-0.0012007875 (±0.055416424)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37191_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37191_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of MRGPRX4 complex with agonist DCA-3P

全体名称: Cryo-EM structure of MRGPRX4 complex with agonist DCA-3P
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of MRGPRX4 complex with agonist DCA-3P
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,Mas-related G-protein coupled receptor member X4,Green fluorescent protein
  • リガンド: (4~{R})-4-[(3~{R},5~{R},8~{R},9~{S},10~{S},12~{S},13~{R},14~{S},17~{R})-10,13-dimethyl-12-oxidanyl-3-phosphonooxy-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1~{H}-cyclopenta[a]phenanthren-17-yl]pentanoic acid

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超分子 #1: Cryo-EM structure of MRGPRX4 complex with agonist DCA-3P

超分子名称: Cryo-EM structure of MRGPRX4 complex with agonist DCA-3P
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Soluble cytochrome b562,Mas-related G-protein coupled receptor me...

分子名称: Soluble cytochrome b562,Mas-related G-protein coupled receptor member X4,Green fluorescent protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)
分子量理論値: 79.79568 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDKEF ADLEDNWETL NDNLKVIEKA DNAAQVKDAL TKMRAAALDA QKATPPKLED KSPDSPEMKD FRHGFDILVG QIDDALKLA NEGKVKEAQA AAEQLKTTRN AYIQKYLMDP TVPVFGTKLT PINGREETPC YNQTLSFTVL TCIISLVGLT G NAVVLWLL ...文字列:
DYKDDDDKEF ADLEDNWETL NDNLKVIEKA DNAAQVKDAL TKMRAAALDA QKATPPKLED KSPDSPEMKD FRHGFDILVG QIDDALKLA NEGKVKEAQA AAEQLKTTRN AYIQKYLMDP TVPVFGTKLT PINGREETPC YNQTLSFTVL TCIISLVGLT G NAVVLWLL GYRMRRNAVS IYILNLAAAD FLFLSFQIIR LPLRLINISH LIRKILVSVM TFPYFTGLSM LSAISTERCL SV LWPIWYR CRRPTHLSAV VCVLLWGLSL LFSMLEWRFC DFLFSGADSS WCETSDFIPV AWLIFLCVVL CVSSLVLLVR ILC GSRKMP LTRLYVTILL TVLVFLLCGL PFGILGALIY RMHLNLEVLY CHVYLVCMSL SSLNSSANPI IYFFVGSFRQ RQNR QNLKL VLQRALQDKP EVDKGEGQLP EESLELSGSR LGPLELEVLF QGPSKGEELF TGVVPILVEL DGDVNGHKFS VRGEG EGDA TNGKLTLKFI CTTGKLPVPW PTLVTTLTYG VQCFSRYPDH MKRHDFFKSA MPEGYVQERT ISFKDDGTYK TRAEVK FEG DTLVNRIELK GIDFKEDGNI LGHKLEYNFN SHNVYITADK QKNGIKANFK IRHNVEDGSV QLADHYQQNT PIGDGPV LL PDNHYLSTQS VLSKDPNEKR DHMVLLEFVT AAGITHGMDE WSHPQFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFEK

UniProtKB: Soluble cytochrome b562, Mas-related G-protein coupled receptor member X4, Green fluorescent protein

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分子 #2: (4~{R})-4-[(3~{R},5~{R},8~{R},9~{S},10~{S},12~{S},13~{R},14~{S},1...

分子名称: (4~{R})-4-[(3~{R},5~{R},8~{R},9~{S},10~{S},12~{S},13~{R},14~{S},17~{R})-10,13-dimethyl-12-oxidanyl-3-phosphonooxy-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1~{H}-cyclopenta[a] ...名称: (4~{R})-4-[(3~{R},5~{R},8~{R},9~{S},10~{S},12~{S},13~{R},14~{S},17~{R})-10,13-dimethyl-12-oxidanyl-3-phosphonooxy-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1~{H}-cyclopenta[a]phenanthren-17-yl]pentanoic acid
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: JW0
分子量理論値: 472.552 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7s8p

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 451859
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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