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- EMDB-36962: F8-A22-E4 complex of MPXV in complex with DNA and dCTP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36962
タイトルF8-A22-E4 complex of MPXV in complex with DNA and dCTP
マップデータ
試料
  • 複合体: F8-A22-E4 complex of MPXV in complex with DNA and Ara-CTP
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase F8
    • タンパク質・ペプチド: Uracil-DNA glycosylase E4
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase processivity factor component A20
    • DNA: DNA (5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: water
キーワードRECOMBINATION / REPLICATION / VIRAL PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / DNA replication / DNA polymerase processivity factor
機能・相同性情報
生物種Monkeypox virus (サル痘ウイルス) / DNA molecule (その他)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Shen YP / Li YN / Yan RH
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFA0509301 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the inhibition mechanism of the DNA polymerase holoenzyme from mpox virus.
著者: Yaping Shen / Yaning Li / Renhong Yan /
要旨: There are three key components at the core of the mpox virus (MPXV) DNA polymerase holoenzyme: DNA polymerase F8, processivity factors A22, and the Uracil-DNA glycosylase E4. The holoenzyme is ...There are three key components at the core of the mpox virus (MPXV) DNA polymerase holoenzyme: DNA polymerase F8, processivity factors A22, and the Uracil-DNA glycosylase E4. The holoenzyme is recognized as a vital antiviral target because MPXV replicates in the cytoplasm of host cells. Nucleotide analogs such as cidofovir and cytarabine (Ara-C) have shown potential in curbing MPXV replication and they also display promise against other poxviruses. However, the mechanism behind their inhibitory effects remains unclear. Here, we present the cryo-EM structure of the DNA polymerase holoenzyme F8/A22/E4 bound with its competitive inhibitor Ara-C-derived cytarabine triphosphate (Ara-CTP) at an overall resolution of 3.0 Å and reveal its inhibition mechanism. Ara-CTP functions as a direct chain terminator in proximity to the deoxycytidine triphosphate (dCTP)-binding site. The extra hydrogen bond formed with Asn665 makes it more potent in binding than dCTP. Asn665 is conserved among eukaryotic B-family polymerases.
履歴
登録2023年7月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月5日-
マップ公開2024年6月5日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36962.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36962.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-4.585059 - 6.1257057
平均 (標準偏差)0.0016824614 (±0.108753026)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 278.272 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36962_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36962_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : F8-A22-E4 complex of MPXV in complex with DNA and Ara-CTP

全体名称: F8-A22-E4 complex of MPXV in complex with DNA and Ara-CTP
要素
  • 複合体: F8-A22-E4 complex of MPXV in complex with DNA and Ara-CTP
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase F8
    • タンパク質・ペプチド: Uracil-DNA glycosylase E4
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase processivity factor component A20
    • DNA: DNA (5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: water

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超分子 #1: F8-A22-E4 complex of MPXV in complex with DNA and Ara-CTP

超分子名称: F8-A22-E4 complex of MPXV in complex with DNA and Ara-CTP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)

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分子 #1: DNA polymerase F8

分子名称: DNA polymerase F8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 117.045055 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDVRCINWFE SHGENRFLYL KSRCRNGETV FIRFPHYFYY VVTDEIYQSL SPPPFNARPM GKMRTIDIDE TISYNLDIKD RKCSVADMW LIEEPKKRSI QNATMDEFFN ISWFYISNGI SPDGCYSLDE QYLTKINNGC YHCDDPRNCF AKEIPRFDIP R SYLFLAIA ...文字列:
MDVRCINWFE SHGENRFLYL KSRCRNGETV FIRFPHYFYY VVTDEIYQSL SPPPFNARPM GKMRTIDIDE TISYNLDIKD RKCSVADMW LIEEPKKRSI QNATMDEFFN ISWFYISNGI SPDGCYSLDE QYLTKINNGC YHCDDPRNCF AKEIPRFDIP R SYLFLAIA CHFDKKFPSV FINPISHTSY CYIDLSGKRL LFTLINEEML TEQEIQEAVD RGCLRIQSLM EMDYERELVL CS EIVLLRI AKQLLELTFD YVVTFNGHNF DLRYITNRLE LLTGEKIIFR SPDKKEAVHL CIYERNQSSH KGVCGMANTT FHV NNNNGT IFFDLYSFIQ KSEKLDSYKL DSISKNAFSC MGKVLNRGVR EMTFIGDDTT DAKGKADTFA KVLTTGNYVT VDED IICKV IRKDILENGF KVVLSCPTLP NDIYKLSFGK DDIDLAQMYK DYNLNIALDM ARYCIHDACL CQYLWEYYGV ETKTD AGAA TYVLPQSMVF EYRASTIIKG PLLKLLLETK TILVRSETKQ KFPYEGGKVF APKQKMFSNN VLIFDYNSLY PNVCIF GNL SPETLVGVVV STNRLEEEIN NQLLLQKYPP PRYITVHCEP RLPNLISEIA IFDRSIEGTI PRLLRTFLAE RARYKKM LK QATSSTEKAI YDSMQYTYKI VANSVYGLMG FRNSALYSYA SAKSCTSIGR RMILYLESVL NGAELSNGML RFANTLSN P FYMDDRDINP IVKTSLPIDY RFRFRSVYGD TDSVFTEIDS QDVDKSIEIA KELERLINSR VLFNNFKIEF EAVYKNLIM QSKKKYTTMK YSASSNSKSV PERINKGTSE TRRDVSKFHK NMIKTYKTRL SEMLSEGRMN SNQVCIDILR SLETDLRSEF DSRSSPLEL FMLSRMHHSN YKSADNPNMY LVTEYNKNNP ETIELGERYY FAYICPANVP WTKKLVNIKT YETIIDRSFK L GSNQRIFY EVYFKRLTSE IVNLLDNKVL CISFFQRMFG SRPTFYEA

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分子 #2: Uracil-DNA glycosylase E4

分子名称: Uracil-DNA glycosylase E4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 25.107742 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNSVTISHAP YTITYHDDWE PVMSQLVEFY NEVASWLLRD ETSPIPDKFF IQLKQPLRNK RVCVCGIDPY PKDGTGVPFE SPNFTKKSI KEIASSISRL TGVIDYKGYN LNIIDGVIPW NYYLSCKLGE TKSHAIYWDK ISKLLLQHIT KHVSVLYCLG K TDFSNIRA ...文字列:
MNSVTISHAP YTITYHDDWE PVMSQLVEFY NEVASWLLRD ETSPIPDKFF IQLKQPLRNK RVCVCGIDPY PKDGTGVPFE SPNFTKKSI KEIASSISRL TGVIDYKGYN LNIIDGVIPW NYYLSCKLGE TKSHAIYWDK ISKLLLQHIT KHVSVLYCLG K TDFSNIRA KLESPVTTIV GYHPAARDHQ FEKDRSFEII NVLLELDNKT PINWAQGFIY

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分子 #3: DNA polymerase processivity factor component A20

分子名称: DNA polymerase processivity factor component A20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 49.203926 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTSSADLTNL KELLSLYKSL RFSDSVAIEK YNSLVEWGTS TYWKIGVQKV TNVETSISDY YDEVKNKPFN IDPGYYIFLP VYFGSVFIY SKGKNMVELG SGNSFQIPDE IRSACNKVLD SDNGIDFLRF VLLNNRWIME DAISKYQSPV NIFKLASEYG L NIPNYLEI ...文字列:
MTSSADLTNL KELLSLYKSL RFSDSVAIEK YNSLVEWGTS TYWKIGVQKV TNVETSISDY YDEVKNKPFN IDPGYYIFLP VYFGSVFIY SKGKNMVELG SGNSFQIPDE IRSACNKVLD SDNGIDFLRF VLLNNRWIME DAISKYQSPV NIFKLASEYG L NIPNYLEI EIEEDTLFDD ELYSIMERSF DDTFPKISIS YIKLGELKRQ VVDFFKFSFM YIESIKVDRI GDNIFIPSVI TK SGKKILV KDVDHLIRSK VREHTFVKVK KKNTFSILYD YDGNGTETRG EVIKRIIDTI GRDYYVNGKY FSKVGIAGLK QLT NKLDIN ECATVDELVD EINKSGTVKR KIKNQSVFDL SRECLGYPEA DFITLVNNMR FKIENCKVVN FNIENTNCLN NPSI ETIYG NFNQFVSIFN TVTDVKKRLF E

UniProtKB: DNA polymerase processivity factor

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分子 #4: DNA (5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3')

分子名称: DNA (5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3') / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)
分子量理論値: 3.518307 KDa
配列文字列:
(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DC)

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分子 #5: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3')
タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)
分子量理論値: 5.067301 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #7: CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CTP
分子量理論値: 483.156 Da
Chemical component information

ChemComp-CTP:
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP

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分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / 使用した粒子像数: 392167
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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