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- EMDB-36846: Structure of the bacteriophage lambda neck -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36846
タイトルStructure of the bacteriophage lambda neck
マップデータ
試料
  • ウイルス: Escherichia phage Lambda (λファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Tail tube protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail tube terminator protein
    • タンパク質・ペプチド: Head-tail connector protein FII
キーワードComplex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, tube / symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / viral tail assembly / virus tail / virion assembly / virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage tail attachment protein FII / Phage Head-Tail Attachment / : / Minor tail protein U-like / GpU-like superfamily / Phage minor tail protein U / Phage tail protein-like superfamily / Lambda phage tail tube protein / Lambda phage tail tube protein, TTP / Bacterial Ig-like domain (group 2) ...Bacteriophage tail attachment protein FII / Phage Head-Tail Attachment / : / Minor tail protein U-like / GpU-like superfamily / Phage minor tail protein U / Phage tail protein-like superfamily / Lambda phage tail tube protein / Lambda phage tail tube protein, TTP / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Bacterial Ig-like domain, group 2
類似検索 - ドメイン・相同性
Head-tail connector protein FII / Tail tube terminator protein / Tail tube protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage Lambda (λファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Xiao H / Tan L / Cheng LP / Liu HR
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)12034006 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071209 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971122 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200994 中国
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2023
タイトル: Structure of the siphophage neck-Tail complex suggests that conserved tail tip proteins facilitate receptor binding and tail assembly.
著者: Hao Xiao / Le Tan / Zhixue Tan / Yewei Zhang / Wenyuan Chen / Xiaowu Li / Jingdong Song / Lingpeng Cheng / Hongrong Liu /
要旨: Siphophages have a long, flexible, and noncontractile tail that connects to the capsid through a neck. The phage tail is essential for host cell recognition and virus-host cell interactions; ...Siphophages have a long, flexible, and noncontractile tail that connects to the capsid through a neck. The phage tail is essential for host cell recognition and virus-host cell interactions; moreover, it serves as a channel for genome delivery during infection. However, the in situ high-resolution structure of the neck-tail complex of siphophages remains unknown. Here, we present the structure of the siphophage lambda "wild type," the most widely used, laboratory-adapted fiberless mutant. The neck-tail complex comprises a channel formed by stacked 12-fold and hexameric rings and a 3-fold symmetrical tip. The interactions among DNA and a total of 246 tail protein molecules forming the tail and neck have been characterized. Structural comparisons of the tail tips, the most diversified region across the lambda and other long-tailed phages or tail-like machines, suggest that their tail tip contains conserved domains, which facilitate tail assembly, receptor binding, cell adsorption, and DNA retaining/releasing. These domains are distributed in different tail tip proteins in different phages or tail-like machines. The side tail fibers are not required for the phage particle to orient itself vertically to the surface of the host cell during attachment.
履歴
登録2023年7月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月15日-
マップ公開2023年11月15日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36846.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36846.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 360 pix.
= 489.6 Å		1.36 Å/pix.
x 360 pix.
= 489.6 Å		1.36 Å/pix.
x 360 pix.
= 489.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.5
最小 - 最大-11.84632 - 22.07835
平均 (標準偏差)-0.0058157304 (±1.0799218)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-180-180-180
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 489.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36846_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36846_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia phage Lambda

全体名称: Escherichia phage Lambda (λファージ)
要素
  • ウイルス: Escherichia phage Lambda (λファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Tail tube protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail tube terminator protein
    • タンパク質・ペプチド: Head-tail connector protein FII

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超分子 #1: Escherichia phage Lambda

超分子名称: Escherichia phage Lambda / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2681611 / 生物種: Escherichia phage Lambda / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Tail tube protein

分子名称: Tail tube protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage Lambda (λファージ)
分子量理論値: 25.831779 KDa
配列文字列: MPVPNPTMPV KGAGTTLWVY KGSGDPYANP LSDVDWSRLA KVKDLTPGEL TAESYDDSYL DDEDADWTAT GQGQKSAGDT SFTLAWMPG EQGQQALLAW FNEGDTRAYK IRFPNGTVDV FRGWVSSIGK AVTAKEVITR TVKVTNVGRP SMAEDRSTVT A ATGMTVTP ...文字列:
MPVPNPTMPV KGAGTTLWVY KGSGDPYANP LSDVDWSRLA KVKDLTPGEL TAESYDDSYL DDEDADWTAT GQGQKSAGDT SFTLAWMPG EQGQQALLAW FNEGDTRAYK IRFPNGTVDV FRGWVSSIGK AVTAKEVITR TVKVTNVGRP SMAEDRSTVT A ATGMTVTP ASTSVVKGQS TTLTVAFQPE GVTDKSFRAV SADKTKATVS VSGMTITVNG VAAGKVNIPV VSGNGEFAAV AE ITVTAS

UniProtKB: Tail tube protein

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分子 #2: Tail tube terminator protein

分子名称: Tail tube terminator protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage Lambda (λファージ)
分子量理論値: 14.659124 KDa
配列文字列:
MKHTELRAAV LDALEKHDTG ATFFDGRPAV FDEADFPAVA VYLTGAEYTG EELDSDTWQA ELHIEVFLPA QVPDSELDAW MESRIYPVM SDIPALSDLI TSMVASGYDY RRDDDAGLWS SADLTYVITY EM

UniProtKB: Tail tube terminator protein

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分子 #3: Head-tail connector protein FII

分子名称: Head-tail connector protein FII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage Lambda (λファージ)
分子量理論値: 12.775037 KDa
配列文字列:
MADFDNLFDA AIARADETIR GYMGTSATIT SGEQSGAVIR GVFDDPENIS YAGQGVRVEG SSPSLFVRTD EVRQLRRGDT LTIGEENFW VDRVSPDDGG SCHLWLGRGV PPAVNRRR

UniProtKB: Head-tail connector protein FII

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 32.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 75098
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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