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- EMDB-37127: Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37127
タイトルRpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 167bp DNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Alternative deacetylation state of Rpd3S-NCP(167bp/MLA)
    • 複合体: Eaf3-Rpd3-Sin3
      • タンパク質・ペプチド: Histone deacetylase RPD3
      • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein SIN3
      • タンパク質・ペプチド: Chromatin modification-related protein EAF3
      • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein RCO1
    • 複合体: Histone
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
    • 複合体: 167bp DNA
      • DNA: 167bp DNA
      • DNA: 167bp DNA
キーワードRpd3S / HDAC / Hho1 / cryptic transcription / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleosome disassembly/reassembly complex / negative regulation of antisense RNA transcription / Snt2C complex / negative regulation of reciprocal meiotic recombination / negative regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / Rpd3L complex / protein localization to nucleolar rDNA repeats / Rpd3L-Expanded complex / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / Rpd3S complex ...nucleosome disassembly/reassembly complex / negative regulation of antisense RNA transcription / Snt2C complex / negative regulation of reciprocal meiotic recombination / negative regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / Rpd3L complex / protein localization to nucleolar rDNA repeats / Rpd3L-Expanded complex / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / Rpd3S complex / rDNA chromatin condensation / regulation of RNA stability / nucleophagy / HDACs deacetylate histones / DNA replication-dependent chromatin assembly / histone deacetylase / SUMOylation of chromatin organization proteins / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / nucleosome disassembly / cellular response to nitrogen starvation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / histone deacetylase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / Sin3-type complex / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of macroautophagy / histone deacetylase complex / histone acetyltransferase complex / methylated histone binding / nuclear periphery / meiotic cell cycle / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation by RNA polymerase II / heterochromatin formation / double-strand break repair via nonhomologous end joining / G1/S transition of mitotic cell cycle / structural constituent of chromatin / transcription corepressor activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / nucleosome / nucleosome assembly / cellular response to heat / response to oxidative stress / transcription coactivator activity / protein heterodimerization activity / cell division / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / MSL3 chromodomain-like / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix ...: / : / MSL3 chromodomain-like / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix superfamily / Paired amphipathic helix repeat / PAH domain profile. / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / Histone deacetylase / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / : / Chromo-like domain superfamily / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / Histone H2A / Histone 2A / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3 / Histone H2B 1.1 / Transcriptional regulatory protein SIN3 / Histone deacetylase RPD3 / Histone H4 / Transcriptional regulatory protein RCO1 / Chromatin modification-related protein EAF3 / Histone H2A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Dong S / Li H / Wang M / Rasheed N / Zou B / Gao X / Guan J / Li W / Zhang J / Wang C ...Dong S / Li H / Wang M / Rasheed N / Zou B / Gao X / Guan J / Li W / Zhang J / Wang C / Zhou N / Shi X / Li M / Zhou M / Huang J / Zhang Y / Wong KH / Chang X / Chao WCH / He J
資金援助 中国, 8件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)NSFC U20A2013 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32241021 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32170189 中国
Other governmentMYRG2018-00221-FHS
Other government0009/2018/A1
Other government0032/2021/A1
Other government202102080156
Other government2019QN01Y051
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2023
タイトル: Structural basis of nucleosome deacetylation and DNA linker tightening by Rpd3S histone deacetylase complex.
著者: Shuqi Dong / Huadong Li / Meilin Wang / Nadia Rasheed / Binqian Zou / Xijie Gao / Jiali Guan / Weijie Li / Jiale Zhang / Chi Wang / Ningkun Zhou / Xue Shi / Mei Li / Min Zhou / Junfeng Huang ...著者: Shuqi Dong / Huadong Li / Meilin Wang / Nadia Rasheed / Binqian Zou / Xijie Gao / Jiali Guan / Weijie Li / Jiale Zhang / Chi Wang / Ningkun Zhou / Xue Shi / Mei Li / Min Zhou / Junfeng Huang / He Li / Ying Zhang / Koon Ho Wong / Xiaofei Zhang / William Chong Hang Chao / Jun He /
要旨: In Saccharomyces cerevisiae, cryptic transcription at the coding region is prevented by the activity of Sin3 histone deacetylase (HDAC) complex Rpd3S, which is carried by the transcribing RNA ...In Saccharomyces cerevisiae, cryptic transcription at the coding region is prevented by the activity of Sin3 histone deacetylase (HDAC) complex Rpd3S, which is carried by the transcribing RNA polymerase II (RNAPII) to deacetylate and stabilize chromatin. Despite its fundamental importance, the mechanisms by which Rpd3S deacetylates nucleosomes and regulates chromatin dynamics remain elusive. Here, we determined several cryo-EM structures of Rpd3S in complex with nucleosome core particles (NCPs), including the H3/H4 deacetylation states, the alternative deacetylation state, the linker tightening state, and a state in which Rpd3S co-exists with the Hho1 linker histone on NCP. These structures suggest that Rpd3S utilizes a conserved Sin3 basic surface to navigate through the nucleosomal DNA, guided by its interactions with H3K36 methylation and the extra-nucleosomal DNA linkers, to target acetylated H3K9 and sample other histone tails. Furthermore, our structures illustrate that Rpd3S reconfigures the DNA linkers and acts in concert with Hho1 to engage the NCP, potentially unraveling how Rpd3S and Hho1 work in tandem for gene silencing.
履歴
登録2023年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月13日-
マップ公開2023年9月13日-
更新2023年10月11日-
現状2023年10月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37127.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37127.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.71 Å/pix.
x 540 pix.
= 383.4 Å		0.71 Å/pix.
x 540 pix.
= 383.4 Å		0.71 Å/pix.
x 540 pix.
= 383.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.71 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.03997402 - 0.5067584
平均 (標準偏差)0.0017599997 (±0.008971592)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ540540540
Spacing540540540
セルA=B=C: 383.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_37127_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_37127_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_37127_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Alternative deacetylation state of Rpd3S-NCP(167bp/MLA)

全体名称: Alternative deacetylation state of Rpd3S-NCP(167bp/MLA)
要素
  • 複合体: Alternative deacetylation state of Rpd3S-NCP(167bp/MLA)
    • 複合体: Eaf3-Rpd3-Sin3
      • タンパク質・ペプチド: Histone deacetylase RPD3
      • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein SIN3
      • タンパク質・ペプチド: Chromatin modification-related protein EAF3
      • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein RCO1
    • 複合体: Histone
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
    • 複合体: 167bp DNA
      • DNA: 167bp DNA
      • DNA: 167bp DNA

+
超分子 #1: Alternative deacetylation state of Rpd3S-NCP(167bp/MLA)

超分子名称: Alternative deacetylation state of Rpd3S-NCP(167bp/MLA)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

+
超分子 #2: Eaf3-Rpd3-Sin3

超分子名称: Eaf3-Rpd3-Sin3 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #3: Histone

超分子名称: Histone / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#8
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

+
超分子 #4: 167bp DNA

超分子名称: 167bp DNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9-#10
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物) / Synthetically produced: Yes

+
分子 #1: Histone deacetylase RPD3

分子名称: Histone deacetylase RPD3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 48.961957 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVYEATPFDP ITVKPSDKRR VAYFYDADVG NYAYGAGHPM KPHRIRMAHS LIMNYGLYKK MEIYRAKPAT KQEMCQFHTD EYIDFLSRV TPDNLEMFKR ESVKFNVGDD CPVFDGLYEY CSISGGGSME GAARLNRGKC DVAVNYAGGL HHAKKSEASG F CYLNDIVL ...文字列:
MVYEATPFDP ITVKPSDKRR VAYFYDADVG NYAYGAGHPM KPHRIRMAHS LIMNYGLYKK MEIYRAKPAT KQEMCQFHTD EYIDFLSRV TPDNLEMFKR ESVKFNVGDD CPVFDGLYEY CSISGGGSME GAARLNRGKC DVAVNYAGGL HHAKKSEASG F CYLNDIVL GIIELLRYHP RVLYIDIDVH HGDGVEEAFY TTDRVMTCSF HKYGEFFPGT GELRDIGVGA GKNYAVNVPL RD GIDDATY RSVFEPVIKK IMEWYQPSAV VLQCGGDSLS GDRLGCFNLS MEGHANCVNY VKSFGIPMMV VGGGGYTMRN VAR TWCFET GLLNNVVLDK DLPYNEYYEY YGPDYKLSVR PSNMFNVNTP EYLDKVMTNI FANLENTKYA PSVQLNHTPR DAED LGDVE EDSAEAKDTK GGSQYARDLH VEHDNEFY

UniProtKB: Histone deacetylase RPD3

+
分子 #2: Transcriptional regulatory protein SIN3

分子名称: Transcriptional regulatory protein SIN3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 157.586844 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHHHHHHHHP QLAMWSHPQF EKGGGSGGGS GGGSWSHPQF EKENLYFQSD YRPLNVKDAL SYLEQVKFQF SSRPDIYNLF LDIMKDFKS QAIDTPGVIE RVSTLFRGYP ILIQGFNTFL PQGYRIECSS NPDDPIRVTT PMGTTTVNNN ISPSGRGTTD A QELGSFPE ...文字列:
MHHHHHHHHP QLAMWSHPQF EKGGGSGGGS GGGSWSHPQF EKENLYFQSD YRPLNVKDAL SYLEQVKFQF SSRPDIYNLF LDIMKDFKS QAIDTPGVIE RVSTLFRGYP ILIQGFNTFL PQGYRIECSS NPDDPIRVTT PMGTTTVNNN ISPSGRGTTD A QELGSFPE SDGNGVQQPS NVPMVPSSVY QSEQNQDQQQ SLPLLATSSG LPSIQQPEMP AHRQIPQSQS LVPQEDAKKN VD VEFSQAI SYVNKIKTRF ADQPDIYKHF LEILQTYQRE QKPINEVYAQ VTHLFQNAPD LLEDFKKFLP DSSASANQQV QHA QQHAQQ QHEAQMHAQA QAQAQAQAQV EQQKQQQQFL YPASGYYGHP SNRGIPQQNL PPIGSFSPPT NGSTVHEAYQ DQQH MQPPH FMPLPSIVQH GPNMVHQGIA NENPPLSDLR TSLTEQYAPS SIQHQQQHPQ SISPIANTQY GDIPVRPEID LDPSI VPVV PEPTEPIENN ISLNEEVTFF EKAKRYIGNK HLYTEFLKIL NLYSQDILDL DDLVEKVDFY LGSNKELFTW FKNFVG YQE KTKCIENIVH EKHRLDLDLC EAFGPSYKRL PKSDTFMPCS GRDDMCWEVL NDEWVGHPVW ASEDSGFIAH RKNQYEE TL FKIEEERHEY DFYIESNLRT IQCLETIVNK IENMTENEKA NFKLPPGLGH TSMTIYKKVI RKVYDKERGF EIIDALHE H PAVTAPVVLK RLKQKDEEWR RAQREWNKVW RELEQKVFFK SLDHLGLTFK QADKKLLTTK QLISEISSIK VDQTNKKIH WLTPKPKSQL DFDFPDKNIF YDILCLADTF ITHTTAYSNP DKERLKDLLK YFISLFFSIS FEKIEESLYS HKQNVSESSG SDDGSSIAS RKRPYQQEMS LLDILHRSRY QKLKRSNDED GKVPQLSEPP EEEPNTIEEE ELIDEEAKNP WLTGNLVEEA N SQGIIQNR SIFNLFANTN IYIFFRHWTT IYERLLEIKQ MNERVTKEIN TRSTVTFAKD LDLLSSQLSE MGLDFVGEDA YK QVLRLSR RLINGDLEHQ WFEESLRQAY NNKAFKLYTI DKVTQSLVKH AHTLMTDAKT AEIMALFVKD RNASTTSAKD QII YRLQVR SHMSNTENMF RIEFDKRTLH VSIQYIALDD LTLKEPKADE DKWKYYVTSY ALPHPTEGIP HEKLKIPFLE RLIE FGQDI DGTEVDEEFS PEGISVSTLK IKIQPITYQL HIENGSYDVF TRKATNKYPT IANDNTQKGM VSQKKELISK FLDCA VGLR NNLDEAQKLS MQKKWENLKD SIAKTSAGNQ GIESETEKGK ITKQEQSDNL DSSTASVLPA SITTVPQDDN IETTGN TES SDKGAKIQ

UniProtKB: Transcriptional regulatory protein SIN3

+
分子 #3: Chromatin modification-related protein EAF3

分子名称: Chromatin modification-related protein EAF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 45.266406 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVDLEQEFAL GGRCLAFHGP LMYEAKILKI WDPSSKMYTS IPNDKPGGSS QATKEIKPQK LGEDESIPEE IINGKCFFIH YQGWKSSWD EWVGYDRIRA YNEENIAMKK RLANEAKEAK KSLLEQQKKK KLSTSLGGPS NGGKRKGDSR SNASISKSTS Q SFLTSSVS ...文字列:
MVDLEQEFAL GGRCLAFHGP LMYEAKILKI WDPSSKMYTS IPNDKPGGSS QATKEIKPQK LGEDESIPEE IINGKCFFIH YQGWKSSWD EWVGYDRIRA YNEENIAMKK RLANEAKEAK KSLLEQQKKK KLSTSLGGPS NGGKRKGDSR SNASISKSTS Q SFLTSSVS GRKSGRSSAN SLHPGSSLRS SSDQNGNDDR RRSSSLSPNM LHHIAGYPTP KISLQIPIKL KSVLVDDWEY VT KDKKICR LPADVTVEMV LNKYEHEVSQ ELESPGSQSQ LSEYCAGLKL YFDKCLGNML LYRLERLQYD ELLKKSSKDQ KPL VPIRIY GAIHLLRLIS VLPELISSTT MDLQSCQLLI KQTEDFLVWL LMHVDEYFND KDPNRSDDAL YVNTSSQYEG VALG M

UniProtKB: Chromatin modification-related protein EAF3

+
分子 #4: Transcriptional regulatory protein RCO1

分子名称: Transcriptional regulatory protein RCO1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 84.469328 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDTSKKDTTR SPSHSNSSSP SSSSLSSSSS KEKKRPKRLS SQNVNYDLKR RKIITSEGIE RSFKNEHSNL AVEDNIPEEE PKELLEKDS KGNIIKLNEP STISEDSKVS VTGLPLNKGP SEKIKRESLW NYRKNLGGQS NNSEMTLVPS KRFTQVPKNF Q DLNRNDLK ...文字列:
MDTSKKDTTR SPSHSNSSSP SSSSLSSSSS KEKKRPKRLS SQNVNYDLKR RKIITSEGIE RSFKNEHSNL AVEDNIPEEE PKELLEKDS KGNIIKLNEP STISEDSKVS VTGLPLNKGP SEKIKRESLW NYRKNLGGQS NNSEMTLVPS KRFTQVPKNF Q DLNRNDLK TFLTENMTEE SNIRSTIGWN GDIINRTRDR EPESDRDNKK LSNIRTKIIL STNATYDSKS KLFGQNSIKS TS NASEKIF RDKNNSTIDF ENEDFCSACN QSGSFLCCDT CPKSFHFLCL DPPIDPNNLP KGDWHCNECK FKIFINNSMA TLK KIESNF IKQNNNVKIF AKLLFNIDSH NPKQFQLPNY IKETFPAVKT GSRGQYSDEN DKIPLTDRQL FNTSYGQSIT KLDS YNPDT HIDSNSGKFL ICYKCNQTRL GSWSHPENSR LIMTCDYCQT PWHLDCVPRA SFKNLGSKWK CPLHSPTKVY KKIHH CQED NSVNYKVWKK QRLINKKNQL YYEPLQKIGY QNNGNIQIIP TTSHTDYDFN QDFKITQIDE NSIKYDFFDK IYKSKM VQK RKLFQFQESL IDKLVSNGSQ NGNSEDNMVK DIASLIYFQV SNNDKSSNNK SASKSNNLRK LWDLKELTNV VVPNELD SI QFNDFSSDEI KHLLYLKKII ESKPKEELLK FLNIENPENQ SEMHHHHHHH HPQLAMWSHP QFEKGGGSGG GSGGGSWS H PQFEKENLYF QS

UniProtKB: Transcriptional regulatory protein RCO1

+
分子 #5: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.313943 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGV(M3L)KPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQ DFK TDLRFQSSAV MALQEASEAY LVALFEDTNL AAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

UniProtKB: Histone H3

+
分子 #6: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.263231 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #7: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.978241 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKQGGKT RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAVRN DEELNKLLGR VTIAQGGVLP NIQSVLLPKK TESSKSAKSK

UniProtKB: Histone H2A

+
分子 #8: Histone H2B 1.1

分子名称: Histone H2B 1.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.524752 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
AKSAPAPKKG SKKAVTKTQK KDGKKRRKTR KESYAIYVYK VLKQVHPDTG ISSKAMSIMN SFVNDVFERI AGEASRLAHY NKRSTITSR EIQTAVRLLL PGELAKHAVS EGTKAVTKYT SAK

UniProtKB: Histone H2B 1.1

+
分子 #9: 167bp DNA

分子名称: 167bp DNA / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 51.840988 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA) (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA) (DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG) ...文字列:
(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA) (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA) (DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT) (DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG) (DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG) (DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG)

+
分子 #10: 167bp DNA

分子名称: 167bp DNA / タイプ: dna / ID: 10 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 51.271625 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DC)(DC) (DA)(DC)(DC)(DG)(DC)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 56949
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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