[日本語] English
万見
- EMDB-36914: Cryo-EM structure of Streptomyces coelicolor transcription initia... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36914
タイトルCryo-EM structure of Streptomyces coelicolor transcription initiation complex with the global transcription factor AfsR
マップデータ
試料
  • 複合体: Streptomyces coelicolor transcription initiation complex with the global transcription factor AfsR
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase principal sigma factor HrdB
    • DNA: Non-template strand DNA for AfsS promoter
    • DNA: Template strand DNA for AfsS promoter
    • タンパク質・ペプチド: Regulatory protein AfsR
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
キーワードtranscription factor / TRANSCRIPTION-DNA complex / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


pigment binding / bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / nucleoid / sigma factor activity / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / antibiotic biosynthetic process / phosphorelay signal transduction system / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation ...pigment binding / bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / nucleoid / sigma factor activity / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / antibiotic biosynthetic process / phosphorelay signal transduction system / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ADP binding / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial transcriptional activator domain / : / Bacterial transcriptional activator domain / Bacterial transcriptional activator domain / Tetratricopeptide repeat / NB-ARC / NB-ARC domain / Tetratricopeptide repeat / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal ...Bacterial transcriptional activator domain / : / Bacterial transcriptional activator domain / Bacterial transcriptional activator domain / Tetratricopeptide repeat / NB-ARC / NB-ARC domain / Tetratricopeptide repeat / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase principal sigma factor HrdB / Regulatory protein AfsR / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lin W / Shi J / Xu JC
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81903526 中国
引用ジャーナル: iScience / 年: 2024
タイトル: Structural insights into transcription activation of the antibiotic regulatory protein, AfsR.
著者: Jing Shi / Zonghang Ye / Zhenzhen Feng / Aijia Wen / Lu Wang / Zhipeng Zhang / Liqiao Xu / Qian Song / Fulin Wang / Tianyu Liu / Shuang Wang / Yu Feng / Wei Lin /
要旨: The antibiotic regulatory proteins (SARPs) are ubiquitously distributed transcription activators in and control antibiotics biosynthesis and morphological differentiation. However, the molecular ...The antibiotic regulatory proteins (SARPs) are ubiquitously distributed transcription activators in and control antibiotics biosynthesis and morphological differentiation. However, the molecular mechanism behind SARP-dependent transcription initiation remains elusive. We here solve the cryo-EM structure of an AfsR-loading RNA polymerase (RNAP)-promoter intermediate complex (AfsR-RPi) including the RNAP, a large SARP member AfsR, and its target promoter DNA that retains the upstream portion straight. The structure reveals that one dimeric N-terminal AfsR-SARP domain (AfsR-SARP) specifically engages with the same face of the AfsR-binding sites by the conserved DNA-binding domains (DBDs), replacing σR4 to bind the suboptimal -35 element, and shortens the spacer between the -10 and -35 elements. Notably, the AfsR-SARPs also recruit RNAP through extensively interacting with its conserved domains (β flap, σR4, and αCTD). Thus, these macromolecular snapshots support a general model and provide valuable clues for SARP-dependent transcription activation in .
履歴
登録2023年7月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2024年8月21日-
現状2024年8月21日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_36914.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36914.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 280 pix.
= 308. Å		1.1 Å/pix.
x 280 pix.
= 308. Å		1.1 Å/pix.
x 280 pix.
= 308. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.029425224 - 0.057714265
平均 (標準偏差)0.000018430344 (±0.002237157)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 308.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_36914_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_36914_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Streptomyces coelicolor transcription initiation complex with the...

全体名称: Streptomyces coelicolor transcription initiation complex with the global transcription factor AfsR
要素
  • 複合体: Streptomyces coelicolor transcription initiation complex with the global transcription factor AfsR
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase principal sigma factor HrdB
    • DNA: Non-template strand DNA for AfsS promoter
    • DNA: Template strand DNA for AfsS promoter
    • タンパク質・ペプチド: Regulatory protein AfsR
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Streptomyces coelicolor transcription initiation complex with the...

超分子名称: Streptomyces coelicolor transcription initiation complex with the global transcription factor AfsR
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
分子量理論値: 36.734641 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLIAQRPSLT EEVVDEFRSR FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTDLILNI KQLVVSSEH DEPVVMYLRK QGPGLVTAAD IAPPAGVEVH NPDLVLATLN GKGKLEMELT VERGRGYVSA VQNKQVGQEI G RIPVDSIY ...文字列:
MLIAQRPSLT EEVVDEFRSR FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTDLILNI KQLVVSSEH DEPVVMYLRK QGPGLVTAAD IAPPAGVEVH NPDLVLATLN GKGKLEMELT VERGRGYVSA VQNKQVGQEI G RIPVDSIY SPVLKVTYKV EATRVEQRTD FDKLIVDVET KQAMRPRDAM ASAGKTLVEL FGLARELNID AEGIDMGPSP TD AALAADL ALPIEELELT VRSYNCLKRE GIHSVGELVA RSEADLLDIR NFGAKSIDEV KAKLAGMGLA LKDSPPGFDP TAA ADAFGA DDDADAGFVE TEQY

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
分子量理論値: 128.644945 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAASRNASTA NTNNAASTAP LRISFAKIKE PLEVPNLLAL QTESFDWLLG NDAWKARVES ALESGQDVPT KSGLEEIFEE ISPIEDFSG SMSLTFRDHR FEPPKNSIDE CKDRDFTYAA PLFVTAEFTN NETGEIKSQT VFMGDFPLMT NKGTFVINGT E RVVVSQLV ...文字列:
MAASRNASTA NTNNAASTAP LRISFAKIKE PLEVPNLLAL QTESFDWLLG NDAWKARVES ALESGQDVPT KSGLEEIFEE ISPIEDFSG SMSLTFRDHR FEPPKNSIDE CKDRDFTYAA PLFVTAEFTN NETGEIKSQT VFMGDFPLMT NKGTFVINGT E RVVVSQLV RSPGVYFDSS IDKTSDKDIF SAKIIPSRGA WLEMEIDKRD MVGVRIDRKR KQSVTVLLKA LGWTTEQILE EF GEYESMR ATLEKDHTQG QDDALLDIYR KLRPGEPPTR EAAQTLLENL YFNPKRYDLA KVGRYKVNKK LGADEPLDAG VLT TDDVIA TIKYLVKLHA GETETVGESG REIVVETDDI DHFGNRRIRN VGELIQNQVR TGLARMERVV RERMTTQDVE AITP QTLIN IRPVVASIKE FFGTSQLSQF MDQNNPLSGL THKRRLNALG PGGLSRERAG FEVRDVHPSH YGRMCPIETP EGPNI GLIG SLASYGRINP FGFIETPYRK VVEGQVTDDV DYLTADEEDR FVIAQANAAL GDDMRFAEAR VLVRRRGGEV DYVPGD DVD YMDVSPRQMV SVATAMIPFL EHDDANRALM GANMMRQAVP LIKSESPLVG TGMEYRSAAD AGDVVKAEKA GVVQEVS AD YITTTNDDGT YITYRLAKFS RSNQGTSVNQ KVIVAEGDRI IEGQVLADGP ATENGEMALG KNLLVAFMPW EGHNYEDA I ILSQRLVQDD VLSSIHIEEH EVDARDTKLG PEEITRDIPN VSEEVLADLD ERGIIRIGAE VVAGDILVGK VTPKGETEL TPEERLLRAI FGEKAREVRD TSLKVPHGEI GKVIGVRVFD REEGDELPPG VNQLVRVYVA QKRKITDGDK LAGRHGNKGV ISKINPIED MPFLEDGTPV DIILNPLAVP SRMNPGQVLE IHLGWLASRG WDVSGLAEEW AQRLQVIGAD KVEPGTNVAT P VFDGARED ELAGLLQHTI PNRDGERMVL PSGKARLFDG RSGEPFPEPI SVGYMYILKL HHLVDDKLHA RSTGPYSMIT QQ PLGGKAQ FGGQRFGEME VWALEAYGAA YALQELLTIK SDDVTGRVKV YEAIVKGENI PEPGIPESFK VLIKEMQSLC LNV EVLSSD GMSIEMRDTD EDVFRAAEEL GIDLSRREPS SVEEV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
分子量理論値: 144.807078 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLDVNFFDEL RIGLATADDI RQWSHGEVKK PETINYRTLK PEKDGLFCEK IFGPTRDWEC YCGKYKRVRF KGIICERCGV EVTRAKVRR ERMGHIELAA PVTHIWYFKG VPSRLGYLLD LAPKDLEKVI YFAAYMITFV DEERRTRDLP SLEAHVSVER Q QIEQRRDS ...文字列:
MLDVNFFDEL RIGLATADDI RQWSHGEVKK PETINYRTLK PEKDGLFCEK IFGPTRDWEC YCGKYKRVRF KGIICERCGV EVTRAKVRR ERMGHIELAA PVTHIWYFKG VPSRLGYLLD LAPKDLEKVI YFAAYMITFV DEERRTRDLP SLEAHVSVER Q QIEQRRDS DLEARAKKLE TDLAELEAEG AKADVRRKVR EGAEREMKQL RDRAQREIDR LDEVWNRFKN LKVQDLEGDE LL YRELRDR FGTYFDGSMG AAALQKRLES FDLDEEAERL REIIRTGKGQ KKTRALKRLK VVSAFLQTSN SPKGMVLDCV PVI PPDLRP MVQLDGGRFA TSDLNDLYRR VINRNNRLKR LLDLGAPEII VNNEKRMLQE AVDALFDNGR RGRPVTGPGN RPLK SLSDM LKGKQGRFRQ NLLGKRVDYS ARSVIVVGPQ LKLHQCGLPK AMALELFKPF VMKRLVDLNH AQNIKSAKRM VERGR TVVY DVLEEVIAEH PVLLNRAPTL HRLGIQAFEP QLVEGKAIQI HPLVCTAFNA DFDGDQMAVH LPLSAEAQAE ARILML SSN NILKPADGRP VTMPTQDMVL GLFFLTTDSE GRSPKGEGRA FGSSAEAIMA FDAGDLTLQA KIDIRFPVGT IPPRGFE PP AREEGEPEWQ QGDTFTLKTT LGRALFNELL PEDYPFVDYE VGKKQLSEIV NDLAERYPKV IVAATLDNLK AAGFFWAT R SGVTVAISDI VVPDAKKEIV KGYEGQDEKV QKQYERGLIT KEERTQELIA IWTKATNEVA EAMNDNFPKT NPVSMMVNS GARGNMMQMR QIAGMRGLVS NAKNETIPRP IKASFREGLS VLEYFISTHG ARKGLADTAL RTADSGYLTR RLVDVSQDVI IREEDCGTE RGLKLPIATR DADGTLRKAE DVETSVYARM LAEDVVIDGK VIAPANVDLG DVLIDALVAH GVEEVKTRSI L TCESQVGT CAMCYGRSLA TGKLVDIGEA VGIIAAQSIG EPGTQLTMRT FHTGGVAGDD ITQGLPRVVE LFEARTPKGV AP ISEASGR VRIEETEKTK KIVVTPDDGS DETAFPISKR ARLLVGEGDH VEVGQKLTVG ATNPHDVLRI LGQRAVQVHL VGE VQKVYN SQGVSIHDKH IEIIIRQMLR RVTIIESGDA ELLPGELVER TKFETENRRV VQEGGHPASG RPQLMGITKA SLAT ESWLS AASFQETTRV LTDAAINAKS DSLIGLKENV IIGKLIPAGT GLSRYRNIRV EPTEEAKAAM YSAVGYDDID YSPFG TGSG QAVPLEDYDY GPYNQ

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
分子量理論値: 9.716941 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSSSISAPEG IINPPIDELL EATDSKYSLV IYAAKRARQI NAYYSQLGEG LLEYVGPLVD THVHEKPLSI ALREINAGLL TSEAIEGPA Q

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #5: RNA polymerase principal sigma factor HrdB

分子名称: RNA polymerase principal sigma factor HrdB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
分子量理論値: 56.017578 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSASTSRTLP PEIAESVSVM ALIERGKAEG QIAGDDVRRA FEADQIPATQ WKNVLRSLNQ ILEEEGVTLM VSAAEPKRTR KSVAAKSPA KRTATKAVAA KPVTSRKATA PAAPAAPATE PAAVEEEAPA KKAAAKKTTA KKATAKKTTA KKAAAKKTTA K KEDGELLE ...文字列:
MSASTSRTLP PEIAESVSVM ALIERGKAEG QIAGDDVRRA FEADQIPATQ WKNVLRSLNQ ILEEEGVTLM VSAAEPKRTR KSVAAKSPA KRTATKAVAA KPVTSRKATA PAAPAAPATE PAAVEEEAPA KKAAAKKTTA KKATAKKTTA KKAAAKKTTA K KEDGELLE DEATEEPKAA TEEPEGTENA GFVLSDEDED DAPAQQVAAA GATADPVKDY LKQIGKVPLL NAEQEVELAK RI EAGLFAE DKLANSDKLA PKLKRELEII AEDGRRAKNH LLEANLRLVV SLAKRYTGRG MLFLDLIQEG NLGLIRAVEK FDY TKGYKF STYATWWIRQ AITRAMADQA RTIRIPVHMV EVINKLARVQ RQMLQDLGRE PTPEELAKEL DMTPEKVIEV QKYG REPIS LHTPLGEDGD SEFGDLIEDS EAVVPADAVS FTLLQEQLHS VLDTLSEREA GVVSMRFGLT DGQPKTLDEI GKVYG VTRE RIRQIESKTM SKLRHPSRSQ VLRDYLD

UniProtKB: RNA polymerase principal sigma factor HrdB

+
分子 #8: Regulatory protein AfsR

分子名称: Regulatory protein AfsR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
分子量理論値: 105.842578 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MDGGPRVPEQ RRPGFPAEEE ESGALRFGVL GPVRAWRDGE TLATGSPQQR ALLAALLLRE GRTATAGELI DALWGEEPPS QALAAVRTY ASRLRKVLDP GVLVSESGGY AVRGLAEGAL DLARAQDLAS AAEKARSAGD LCHARDLLRR ALDLWDGEVL A GVPGPYAQ ...文字列:
MDGGPRVPEQ RRPGFPAEEE ESGALRFGVL GPVRAWRDGE TLATGSPQQR ALLAALLLRE GRTATAGELI DALWGEEPPS QALAAVRTY ASRLRKVLDP GVLVSESGGY AVRGLAEGAL DLARAQDLAS AAEKARSAGD LCHARDLLRR ALDLWDGEVL A GVPGPYAQ TQRVRLGEWR LQLLETRLDM DLDQGCHAEA VSELTALTAA HPLRERLREL LMLALYRSGR QAEALAVYAD TR RLLADEL GVDPRPGLQE LQQRILQADP ALAELSAATA ETATATLRPA QLPATVSDFT GRAAFVRELS DVLSAASGES ASG RVMAVS ALAGIGGVGK TTLAVHVAHR ARAAFPDGQL YVDLQGAGAR PAEPETVLGS FLRALGTADS AIPDSLEERA ALYR SVLDG RRVLVLLDNA RDAAQVRPLL PGTDGCAALV TARVRMVDLA GAHLVDLDVM APEEALALFT KIVGEERVAS ERQAA LDVV GACGFLPLAI RIAASRLAAR RTWTVSVLAA KLADERRRLD ELQAGDQAVE ATFELGYGQL EPAQARAFRL LGLADG PDI SLAAAAAVLD LPAQDTEDLL ESLVDTSLLE SAAPGRYRFH DLVRLYARAC AERTERDGNA PSERGAALSR LLDFYLA TA AGVYAIERPG DRLVDGLEPT EYPGLTFTEG SAALDWLYTE AAPLLACVRQ SAGTARLRRA VDLLWAAKDL TESGANSH Q YEATARAMCD ATGSAADTRA EGRARTVLSD VLLVSGRIEH AEEEARLAMR LAGSAEDSAA VSWVANNRGL VCLHQRRYA EGKGLFHQAI AGFRATDNRA GEASALSNLS RAQLGMGNVA EAVDIARQGL AVYAELGRTM RLANGHFALG VALTRAGRHE EALGEFAEA LDLFGDHRQR LWEGATNFRL AEVHLAAGRP SSAAQHAEQA LALGCIGGDR MRGNVLALLG RALSALGQAD R ARACWREA LSLYEQHDAQ EVGEVRALLA RSVAR

UniProtKB: Regulatory protein AfsR

+
分子 #6: Non-template strand DNA for AfsS promoter

分子名称: Non-template strand DNA for AfsS promoter / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
分子量理論値: 18.177602 KDa
配列文字列: (DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA) (DT) (DG)(DG)(DG)(DA)(DG) ...文字列:
(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA) (DT) (DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC) (DA)

+
分子 #7: Template strand DNA for AfsS promoter

分子名称: Template strand DNA for AfsS promoter / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
分子量理論値: 18.36077 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG) (DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT) (DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DA) (DA) (DC)(DG)(DA)(DA)(DC) ...文字列:
(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG) (DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT) (DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DA) (DA) (DC)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT) (DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG) (DG)

+
分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #10: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7vpd

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 231221
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る