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万見
- EMDB-3716: T=3 HBV virus-like particle. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3716
タイトルT=3 HBV virus-like particle.
マップデータT=3 Hepatitis B virus, virus-like particle
試料
  • ウイルス: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Hepatitis B virus core antigen
生物種Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å
データ登録者Patel N / White SJ / Thompson RF / Bingham R / Weiss EU / Maskell DP / Zlotnick A / Dykeman E / Tuma R / Twarock R ...Patel N / White SJ / Thompson RF / Bingham R / Weiss EU / Maskell DP / Zlotnick A / Dykeman E / Tuma R / Twarock R / Ranson NA / Stockley PG
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: HBV RNA pre-genome encodes specific motifs that mediate interactions with the viral core protein that promote nucleocapsid assembly.
著者: Nikesh Patel / Simon J White / Rebecca F Thompson / Richard Bingham / Eva U Weiß / Daniel P Maskell / Adam Zlotnick / Eric Dykeman / Roman Tuma / Reidun Twarock / Neil A Ranson / Peter G Stockley /
要旨: Formation of the hepatitis B virus nucleocapsid is an essential step in the viral lifecycle, but its assembly is not fully understood. We report the discovery of sequence-specific interactions ...Formation of the hepatitis B virus nucleocapsid is an essential step in the viral lifecycle, but its assembly is not fully understood. We report the discovery of sequence-specific interactions between the viral pre-genome and the hepatitis B core protein that play roles in defining the nucleocapsid assembly pathway. Using RNA SELEX and bioinformatics, we identified multiple regions in the pre-genomic RNA with high affinity for core protein dimers. These RNAs form stem-loops with a conserved loop motif that trigger sequence-specific assembly of virus-like particles (VLPs) at much higher fidelity and yield than in the absence of RNA. The RNA oligos do not interact with preformed RNA-free VLPs, so their effects must occur during particle assembly. Asymmetric cryo-electron microscopy reconstruction of the T = 4 VLPs assembled in the presence of one of the RNAs reveals a unique internal feature connected to the main core protein shell via lobes of density. Biophysical assays suggest that this is a complex involving several RNA oligos interacting with the C-terminal arginine-rich domains of core protein. These core protein-RNA contacts may play one or more roles in regulating the organization of the pre-genome during nucleocapsid assembly, facilitating subsequent reverse transcription and acting as a nucleation complex for nucleocapsid assembly.
履歴
登録2017年5月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年6月14日-
マップ公開2017年6月28日-
更新2018年11月28日-
現状2018年11月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.038
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.038
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3716.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3716.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈T=3 Hepatitis B virus, virus-like particle
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 384 pix.
= 518.4 Å		1.35 Å/pix.
x 384 pix.
= 518.4 Å		1.35 Å/pix.
x 384 pix.
= 518.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.038 / ムービー #1: 0.038
最小 - 最大-0.023120727 - 0.14132096
平均 (標準偏差)0.0019522519 (±0.009540494)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 518.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z518.400518.400518.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0230.1410.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Hepatitis B virus

全体名称: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
要素
  • ウイルス: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Hepatitis B virus core antigen

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超分子 #1: Hepatitis B virus

超分子名称: Hepatitis B virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Is adw strain but with some mutations from deposited sequence.
NCBI-ID: 10407 / 生物種: Hepatitis B virus / Sci species strain: adw / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
Host system生物種: Escherichia coli (大腸菌)
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: Hepatitis B virus core antigen

分子名称: Hepatitis B virus core antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) / 株: adw
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDIDPYKEFG ATVELLSFL P SDFFPSVR DL LDTASAL YRE ALESPE HCSP HHTAL RQAIL CWGE LMTLAT WVG NNLEDPA SR DLVVNYVN T NMGLKIRQL LWFHISCLTF GRETVLEYL V SFGVWIRT PP AYRPPNA PIL STLPET TVVR RRDRG ...文字列:
MDIDPYKEFG ATVELLSFL P SDFFPSVR DL LDTASAL YRE ALESPE HCSP HHTAL RQAIL CWGE LMTLAT WVG NNLEDPA SR DLVVNYVN T NMGLKIRQL LWFHISCLTF GRETVLEYL V SFGVWIRT PP AYRPPNA PIL STLPET TVVR RRDRG RSPRR RTPS PRRRRS QSP RRRRSQS RE SQC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2397 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 67.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Sphere of approximate diameter to T=4 Hepatitis B particle.
詳細: Made in Spider.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 5589
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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