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万見
- EMDB-3712: Human BBsome core complex with subunits BBS1, BBS4, BBS5, BBS8, B... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3712
タイトルHuman BBsome core complex with subunits BBS1, BBS4, BBS5, BBS8, BBS9, BBS18
マップデータNegative Stain Reconstruction:BBsome Complex
試料
  • 複合体: A 6subunit, BBsome complex.
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Klink BU / Zent E / Juneja P / Kuhlee A / Raunser S / Wittinghofer A
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: A recombinant BBSome core complex and how it interacts with ciliary cargo.
著者: Björn Udo Klink / Eldar Zent / Puneet Juneja / Anne Kuhlee / Stefan Raunser / Alfred Wittinghofer /
要旨: Cilia are small, antenna-like structures on the surface of eukaryotic cells that harbor a unique set of sensory proteins, including GPCRs and other membrane proteins. The transport of these proteins ...Cilia are small, antenna-like structures on the surface of eukaryotic cells that harbor a unique set of sensory proteins, including GPCRs and other membrane proteins. The transport of these proteins involves the BBSome, an eight-membered protein complex that is recruited to ciliary membranes by the G-protein Arl6. BBSome malfunction leads to Bardet-Biedl syndrome, a ciliopathy with severe consequences. Short ciliary targeting sequences (CTS) have been identified that trigger the transport of ciliary proteins. However, mechanistic studies that relate ciliary targeting to BBSome binding are missing. Here we used heterologously expressed BBSome subcomplexes to analyze the complex architecture and to investigate the binding of GPCRs and other receptors to the BBSome. A stable heterohexameric complex was identified that binds to GPCRs with interactions that only partially overlap with previously described CTS, indicating a more complex recognition than anticipated. Arl6•GTP does not affect these interactions, suggesting no direct involvement in cargo loading/unloading.
履歴
登録2017年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年6月14日-
マップ公開2017年12月6日-
更新2017年12月6日-
現状2017年12月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3712_1.png

emd_3712_2.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3712.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative Stain Reconstruction:BBsome Complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.89 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.7 / ムービー #1: 0.7
最小 - 最大0. - 7.2863293
平均 (標準偏差)0.022554556 (±0.22782631)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 340.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.891.891.89
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z340.200340.200340.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean0.0007.2860.023

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : A 6subunit, BBsome complex.

全体名称: A 6subunit, BBsome complex.
要素
  • 複合体: A 6subunit, BBsome complex.

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超分子 #1: A 6subunit, BBsome complex.

超分子名称: A 6subunit, BBsome complex. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Subunits: BBsome subunit 1 BBsome subunit 4 BBsome subunit 5 BBsome subunit 8 BBsome subunit 9 BBsome subunit18
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換細胞: High Five cells
分子量理論値: 330 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: 50 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 10% glycerol and 1 mM TCEP
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate
グリッド前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
詳細: Glow discharged 400 mesh copper grids with thin carbon support.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1400
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 197 / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 3.4 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 140 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPARX / 使用した粒子像数: 8339
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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