+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | G1 preribosome | |||||||||
![]() | G1 preribosome | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | Cell / RPE-1 / nucleus / preribosome / NUCLEAR PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 33.3 Å | |||||||||
![]() | Chen JK / Cai S / Liu T / Ruan W / Ng CT / Shi J / Surana U / Gan L | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Nanoscale analysis of human G1 and metaphase chromatin in situ 著者: Chen JK / Liu T / Cai S / Ruan W / Ng CT / Shi J / Surana U / Gan L | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 736.1 KB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 69.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 4.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 739.6 KB 739.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 666.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 666.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | G1 preribosome | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.766 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_37001_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_37001_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Nucleosome gyre proximal from RPE-1
全体 | 名称: Nucleosome gyre proximal from RPE-1 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Nucleosome gyre proximal from RPE-1
超分子 | 名称: Nucleosome gyre proximal from RPE-1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 30369 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 0.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.1 µm / 倍率(公称値): 18000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 33.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用したサブトモグラム数: 635 |
---|---|
抽出 | トモグラム数: 21 / 使用した粒子像数: 25886 / 参照モデル: Sphere / 手法: Template matching |
最終 3次元分類 | クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) |