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- EMDB-36907: Cryo-EM structure of the RC-LH core comples from Halorhodospira h... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36907
タイトルCryo-EM structure of the RC-LH core comples from Halorhodospira halochloris
マップデータ
試料
  • 複合体: RC-LH core complex
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 14種
キーワードRC-LH complex / HALORHODOSPIRA HALOCHLORIS / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding ...organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain ...Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Antenna complex alpha/beta subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / Photosynthetic reaction center H subunit / Reaction center protein M chain / Uncharacterized protein / Reaction center protein L chain / Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein / Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein / Light-harvesting LHI
類似検索 - 構成要素
生物種Halorhodospira halochloris (紅色硫黄細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Wang G-L / Qi C-H / Yu L-J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC3401800 中国
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the unusual core photocomplex from a triply extremophilic purple bacterium, Halorhodospira halochloris.
著者: Chen-Hui Qi / Guang-Lei Wang / Fang-Fang Wang / Jie Wang / Xiang-Ping Wang / Mei-Juan Zou / Fei Ma / Michael T Madigan / Yukihiro Kimura / Zheng-Yu Wang-Otomo / Long-Jiang Yu /
要旨: Halorhodospira (Hlr.) halochloris is a triply extremophilic phototrophic purple sulfur bacterium, as it is thermophilic, alkaliphilic, and extremely halophilic. The light-harvesting-reaction center ...Halorhodospira (Hlr.) halochloris is a triply extremophilic phototrophic purple sulfur bacterium, as it is thermophilic, alkaliphilic, and extremely halophilic. The light-harvesting-reaction center (LH1-RC) core complex of this bacterium displays an LH1-Q transition at 1,016 nm, which is the lowest-energy wavelength absorption among all known phototrophs. Here we report the cryo-EM structure of the LH1-RC at 2.42 Å resolution. The LH1 complex forms a tricyclic ring structure composed of 16 αβγ-polypeptides and one αβ-heterodimer around the RC. From the cryo-EM density map, two previously unrecognized integral membrane proteins, referred to as protein G and protein Q, were identified. Both of these proteins are single transmembrane-spanning helices located between the LH1 ring and the RC L-subunit and are absent from the LH1-RC complexes of all other purple bacteria of which the structures have been determined so far. Besides bacteriochlorophyll b molecules (B1020) located on the periplasmic side of the Hlr. halochloris membrane, there are also two arrays of bacteriochlorophyll b molecules (B800 and B820) located on the cytoplasmic side. Only a single copy of a carotenoid (lycopene) was resolved in the Hlr. halochloris LH1-α3β3 and this was positioned within the complex. The potential quinone channel should be the space between the LH1-α3β3 that accommodates the single lycopene but does not contain a γ-polypeptide, B800 and B820. Our results provide a structural explanation for the unusual Q red shift and carotenoid absorption in the Hlr. halochloris spectrum and reveal new insights into photosynthetic mechanisms employed by a species that thrives under the harshest conditions of any phototrophic microorganism known.
履歴
登録2023年7月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月22日-
マップ公開2024年5月22日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36907.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36907.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.02 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.6558168 - 2.8824334
平均 (標準偏差)0.00016962357 (±0.07369802)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 367.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36907_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_36907_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RC-LH core complex

全体名称: RC-LH core complex
要素
  • 複合体: RC-LH core complex
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center H subunit
    • タンパク質・ペプチド: Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting LHI
    • タンパク質・ペプチド: Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Beta subunit of light-harvesting 1
    • タンパク質・ペプチド: Gamma subunit of light-harvesting 1
    • タンパク質・ペプチド: reaction center small polypeptide
    • タンパク質・ペプチド: reactin center small polypeptide
  • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: Trans-Geranyl Bacteriochlorophyll B
  • リガンド: Trans-Geranyl Bacteriopheophytin B
  • リガンド: Ubiquinone-8
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: MENAQUINONE 8
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: LYCOPENE
  • リガンド: Trans-Geranyl 8-vinyl-bacteriochlorophyll B
  • リガンド: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: 2-O-octyl-beta-D-glucopyranose

+
超分子 #1: RC-LH core complex

超分子名称: RC-LH core complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #3-#11
由来(天然)生物種: Halorhodospira halochloris (紅色硫黄細菌)

+
分子 #1: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halorhodospira halochloris (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 41.612859 KDa
配列文字列: MDGRYLTRSL AVGALAAGFL VVAGCERPPF EQEQTGPRGT GMYVLDNPRI LESRLDLHTA PEARPMASED GERAGDVHEN VQVLADLSD EQFWRIKEEM TDWVAGDEGC TYCHTDDLAS DEKYQYRVSR DMIEMTRYLN ANWADTHLTH SNEAGVTCYT C HRGEPIPP ...文字列:
MDGRYLTRSL AVGALAAGFL VVAGCERPPF EQEQTGPRGT GMYVLDNPRI LESRLDLHTA PEARPMASED GERAGDVHEN VQVLADLSD EQFWRIKEEM TDWVAGDEGC TYCHTDDLAS DEKYQYRVSR DMIEMTRYLN ANWADTHLTH SNEAGVTCYT C HRGEPIPP ASWHSEEESG ETRFMTGMGD LQLQNKISSK TAYTAFPRDA LDTFLVGHEG ELSIVGEGEG GLRTATTEGV SL REAYEAV GLMMHLSYSL DAGCTLCHNV SRWASWEDSP KERETAWHGI RMARDINVNW INPLIDEYPE DADVLGPTGD VGK VSCQTC HNKERRPLYG EEFLELYPEL VGEPDPDFDY LQFGDLGTDL LKGVND

UniProtKB: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

+
分子 #2: Reaction center protein L chain

分子名称: Reaction center protein L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halorhodospira halochloris (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 31.115025 KDa
配列文字列: MAMLDFERKY RVRGGTLLGG DLFDFWVGPF YVGFFGVTAI FCAVFGFLMI GLKAAISETW SIFQLVLAPP NLENGFALAP LDEGGLWQI VTACAIGAFV SWALREVEIS RKLGIGYHIP FAFGVAISFF VLAQLGRPLL LGGWGHAFPY GIIAHLDWVN N VGYQNLHY ...文字列:
MAMLDFERKY RVRGGTLLGG DLFDFWVGPF YVGFFGVTAI FCAVFGFLMI GLKAAISETW SIFQLVLAPP NLENGFALAP LDEGGLWQI VTACAIGAFV SWALREVEIS RKLGIGYHIP FAFGVAISFF VLAQLGRPLL LGGWGHAFPY GIIAHLDWVN N VGYQNLHY HYHWAHMLGC SLFFATSFAL ALHGGLILSV TNPKKGEVVK TAEHENTFFR DFVGYSIGSL GIHRLGLALA LS TSISCIF GILTTGPFWS RGWPEWWYTW WPQIPIWNWG VS

UniProtKB: Reaction center protein L chain

+
分子 #3: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halorhodospira halochloris (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 36.221676 KDa
配列文字列: MAEYQNVFTR VQVRGPAEQG LEVPGGSWNR VGRPRFSYLL GKIGDAQVGP IYLGATGVVA SLGFLIFCLM VGFNWLAAVD WSVREVFRQ FWWLAVEVPP PEYGLRIPPF NDGGWFLWGL AICSLSLLMW WARTYIRARA LGLGTHVAWA FAAALWFYFI I TIIRPVAI ...文字列:
MAEYQNVFTR VQVRGPAEQG LEVPGGSWNR VGRPRFSYLL GKIGDAQVGP IYLGATGVVA SLGFLIFCLM VGFNWLAAVD WSVREVFRQ FWWLAVEVPP PEYGLRIPPF NDGGWFLWGL AICSLSLLMW WARTYIRARA LGLGTHVAWA FAAALWFYFI I TIIRPVAI GSWDESLPIG MFAHLDWLVA ISERYGNFYY NPFHMLSIAF CFGSALLFAA HGATILATGR YNSEREIEQI TD RGTGSER AALFWRWTMG FNATMESIHR WGYWMAILVP LVASIGLFLS GTVIESWYEW GLKHNLVPIY EELSDPARNP AAQ

UniProtKB: Reaction center protein M chain

+
分子 #4: Photosynthetic reaction center H subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center H subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halorhodospira halochloris (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 31.293768 KDa
配列文字列: MEAFYPMGIA RFDWGIWAVI FFFVFLAGLI VYCRREDKRE GYPLISDPND KYGAPRLVSG TIPRVPKPKT FLLRDGRTIQ VPRQEKVEW DRNYKLEAQP TAPWPGSPLE PIGNPMKAAI GPGAYAKRED KPELTWHNKQ KIVPMRIATE YYVVEDDPDL R GAPVVGLC ...文字列:
MEAFYPMGIA RFDWGIWAVI FFFVFLAGLI VYCRREDKRE GYPLISDPND KYGAPRLVSG TIPRVPKPKT FLLRDGRTIQ VPRQEKVEW DRNYKLEAQP TAPWPGSPLE PIGNPMKAAI GPGAYAKRED KPELTWHNKQ KIVPMRIATE YYVVEDDPDL R GAPVVGLC GGQGGRVRDI WVDRSECRIM YYEVEISPHT SGKDSVLLPQ CFARETRRMD GVWEIRVNSI TAEQFRDVPR LS NPDQITP QEEDMVCAYY GAGTLYAVPG RTEPFLP

UniProtKB: Photosynthetic reaction center H subunit

+
分子 #5: Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein

分子名称: Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halorhodospira halochloris (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 12.053332 KDa
配列文字列:
MANDIRPLRD FTDEEAQEFH QAAVQSFFLY VAVAFVAHLL VWAWRPFWPP EQGYRLEDFA PEEIRTDSFY SDFLPTTSWN SVTEGVNSL AAQLSTVVHY IAPFAG

UniProtKB: Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein

+
分子 #6: Light-harvesting LHI

分子名称: Light-harvesting LHI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halorhodospira halochloris (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 7.562918 KDa
配列文字列:
MWRIWKVFDP RRILIATALW LIIISLTIHV ILMTTERFNW LQGAPAAEYY SEVVEDGAAL SPRLV

UniProtKB: Light-harvesting LHI

+
分子 #7: Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein

分子名称: Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halorhodospira halochloris (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 7.696815 KDa
配列文字列:
MWKLWKFVDF RMTAVGFHLF FALLAFAVHF ACISSERFNW LEGAPAAEYY MDEDPGIWKR TSYDG

UniProtKB: Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein

+
分子 #8: Beta subunit of light-harvesting 1

分子名称: Beta subunit of light-harvesting 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halorhodospira halochloris (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 9.555675 KDa
配列文字列:
MTDIRTGLTD EECQEIHEMN MLGMHAYWSI GLIANALAYA WRPFHQGRAG NRLEDHAPDY VRSALTSVQE QASSVTAAVQ QTPMVG

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #9: Gamma subunit of light-harvesting 1

分子名称: Gamma subunit of light-harvesting 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halorhodospira halochloris (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 3.123757 KDa
配列文字列:
MGDAGIVVAV LVILAILGWP NISSTLRRW

+
分子 #10: reaction center small polypeptide

分子名称: reaction center small polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halorhodospira halochloris (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 3.531281 KDa
配列文字列:
MTGEAVWLIW FMAALALIGG ALPIVVKWWR E

+
分子 #11: reactin center small polypeptide

分子名称: reactin center small polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halorhodospira halochloris (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 3.76249 KDa
配列文字列:
MEGHMDVVDI SWLVTLAVLA LLAGAYPVFK RWR

+
分子 #12: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #13: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 50 / 式: PGV
分子量理論値: 749.007 Da
Chemical component information

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

+
分子 #14: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #15: Trans-Geranyl Bacteriochlorophyll B

分子名称: Trans-Geranyl Bacteriochlorophyll B / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 54 / 式: A1LZM
分子量理論値: 907.472 Da

+
分子 #16: Trans-Geranyl Bacteriopheophytin B

分子名称: Trans-Geranyl Bacteriopheophytin B / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: A1LZP
分子量理論値: 885.183 Da

+
分子 #17: Ubiquinone-8

分子名称: Ubiquinone-8 / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: UQ8
分子量理論値: 727.109 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ8:
Ubiquinone-8 / ユビキノン8

+
分子 #18: UNKNOWN LIGAND

分子名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 57 / 式: UNL
分子量理論値: 909.488 Da
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

+
分子 #19: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #20: MENAQUINONE 8

分子名称: MENAQUINONE 8 / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 2 / 式: MQ8
分子量理論値: 717.116 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ8:
MENAQUINONE 8

+
分子 #21: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 3 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #22: LYCOPENE

分子名称: LYCOPENE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: LYC
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-LYC:
LYCOPENE / リコペン

+
分子 #23: Trans-Geranyl 8-vinyl-bacteriochlorophyll B

分子名称: Trans-Geranyl 8-vinyl-bacteriochlorophyll B / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 16 / 式: A1LZQ
分子量理論値: 907.472 Da

+
分子 #24: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 1 / 式: PEF
分子量理論値: 691.959 Da
Chemical component information

ChemComp-PEF:
DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / DPPE / リン脂質*YM

+
分子 #25: 2-O-octyl-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-O-octyl-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 2 / 式: BGL
分子量理論値: 292.369 Da
Chemical component information

ChemComp-BGL:
2-O-octyl-beta-D-glucopyranose / 可溶化剤*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 60.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 353518
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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