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- EMDB-36997: Cryo-EM structure of the products-bound PGAP1(Bst1)-S327A from Ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36997
タイトルCryo-EM structure of the products-bound PGAP1(Bst1)-S327A from Chaetonium thermophilum
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of PGAP1 with a chimera GPI-anchored protein
    • タンパク質・ペプチド: GPI inositol-deacylase,MCherry protein
  • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein,Complement decay-accelerating factor
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose
  • リガンド: 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate
  • リガンド: 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose
  • リガンド: [(2~{R})-1-octadecoxy-3-[oxidanyl-[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{R})-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (5~{Z},8~{Z},11~{Z},14~{Z})-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 2-azanylethyl [(2R,3S,4S,5S,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl hydrogen phosphate
キーワードBst1 / Glycosylphosphatidylinositol / GPI anchoring / GPI-AP / GPI-AP remodelase / Integral membrane enzyme / Lipase / Lipid remodeling / Membrane enzyme / Membrane protein / Nanodisc / PGAP1 / TGP / Thermostable green fluorescence protein / Transmembrane enzyme / Triad enzyme.
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of complement activation / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / respiratory burst / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Class B/2 (Secretin family receptors) / hydrolase activity, acting on ester bonds / ficolin-1-rich granule membrane ...regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of complement activation / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / respiratory burst / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Class B/2 (Secretin family receptors) / hydrolase activity, acting on ester bonds / ficolin-1-rich granule membrane / COPI-mediated anterograde transport / complement activation, classical pathway / side of membrane / transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / bioluminescence / secretory granule membrane / generation of precursor metabolites and energy / Regulation of Complement cascade / positive regulation of T cell cytokine production / protein transport / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / membrane raft / Golgi membrane / innate immune response / lipid binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPI inositol-deacylase / GPI inositol-deacylase PGAP1-like / PGAP1-like protein / : / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Green fluorescent protein, GFP ...GPI inositol-deacylase / GPI inositol-deacylase PGAP1-like / PGAP1-like protein / : / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / GPI inositol-deacylase / Complement decay-accelerating factor
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) / Psychromonas sp. B3M02 (バクテリア) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Li T / Hong J / Qu Q / Li D
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82151215 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Molecular basis of the inositol deacylase PGAP1 involved in quality control of GPI-AP biogenesis.
著者: Jingjing Hong / Tingting Li / Yulin Chao / Yidan Xu / Zhini Zhu / Zixuan Zhou / Weijie Gu / Qianhui Qu / Dianfan Li /
要旨: The secretion and quality control of glycosylphosphatidylinositol-anchored proteins (GPI-APs) necessitates post-attachment remodeling initiated by the evolutionarily conserved PGAP1, which deacylates ...The secretion and quality control of glycosylphosphatidylinositol-anchored proteins (GPI-APs) necessitates post-attachment remodeling initiated by the evolutionarily conserved PGAP1, which deacylates the inositol in nascent GPI-APs. Impairment of PGAP1 activity leads to developmental diseases in humans and fatality and infertility in animals. Here, we present three PGAP1 structures (2.66-2.84 Å), revealing its 10-transmembrane architecture and product-enzyme interaction details. PGAP1 holds GPI-AP acyl chains in an optimally organized, guitar-shaped cavity with apparent energetic penalties from hydrophobic-hydrophilic mismatches. However, abundant glycan-mediated interactions in the lumen counterbalance these repulsions, likely conferring substrate fidelity and preventing off-target hydrolysis of bulk membrane lipids. Structural and biochemical analyses uncover a serine hydrolase-type catalysis with atypical features and imply mechanisms for substrate entrance and product release involving a drawing compass movement of GPI-APs. Our findings advance the mechanistic understanding of GPI-AP remodeling.
履歴
登録2023年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月20日-
マップ公開2023年12月20日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36997.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36997.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 75.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 270 pix.
= 251.64 Å		0.93 Å/pix.
x 270 pix.
= 251.64 Å		0.93 Å/pix.
x 270 pix.
= 251.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.546
最小 - 最大-2.5902214 - 3.9916897
平均 (標準偏差)0.00007376662 (±0.1074597)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ270270270
Spacing270270270
セルA=B=C: 251.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_36997_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36997_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36997_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of PGAP1 with a chimera GPI-anchored protein

全体名称: Complex of PGAP1 with a chimera GPI-anchored protein
要素
  • 複合体: Complex of PGAP1 with a chimera GPI-anchored protein
    • タンパク質・ペプチド: GPI inositol-deacylase,MCherry protein
  • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein,Complement decay-accelerating factor
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose
  • リガンド: 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate
  • リガンド: 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose
  • リガンド: [(2~{R})-1-octadecoxy-3-[oxidanyl-[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{R})-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (5~{Z},8~{Z},11~{Z},14~{Z})-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 2-azanylethyl [(2R,3S,4S,5S,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl hydrogen phosphate

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超分子 #1: Complex of PGAP1 with a chimera GPI-anchored protein

超分子名称: Complex of PGAP1 with a chimera GPI-anchored protein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
分子量理論値: 194 KDa

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分子 #1: GPI inositol-deacylase,MCherry protein

分子名称: GPI inositol-deacylase,MCherry protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Residues 1-1186 is GPI inositol-deacylase (Uniprot ID G0S652) with a S327A mutation. Residues 1187-1200 is the linker with a 3 C protease digestion site. Residues 1201-1435 is a fused mCherry ...詳細: Residues 1-1186 is GPI inositol-deacylase (Uniprot ID G0S652) with a S327A mutation. Residues 1187-1200 is the linker with a 3 C protease digestion site. Residues 1201-1435 is a fused mCherry protein (Uniprot ID A0A366VY15 with the following four mutations that extend its fluorescence lifetime: W148S, I166V, Q168Y and I202R). Residues 1436-1447 is the linker with a His tag.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Psychromonas sp. B3M02 (バクテリア)
分子量理論値: 161.345547 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSRSLSSAS SDDDDAPPIR VPRVNQCATS RTKDSQSPAQ SASKLDRRRS ADRRPSFSAN RRSGTGAGTG TGTGIANWRP FDSRDATVE RAGSSTATTA TTPPPSSSLG LMLAANGAVQ EKEMVMMGKA QEHGFVGRRA PWRSPWAISV FAFVTSLLGI G LLLAVIHS ...文字列:
MGSRSLSSAS SDDDDAPPIR VPRVNQCATS RTKDSQSPAQ SASKLDRRRS ADRRPSFSAN RRSGTGAGTG TGTGIANWRP FDSRDATVE RAGSSTATTA TTPPPSSSLG LMLAANGAVQ EKEMVMMGKA QEHGFVGRRA PWRSPWAISV FAFVTSLLGI G LLLAVIHS SVTRQIDPKG CRMSYMRPSY AKLSDFDTEH TRLASKYSLY LYREQGIDHD VKVRGVPVLF IPGNAGSYKQ VR PIAAEAA NYFHDVLQHD EAALRAGVRS LDFFTVDFNE DITAFHGQTL LDQAEYLNEA IRYILSLYLD PRVSERDPDL PDP TSVIVL GHAMGGIVAR TMLIMPNYQH NSINTIITMS APHARPPVSF DGQIVQTYKD INNYWRHAYS QKWANDNPLW HVTL VSIAG GGLDTVVPSD YASIESLVPD THGFTVFTST IPNVWTSMDH QAILWCDQFR KVIIRALFDI VDVHRASQTK PRAQR MRVF KKWFLSGMET VAEKIAPTSD PTTLLIVDDK SDSITAEGER LVLRELGTQG SVRAHLMPIP PPGSPELKRF TLLTDT KLD KPGENGKLEV MFCSVIPSQP NPTGPAIPSQ LDLSKGNAGT TRLACTNVAP DVITLPASTR FARFPFSVRK EAEIPPF SY LEYVLDDISE HQFVAVIEKA TIPTPGFVIA EFSDHSNSHH TRHIGLRNLL TFGISLRLPS NRPMMSEVRI PSVKSSLL A YNLRISALEC SGRKDLFAPL VRQYLAEPYE SKYFVNARQA AVSLHGVAPY VPPPMSREPE AEGLAFQLWT DPTCNSSIQ VDLTVDVMGS LGKLYMRYRT VFAAFPLFIV SLVLRKQFQV YDSTGSFITF AEGLDLSLRQ SIPVMLIVLA ALTLSTTKMA PSSSAGLWH WGGNTTFTNF HQNDLLIGTQ DPFFLFLIPL IGIICVGVCT VVNYIALSLT RLISVVISFI GFLTVRFGWV N AEDRRRPS NPAIFPPSSP RRRMITTAVL LFLVSTMIPY QLAYLVACLV QLGTLVRAQR ISSELRSPAN SNFHNYVHSI FI LMLWILP INLPTLVVWM HNLSVHWLTP FTSHHNVFSI MPFILLVETH TTGQMIPRTG GTGNGRCCVL LRHITSILLL SLA LYAAVY GVSYAYTLHQ FVNLFAFWLV MVHSTADDWS LTGLRQLILH NRNNANNKSE TGSRKRGKEP GTLEVLFQGP KLEF VSKGE EDNMAIIKEF MRFKVHMEGS VNGHEFEIEG EGEGRPYEGT QTAKLKVTKG GPLPFAWDIL SPQFMYGSKA YVKHP ADIP DYLKLSFPEG FKWERVMNFE DGGVVTVTQD SSLQDGEFIY KVKLRGTNFP SDGPVMQKKT MGSEASSERM YPEDGA LKG EVKYRLKLKD GGHYDAEVKT TYKAKKPVQL PGAYNVNRKL DITSHNEDYT IVEQYERAEG RHSTGGMDEL YKSAHHH HH HHHHH

UniProtKB: GPI inositol-deacylase, Uncharacterized protein

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分子 #2: Green fluorescent protein,Complement decay-accelerating factor

分子名称: Green fluorescent protein,Complement decay-accelerating factor
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Residues 1-6 is a linker. Residues 7-231 is a thermostable green fluorescent protein (PDB entry 4TZA, residue 5-229). Residues 232-263 is a linker with an expression tag. Residues 264-272 is ...詳細: Residues 1-6 is a linker. Residues 7-231 is a thermostable green fluorescent protein (PDB entry 4TZA, residue 5-229). Residues 232-263 is a linker with an expression tag. Residues 264-272 is human CD55 (Uniprot ID P08174, residue P345-S353)
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.894154 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GGSGGSASVI KPEMKIKLRM EGAVNGHKFV IEGEGIGKPY EGTQTLDLTV EEGAPLPFSY DILTPAFQYG NRAFTKYPED IPDYFKQAF PEGYSWERSM TYEDQGICIA TSDITMEGDC FFYEIRFDGT NFPPNGPVMQ KKTLKWEPST EKMYVEDGVL K GDVEMALL ...文字列:
GGSGGSASVI KPEMKIKLRM EGAVNGHKFV IEGEGIGKPY EGTQTLDLTV EEGAPLPFSY DILTPAFQYG NRAFTKYPED IPDYFKQAF PEGYSWERSM TYEDQGICIA TSDITMEGDC FFYEIRFDGT NFPPNGPVMQ KKTLKWEPST EKMYVEDGVL K GDVEMALL LEGGGHYRCD FKTTYKAKKD VRLPDAHEVD HRIEILSHDK DYNKVRLYEH AEARYSGGGS GGGSAWSHPQ FE KGGGSGG GSGGSAWSHP QFEKGSPNKG SGTTS

UniProtKB: Complement decay-accelerating factor

+
分子 #3: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

+
分子 #4: alpha-D-mannopyranose

分子名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MAN
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス

+
分子 #5: 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-...

分子名称: 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: 05E
分子量理論値: 303.204 Da
Chemical component information

ChemComp-05E:
2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate

+
分子 #6: 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose

分子名称: 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: PA1
分子量理論値: 179.171 Da
Chemical component information

ChemComp-PA1:
2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / α-D-グルコサミン

+
分子 #7: [(2~{R})-1-octadecoxy-3-[oxidanyl-[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{R})-2,3,...

分子名称: [(2~{R})-1-octadecoxy-3-[oxidanyl-[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{R})-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (5~{Z},8~{Z},11~{Z},14~{Z})-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: LYI
分子量理論値: 873.144 Da
Chemical component information

ChemComp-LYI:
[(2~{R})-1-octadecoxy-3-[oxidanyl-[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{R})-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (5~{Z},8~{Z},11~{Z},14~{Z})-icosa-5,8,11,14-tetraenoate

+
分子 #8: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

+
分子 #9: 2-azanylethyl [(2R,3S,4S,5S,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-...

分子名称: 2-azanylethyl [(2R,3S,4S,5S,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl hydrogen phosphate
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: 80Y
分子量理論値: 303.204 Da
Chemical component information

ChemComp-80Y:
2-azanylethyl [(2R,3S,4S,5S,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl hydrogen phosphate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度14.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
0.008 %GDNglyco-diosgenin
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 50 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.026000000000000002 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 353585
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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