[日本語] English
万見
- EMDB-37121: Structure of nucleosome complexed with one DEK molecule -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37121
タイトルStructure of nucleosome complexed with one DEK molecule
マップデータ
試料
  • 複合体: DEK monomer bound to the nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
    • DNA: DNA (193-MER)
    • DNA: DNA (193-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Protein DEK
キーワードNucleosome / Chromatin / DNA / DEK / Complex / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / contractile muscle fiber / Transcriptional regulation by the AP-2 (TFAP2) family of transcription factors / B-WICH complex / regulation of double-strand break repair / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin ...regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / contractile muscle fiber / Transcriptional regulation by the AP-2 (TFAP2) family of transcription factors / B-WICH complex / regulation of double-strand break repair / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / telomere organization / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / innate immune response in mucosa / viral genome replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / epigenetic regulation of gene expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / lipopolysaccharide binding / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Metalloprotease DUBs / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / structural constituent of chromatin / antibacterial humoral response / UCH proteinases / nucleosome / heterochromatin formation / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / defense response to Gram-negative bacterium / Oxidative Stress Induced Senescence / gene expression / killing of cells of another organism / Estrogen-dependent gene expression / histone binding / transcription by RNA polymerase II / chromosome, telomeric region / defense response to Gram-positive bacterium / Ub-specific processing proteases / cadherin binding / chromatin remodeling / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Protein DEK / DEK C terminal domain / DEK, C-terminal / DEK C-terminal (DEK-C) domain profile. / SAP domain / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / : / Histone H2B signature. / Histone H2B ...Protein DEK / DEK C terminal domain / DEK, C-terminal / DEK C-terminal (DEK-C) domain profile. / SAP domain / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / Protein DEK / Histone H4 / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kujirai T / Echigoya K / Takizawa Y / Kurumizaka H
資金援助 日本, 8件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H03201 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H05690 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22K15033 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23H05475 日本
Japan Science and TechnologyJPMJER1901 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22ama121009 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22K06098 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22KJ0871 日本
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structural insights into how DEK nucleosome binding facilitates H3K27 trimethylation in chromatin.
著者: Tomoya Kujirai / Kenta Echigoya / Yusuke Kishi / Mai Saeki / Tomoko Ito / Junko Kato / Lumi Negishi / Hiroshi Kimura / Hiroshi Masumoto / Yoshimasa Takizawa / Yukiko Gotoh / Hitoshi Kurumizaka /
要旨: Structural diversity of the nucleosome affects chromatin conformations and regulates eukaryotic genome functions. Here we identify DEK, whose function is unknown, as a nucleosome-binding protein. In ...Structural diversity of the nucleosome affects chromatin conformations and regulates eukaryotic genome functions. Here we identify DEK, whose function is unknown, as a nucleosome-binding protein. In embryonic neural progenitor cells, DEK colocalizes with H3 K27 trimethylation (H3K27me3), the facultative heterochromatin mark. DEK stimulates the methyltransferase activity of Polycomb repressive complex 2 (PRC2), which is responsible for H3K27me3 deposition in vitro. Cryo-electron microscopy structures of the DEK-nucleosome complexes reveal that DEK binds the nucleosome by its tripartite DNA-binding mode on the dyad and linker DNAs and interacts with the nucleosomal acidic patch by its newly identified histone-binding region. The DEK-nucleosome interaction mediates linker DNA reorientation and induces chromatin compaction, which may facilitate PRC2 activation. These findings provide mechanistic insights into chromatin structure-mediated gene regulation by DEK.
履歴
登録2023年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年3月12日-
現状2025年3月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_37121.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37121.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 200 pix.
= 210. Å		1.05 Å/pix.
x 200 pix.
= 210. Å		1.05 Å/pix.
x 200 pix.
= 210. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.030858051 - 0.056037262
平均 (標準偏差)0.00053269864 (±0.0026125528)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 209.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_37121_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_37121_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : DEK monomer bound to the nucleosome

全体名称: DEK monomer bound to the nucleosome
要素
  • 複合体: DEK monomer bound to the nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
    • DNA: DNA (193-MER)
    • DNA: DNA (193-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Protein DEK

-
超分子 #1: DEK monomer bound to the nucleosome

超分子名称: DEK monomer bound to the nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.719445 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMARTKQT ARKSTGGKAP RKQLATKAAR KSAPATGGVK KPHRYRPGTV ALREIRRYQK STELLIRKLP FQRLVREIAQ DFKTDLRFQ SSAVMALQEA CEAYLVGLFE DTNLCAIHAK RVTIMPKDIQ LARRIRGERA

UniProtKB: Histone H3.1

-
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.676703 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMSGRGKG GKGLGKGGAK RHRKVLRDNI QGITKPAIRR LARRGGVKRI SGLIYEETRG VLKVFLENVI RDAVTYTEHA KRKTVTAMD VVYALKRQGR TLYGFGG

UniProtKB: Histone H4

-
分子 #3: Histone H2A type 1-B/E

分子名称: Histone H2A type 1-B/E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.447825 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMSGRGKQ GGKARAKAKT RSSRAGLQFP VGRVHRLLRK GNYSERVGAG APVYLAAVLE YLTAEILELA GNAARDNKKT RIIPRHLQL AIRNDEELNK LLGRVTIAQG GVLPNIQAVL LPKKTESHHK AKGK

UniProtKB: Histone H2A type 1-B/E

-
分子 #4: Histone H2B type 1-J

分子名称: Histone H2B type 1-J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.217516 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMPEPAKS APAPKKGSKK AVTKAQKKDG KKRKRSRKES YSIYVYKVLK QVHPDTGISS KAMGIMNSFV NDIFERIAGE ASRLAHYNK RSTITSREIQ TAVRLLLPGE LAKHAVSEGT KAVTKYTSAK

UniProtKB: Histone H2B type 1-J

-
分子 #7: Protein DEK

分子名称: Protein DEK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.108812 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPGHMSASAP AAEGEGTPTQ PASEKEPEMP GPREESEEEE DEDDEEEEEE EKEKSLIVEG KREKKKVERL TMQVSSLQRE PFTIAQGKG QKLCEIERIH FFLSKKKTDE LRNLHKLLYN RPGTVSSLKK NVGQFSGFPF EKGSVQYKKK EEMLKKFRNA M LKSICEVL ...文字列:
GPGHMSASAP AAEGEGTPTQ PASEKEPEMP GPREESEEEE DEDDEEEEEE EKEKSLIVEG KREKKKVERL TMQVSSLQRE PFTIAQGKG QKLCEIERIH FFLSKKKTDE LRNLHKLLYN RPGTVSSLKK NVGQFSGFPF EKGSVQYKKK EEMLKKFRNA M LKSICEVL DLERSGVNSE LVKRILNFLM HPKPSGKPLP KSKKTCSKGS KKERNSSGMA RKAKRTKCPE ILSDESSSDE DE KKNKEES SDDEDKESEE EPPKKTAKRE KPKQKATSKS KKSVKSANVK KADSSTTKKN QNSSKKESES EDSSDDEPLI KKL KKPPTD EELKETIKKL LASANLEEVT MKQICKKVYE NYPTYDLTER KDFIKTTVKE LIS

UniProtKB: Protein DEK

-
分子 #5: DNA (193-MER)

分子名称: DNA (193-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 59.589984 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT) (DC)(DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC) (DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA) (DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC) (DA) (DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG) (DA)(DT)

-
分子 #6: DNA (193-MER)

分子名称: DNA (193-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 59.580969 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT) (DC)(DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA) (DT)(DT)(DC)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC) (DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA) (DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC) (DA) (DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG) (DA)(DT)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 114909
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る