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- EMDB-37133: Cryo-EM structure of an intermediate-state complex during the pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37133
タイトルCryo-EM structure of an intermediate-state complex during the process of photosystem II repair
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of an intermediate-state complex during the process of photosystem II repair
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
  • リガンド: x 12種
キーワードmonomeric Photosystem II / PSII repair / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II repair / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem II ...photosystem II repair / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / : / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Chloroplast thylakoid lumenal protein MPH2 / : / Maintenance of Photosystem II under High light 2 / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily ...Chloroplast thylakoid lumenal protein MPH2 / : / Maintenance of Photosystem II under High light 2 / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II CP47 reaction center protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Maintenance of Photosystem II under High light 2 C-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein H ...Photosystem II CP47 reaction center protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Maintenance of Photosystem II under High light 2 C-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein T / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein M / Cytochrome b559 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Li A / Wang Y / Liu Z
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31925024 中国
Chinese Academy of SciencesYSBR-015 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37020101 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis for an early stage of the photosystem II repair cycle in Chlamydomonas reinhardtii.
著者: Anjie Li / Tingting You / Xiaojie Pang / Yidi Wang / Lijin Tian / Xiaobo Li / Zhenfeng Liu /
要旨: Photosystem II (PSII) catalyzes water oxidation and plastoquinone reduction by utilizing light energy. It is highly susceptible to photodamage under high-light conditions and the damaged PSII needs ...Photosystem II (PSII) catalyzes water oxidation and plastoquinone reduction by utilizing light energy. It is highly susceptible to photodamage under high-light conditions and the damaged PSII needs to be restored through a process known as the PSII repair cycle. The detailed molecular mechanism underlying the PSII repair process remains mostly elusive. Here, we report biochemical and structural features of a PSII-repair intermediate complex, likely arrested at an early stage of the PSII repair process in the green alga Chlamydomonas reinhardtii. The complex contains three protein factors associated with a damaged PSII core, namely Thylakoid Enriched Factor 14 (TEF14), Photosystem II Repair Factor 1 (PRF1), and Photosystem II Repair Factor 2 (PRF2). TEF14, PRF1 and PRF2 may facilitate the release of the manganese-stabilizing protein PsbO, disassembly of peripheral light-harvesting complexes from PSII and blockage of the Q site, respectively. Moreover, an α-tocopherol quinone molecule is located adjacent to the heme group of cytochrome b, potentially fulfilling a photoprotective role by preventing the generation of reactive oxygen species.
履歴
登録2023年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37133.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37133.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 320 pix.
= 332.8 Å		1.04 Å/pix.
x 320 pix.
= 332.8 Å		1.04 Å/pix.
x 320 pix.
= 332.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.9
最小 - 最大-0.9602674 - 61.421157999999998
平均 (標準偏差)0.0030603162 (±0.9954914)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 332.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of an intermediate-state complex during the pro...

全体名称: Cryo-EM structure of an intermediate-state complex during the process of photosystem II repair
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of an intermediate-state complex during the process of photosystem II repair
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Ycf12
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
    • タンパク質・ペプチド: Thylakoid enriched factor 14 (TEF14)
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II repair factor 1 (PRF1)
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II repair factor 2 (PRF2)
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: FE (II) ION

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超分子 #1: Cryo-EM structure of an intermediate-state complex during the pro...

超分子名称: Cryo-EM structure of an intermediate-state complex during the process of photosystem II repair
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#18
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
Organelle: chloroplast

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分子 #1: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 56.089703 KDa
配列文字列: MGLPWYRVHT VVINDPGRLI SVHLMHTALV SGWAGSMALF EISVFDPSDP VLNPMWRQGM FVLPFMTRLG ITQSWGGWTI SGETATNPG IWSYEGVAAA HIILSGALFL ASVWHWTYWD LELFRDPRTG KTALDLPKIF GIHLFLSGLL CFGFGAFHVT G VFGPGIWV ...文字列:
MGLPWYRVHT VVINDPGRLI SVHLMHTALV SGWAGSMALF EISVFDPSDP VLNPMWRQGM FVLPFMTRLG ITQSWGGWTI SGETATNPG IWSYEGVAAA HIILSGALFL ASVWHWTYWD LELFRDPRTG KTALDLPKIF GIHLFLSGLL CFGFGAFHVT G VFGPGIWV SDPYGLTGSV QPVAPSWGAD GFDPYNPGGI ASHHIAAGIL GVLAGLFHLC VRPSIRLYFG LSMGSIETVL SS SIAAVFW AAFVVAGTMW YGSAATPIEL FGPTRYQWDQ GFFQQEIQKR VQASLAEGAS LSDAWSRIPE KLAFYDYIGN NPA KGGLFR TGAMNSGDGI AVGWLGHASF KDQEGRELFV RRMPTFFETF PVLLLDKDGI VRADVPFRKA ESKYSIEQVG VSVT FYGGE LDGLTFTDPA TVKKYARKAQ LGEIFEFDRS TLQSDGVFRS SPRGWFTFGH VCFALLFFFG HIWHGARTIF RDVFA GIDD DINDQVEFGK YKKLGDTSSL REAF

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

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分子 #2: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 39.474031 KDa
配列文字列: MTIAIGTYQE KRTWFDDADD WLRQDRFVFV GWSGLLLFPC AYFALGGWLT GTTFVTSWYT HGLATSYLEG CNFLTAAVST PANSMAHSL LFVWGPEAQG DFTRWCQLGG LWAFVALHGA FGLIGFMLRQ FEIARSVNLR PYNAIAFSAP IAVFVSVFLI Y PLGQSGWF ...文字列:
MTIAIGTYQE KRTWFDDADD WLRQDRFVFV GWSGLLLFPC AYFALGGWLT GTTFVTSWYT HGLATSYLEG CNFLTAAVST PANSMAHSL LFVWGPEAQG DFTRWCQLGG LWAFVALHGA FGLIGFMLRQ FEIARSVNLR PYNAIAFSAP IAVFVSVFLI Y PLGQSGWF FAPSFGVAAI FRFILFFQGF HNWTLNPFHM MGVAGVLGAA LLCAIHGATV ENTLFEDGDG ANTFRAFNPT QA EETYSMV TANRFWSQIF GVAFSNKRWL HFFMLLVPVT GLWMSAIGVV GLALNLRAYD FVSQEIRAAE DPEFETFYTK NIL LNEGIR AWMAAQDQPH ERLVFPEEVL PRGNAL

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

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分子 #3: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 9.312598 KDa
配列文字列:
MAGKPVERPF SDILTSIRYW VIHSITVPAL FIAGWLFVST GLAYDVFGTP RPNEYFTEDR QEAPLITDRF NALEQVKKLS GN

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #4: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 4.986013 KDa
配列文字列:
MTTKKSAEVL VYPIFTVRWL AIHGIAVPTI FFLGAITAMQ FIQR

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #5: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 9.445063 KDa
配列文字列:
MATGTSKAKP SKVNSDFQEP GLVTPLGTLL RPLNSEAGKV LPGWGTTVLM AVFILLFAAF LLIILEIYNS SLILDDVSMS WETLAKVS

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #6: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 4.245035 KDa
配列文字列:
MLTLKIFVYT VVTFFVCLFI FGFLSNDPAR NPGKNLD

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #7: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 5.062142 KDa
配列文字列:
MTTLALVLAK LPEAYAPFAP IVDVLPVIPV FFILLAFVWQ AAVSFR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 4.431229 KDa
配列文字列:
MARPNPNKQV VELNRTSLYW GLLLIFVLAV LFSSYIFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 3.762433 KDa
配列文字列:
MEVNIYGLTA TALFIIIPTS FLLILYVKTA STQD

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein M

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 3.639438 KDa
配列文字列:
MEALVYTFLL VGTLGIIFFS IFFRDPPRMI K

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein Ycf12

分子名称: Photosystem II reaction center protein Ycf12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 3.333058 KDa
配列文字列:
MNIELALTLV SLVLVVSAGP LVVVLLSARG GNL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Psb30

+
分子 #12: Uncharacterized protein

分子名称: Uncharacterized protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 9.894716 KDa
配列文字列:
MAAVCVSSKA VAVRPATRVA SRPAARMVVR ASAKPAQISE KAIAAGVSAA AAASLALAPI AEAAVTPSLK NFLGSLIAGA TVLGGIALA ITAVSKFDKT IR

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #13: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 6.565863 KDa
配列文字列:
MTSILQVALL ALIFVSFALV VGVPVVFATP NGWTDNKGAV FSGLSLWLLL VFVVGILNSF VV

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Z

+
分子 #14: Thylakoid enriched factor 14 (TEF14)

分子名称: Thylakoid enriched factor 14 (TEF14) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 20.601596 KDa
配列文字列: MALMMQKVAA PVSRRGMKVV AQATPNTASR RAILGVALLP ALMYAPKALA LIPDEEDEDL VEKAKANRRA RLAQQRGVTR DFMASENLT DRRLEQELVP VQKAVYKLAK SGSQLESGDL KGAASTLSES WVGDFSTVAS TVSGSTTAGK LVEAIKSVQA A AAKGDAAG ...文字列:
MALMMQKVAA PVSRRGMKVV AQATPNTASR RAILGVALLP ALMYAPKALA LIPDEEDEDL VEKAKANRRA RLAQQRGVTR DFMASENLT DRRLEQELVP VQKAVYKLAK SGSQLESGDL KGAASTLSES WVGDFSTVAS TVSGSTTAGK LVEAIKSVQA A AAKGDAAG SKRAYVSLVS DLQSWADASG LATSLKGL

UniProtKB: Maintenance of Photosystem II under High light 2 C-terminal domain-containing protein

+
分子 #15: Photosystem II repair factor 1 (PRF1)

分子名称: Photosystem II repair factor 1 (PRF1) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 13.340966 KDa
配列文字列:
MLSNARAAVS KVHTSSAAVA PARPARVSHI VRASDKKLDE RGVIAKDNSG RQNIFPTSSK AYYSSPTSSA VASSGLGGQQ GLGVLAAAF AIVALATAGV VLKQGDETLA QVNNAYQGDS LTVISSRIAE SL

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #16: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 50.680738 KDa
配列文字列: METLFNGTLT VGGRDQETTG FAWWSGNARL INLSGKLLGA HVAHAGLIVF WAGAMNLFEV SHFVPEKPMY EQGLILLPHI ATLGYGVGP GGEIIDTFPY FVSGVLHLIS SAVLGFGGVY HSLIGPETLE ESYPFFGYVW KDKNKMTNIL GYHLIMLGLG A WLLVWKAM ...文字列:
METLFNGTLT VGGRDQETTG FAWWSGNARL INLSGKLLGA HVAHAGLIVF WAGAMNLFEV SHFVPEKPMY EQGLILLPHI ATLGYGVGP GGEIIDTFPY FVSGVLHLIS SAVLGFGGVY HSLIGPETLE ESYPFFGYVW KDKNKMTNIL GYHLIMLGLG A WLLVWKAM YFGGVYDTWA PGGGDVRVIT NPTTNAAVIF GYLVKSPFGG DGWICSVDNM EDIIGGHIWI GTLEILGGIW HI YTTPWPW ARRAFVWSGE AYLSYSLGAI GVMGFIACCM SWFNNTAYPS EFYGPTGPEA SQSQAFTFLV RDQRLGANVA SAQ GPTGLG KYLMRSPTGE IIFGGETMRF WDFRGPWLEP LRGPNGLDLN KLKNDIQPWQ ERRAAEYMTH APLGSLNSVG GVAT EINAV NFVSPRSWLA CSHFCLGFFF FIGHLWHAGR ARAAAAGFEK GIDRFDEPVL SMRPLD

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #17: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 39.06634 KDa
配列文字列: MTAILERREN SSLWARFCEW ITSTENRLYI GWFGVIMIPC LLTATSVFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIITG AVIPTSNAI GLHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIVCHF LLGVYCYMGR EWELSFRLGM RPWIAVAYSA PVAAASAVFL V YPIGQGSF ...文字列:
MTAILERREN SSLWARFCEW ITSTENRLYI GWFGVIMIPC LLTATSVFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIITG AVIPTSNAI GLHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIVCHF LLGVYCYMGR EWELSFRLGM RPWIAVAYSA PVAAASAVFL V YPIGQGSF SDGMPLGISG TFNFMIVFQA EHNILMHPFH MLGVAGVFGG SLFSAMHGSL VTSSLIRETT ENESANEGYR FG QEEETYN IVAAHGYFGR LIFQYASFNN SRSLHFFLAA WPVIGIWFTA LGLSTMAFNL NGFNFNQSVV DSQGRVLNTW ADI INRANL GMEVMHERNA HNFPLDLAST NSSSNN

UniProtKB: Photosystem II protein D1

+
分子 #18: Photosystem II repair factor 2 (PRF2)

分子名称: Photosystem II repair factor 2 (PRF2) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 12.002007 KDa
配列文字列:
MAALRCSVAT RAAVPARRSS VVVRASTEQT TKRAMLGLLA GAVAGALLVA PAEAIRIPSH EFTGGMVKGG GSSPKSPTAA SMESYTLEG TKKQGVSLKT KKKLLAKVRE NAQKSASS

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #19: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 35 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #20: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 10 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #21: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 6 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #22: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 10 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #23: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 1 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #24: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 2 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

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分子 #25: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 1 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #26: RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE

分子名称: RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 1 / 式: VTQ
分子量理論値: 446.706 Da
Chemical component information

ChemComp-VTQ:
RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE / α-トコフェロ-ルキノン

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分子 #27: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 3 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

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分子 #28: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 1 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #29: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 1 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM

+
分子 #30: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 1 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 510932
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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