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万見- EMDB-36854: Cryo-EM structure of 30S ribosome with cleaved AP-mRNA bound complex I -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36854 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of 30S ribosome with cleaved AP-mRNA bound complex I | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | Ribosome / AP-mRNA | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity ...mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / DNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / ribosome biogenesis / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.88 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Afsar M / Shukla A / Ramachandran R | ||||||||||||
資金援助 | インド, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of 30S ribosome with cleaved AP-mRNA bound complex I 著者: Afsar M / Shukla A / Ramachandran R | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36854.map.gz | 59.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36854-v30.xml emd-36854.xml | 36.5 KB 36.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36854.png | 159.6 KB | ||
マスクデータ | emd_36854_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-36854.cif.gz | 9 KB | ||
その他 | emd_36854_half_map_1.map.gz emd_36854_half_map_2.map.gz | 49.5 MB 49.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36854 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36854 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36854_validation.pdf.gz | 856.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36854_full_validation.pdf.gz | 855.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36854_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36854_validation.cif.gz | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36854 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36854 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8k3oMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36854.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_36854_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36854_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36854_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : 30S ribosome with cleaved AP-mRNA
+超分子 #1: 30S ribosome with cleaved AP-mRNA
+分子 #1: 30S ribosomal protein S2
+分子 #2: 30S ribosomal protein S3
+分子 #3: 30S ribosomal protein S4
+分子 #4: 30S ribosomal protein S5
+分子 #5: 30S ribosomal protein S6, fully modified isoform
+分子 #6: 30S ribosomal protein S7
+分子 #7: 30S ribosomal protein S8
+分子 #8: 30S ribosomal protein S9
+分子 #9: 30S ribosomal protein S10
+分子 #10: 30S ribosomal protein S11
+分子 #11: 30S ribosomal protein S12
+分子 #12: 30S ribosomal protein S13
+分子 #13: 30S ribosomal protein S15
+分子 #14: 30S ribosomal protein S16
+分子 #15: 30S ribosomal protein S17
+分子 #16: 30S ribosomal protein S18
+分子 #17: 30S ribosomal protein S19
+分子 #18: 30S ribosomal protein S20
+分子 #20: 30S ribosomal protein S21
+分子 #22: 30S ribosomal protein S14
+分子 #19: Cleaved AP-mRNA
+分子 #21: 16S rRNA
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.42 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77582 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |