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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the bacteriophage lambda tail tip complex | |||||||||||||||
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![]() | Complex / VIRAL PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() virus tail, tube / symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / viral tail assembly / virus tail / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / virion attachment to host cell / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å | |||||||||||||||
![]() | Xiao H / Tan L / Cheng LP / Liu HR | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the siphophage neck-Tail complex suggests that conserved tail tip proteins facilitate receptor binding and tail assembly. 著者: Hao Xiao / Le Tan / Zhixue Tan / Yewei Zhang / Wenyuan Chen / Xiaowu Li / Jingdong Song / Lingpeng Cheng / Hongrong Liu / ![]() 要旨: Siphophages have a long, flexible, and noncontractile tail that connects to the capsid through a neck. The phage tail is essential for host cell recognition and virus-host cell interactions; ...Siphophages have a long, flexible, and noncontractile tail that connects to the capsid through a neck. The phage tail is essential for host cell recognition and virus-host cell interactions; moreover, it serves as a channel for genome delivery during infection. However, the in situ high-resolution structure of the neck-tail complex of siphophages remains unknown. Here, we present the structure of the siphophage lambda "wild type," the most widely used, laboratory-adapted fiberless mutant. The neck-tail complex comprises a channel formed by stacked 12-fold and hexameric rings and a 3-fold symmetrical tip. The interactions among DNA and a total of 246 tail protein molecules forming the tail and neck have been characterized. Structural comparisons of the tail tips, the most diversified region across the lambda and other long-tailed phages or tail-like machines, suggest that their tail tip contains conserved domains, which facilitate tail assembly, receptor binding, cell adsorption, and DNA retaining/releasing. These domains are distributed in different tail tip proteins in different phages or tail-like machines. The side tail fibers are not required for the phage particle to orient itself vertically to the surface of the host cell during attachment. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 37.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 120.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 31.4 MB 31.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.36 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36844_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36844_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Escherichia phage Lambda
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Escherichia phage Lambda
超分子 | 名称: Escherichia phage Lambda / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 / NCBI-ID: 2681611 / 生物種: Escherichia phage Lambda / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Tip attachment protein J
分子 | 名称: Tip attachment protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 124.550625 KDa |
配列 | 文字列: MGKGSSKGHT PREAKDNLKS TQLLSVIDAI SEGPIEGPVD GLKSVLLNST PVLDTEGNTN ISGVTVVFRA GEQEQTPPEG FESSGSETV LGTEVKYDTP ITRTITSANI DRLRFTFGVQ ALVETTSKGD RNPSEVRLLV QIQRNGGWVT EKDITIKGKT T SQYLASVV ...文字列: MGKGSSKGHT PREAKDNLKS TQLLSVIDAI SEGPIEGPVD GLKSVLLNST PVLDTEGNTN ISGVTVVFRA GEQEQTPPEG FESSGSETV LGTEVKYDTP ITRTITSANI DRLRFTFGVQ ALVETTSKGD RNPSEVRLLV QIQRNGGWVT EKDITIKGKT T SQYLASVV MGNLPPRPFN IRMRRMTPDS TTDQLQNKTL WSSYTEIIDV KQCYPNTALV GVQVDSEQFG SQQVSRNYHL RG RILQVPS NYNPQTRQYS GIWDGTFKPA YSNNMAWCLW DMLTHPRYGM GKRLGAADVD KWALYVIGQY CDQSVPDGFG GTE PRITCN AYLTTQRKAW DVLSDFCSAM RCMPVWNGQT LTFVQDRPSD KTWTYNRSNV VMPDDGAPFR YSFSALKDRH NAVE VNWID PNNGWETATE LVEDTQAIAR YGRNVTKMDA FGCTSRGQAH RAGLWLIKTE LLETQTVDFS VGAEGLRHVP GDVIE ICDD DYAGISTGGR VLAVNSQTRT LTLDREITLP SSGTALISLV DGSGNPVSVE VQSVTDGVKV KVSRVPDGVA EYSVWE LKL PTLRQRLFRC VSIRENDDGT YAITAVQHVP EKEAIVDNGA HFDGEQSGTV NGVTPPAVQH LTAEVTADSG EYQVLAR WD TPKVVKGVSF LLRLTVTADD GSERLVSTAR TTETTYRFTQ LALGNYRLTV RAVNAWGQQG DPASVSFRIA APAAPSRI E LTPGYFQITA TPHLAVYDPT VQFEFWFSEK QIADIRQVET STRYLGTALY WIAASINIKP GHDYYFYIRS VNTVGKSAF VEAVGRASDD AEGYLDFFKG KITESHLGKE LLEKVELTED NASRLEEFSK EWKDASDKWN AMWAVKIEQT KDGKHYVAGI GLSMEDTEE GKLSQFLVAA NRIAFIDPAN GNETPMFVAQ GNQIFMNDVF LKRLTAPTIT SGGNPPAFSL TPDGKLTAKN A DISGSVNA NSGTLSNVTI AENCTINGTL RAEKIVGDIV KAASAAFPRQ RESSVDWPSG TRTVTVTDDH PFDRQIVVLP LT FRGSKRT VSGRTTYSMC YLKVLMNGAV IYDGAANEAV QVFSRIVDMP AGRGNVILTF TLTSTRHSAD IPPYTFASDV QVM VIKKQA LGISVV UniProtKB: Tip attachment protein J |
-分子 #2: Tail tip protein L
分子 | 名称: Tail tip protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 25.730578 KDa |
配列 | 文字列: MQDIRQETLN ECTRAEQSAS VVLWEIDLTE VGGERYFFCN EQNEKGEPVT WQGRQYQPYP IQGSGFELNG KGTSTRPTLT VSNLYGMVT GMAEDMQSLV GGTVVRRKVY ARFLDAVNFV NGNSYADPEQ EVISRWRIEQ CSELSAVSAS FVLSTPTETD G AVFPGRIM ...文字列: MQDIRQETLN ECTRAEQSAS VVLWEIDLTE VGGERYFFCN EQNEKGEPVT WQGRQYQPYP IQGSGFELNG KGTSTRPTLT VSNLYGMVT GMAEDMQSLV GGTVVRRKVY ARFLDAVNFV NGNSYADPEQ EVISRWRIEQ CSELSAVSAS FVLSTPTETD G AVFPGRIM LANTCTWTYR GDECGYSGPA VADEYDQPTS DITKDKCSKC LSGCKFRNNV GNFGGFLSIN KLSQ UniProtKB: Tail tip protein L |
-分子 #3: Tail tip protein M
分子 | 名称: Tail tip protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 12.547373 KDa |
配列 | 文字列: MKTFRWKVKP GMDVASVPSV RKVRFGDGYS QRAPAGLNAN LKTYSVTLSV PREEATVLES FLEEHGGWKS FLWTPPYEWR QIKVTCAKW SSRVSMLRVE FSAEFEQVVN UniProtKB: Tail tip protein M |
-分子 #4: Tail tip assembly protein I
分子 | 名称: Tail tip assembly protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.14659 KDa |
配列 | 文字列: MAATHTLPLA SPGMARICLY GDLQRFGRRI DLRVKTGAEA IRALATQLPA FRQKLSDGWY QVRIAGRDVS TSGLTAQLHE TLPDGAVIH IVPRVAGAKS GGVFQIVLGA AAIAGSFFTA GATLAAWGAA IGAGGMTGIL FSLGASMVLG GVAQMLAPKA R TPRIQTTD ...文字列: MAATHTLPLA SPGMARICLY GDLQRFGRRI DLRVKTGAEA IRALATQLPA FRQKLSDGWY QVRIAGRDVS TSGLTAQLHE TLPDGAVIH IVPRVAGAKS GGVFQIVLGA AAIAGSFFTA GATLAAWGAA IGAGGMTGIL FSLGASMVLG GVAQMLAPKA R TPRIQTTD NGKQNTYFSS LDNMVAQGNV LPVLYGEMRV GSRVVSQEIS TADEGDGGQV VVIGR UniProtKB: Tail tip assembly protein I |
-分子 #5: Tail tube protein
分子 | 名称: Tail tube protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 25.831779 KDa |
配列 | 文字列: MPVPNPTMPV KGAGTTLWVY KGSGDPYANP LSDVDWSRLA KVKDLTPGEL TAESYDDSYL DDEDADWTAT GQGQKSAGDT SFTLAWMPG EQGQQALLAW FNEGDTRAYK IRFPNGTVDV FRGWVSSIGK AVTAKEVITR TVKVTNVGRP SMAEDRSTVT A ATGMTVTP ...文字列: MPVPNPTMPV KGAGTTLWVY KGSGDPYANP LSDVDWSRLA KVKDLTPGEL TAESYDDSYL DDEDADWTAT GQGQKSAGDT SFTLAWMPG EQGQQALLAW FNEGDTRAYK IRFPNGTVDV FRGWVSSIGK AVTAKEVITR TVKVTNVGRP SMAEDRSTVT A ATGMTVTP ASTSVVKGQS TTLTVAFQPE GVTDKSFRAV SADKTKATVS VSGMTITVNG VAAGKVNIPV VSGNGEFAAV AE ITVTAS UniProtKB: Tail tube protein |
-分子 #6: Tape measure protein
分子 | 名称: Tape measure protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 92.39343 KDa |
配列 | 文字列: MAEPVGDLVV DLSLDAARFD EQMARVRRHF SGTESDAKKT AAVVEQSLSR QALAAQKAGI SVGQYKAAMR MLPAQFTDVA TQLAGGQSP WLILLQQGGQ VKDSFGGMIP MFRGLAGAIT LPMVGATSLA VATGALAYAW YQGNSTLSDF NKTLVLSGNQ A GLTADRML ...文字列: MAEPVGDLVV DLSLDAARFD EQMARVRRHF SGTESDAKKT AAVVEQSLSR QALAAQKAGI SVGQYKAAMR MLPAQFTDVA TQLAGGQSP WLILLQQGGQ VKDSFGGMIP MFRGLAGAIT LPMVGATSLA VATGALAYAW YQGNSTLSDF NKTLVLSGNQ A GLTADRML VLSRAGQAAG LTFNQTSESL SALVKAGVSG EAQIASISQS VARFSSASGV EVDKVAEAFG KLTTDPTSGL TA MARQFHN VSAEQIAYVA QLQRSGDEAG ALQAANEAAT KGFDDQTRRL KENMGTLETW ADRTARAFKS MWDAVLDIGR PDT AQEMLI KAEAAYKKAD DIWNLRKDDY FVNDEARARY WDDREKARLA LEAARKKAEQ QTQQDKNAQQ QSDTEASRLK YTEE AQKAY ERLQTPLEKY TARQEELNKA LKDGKILQAD YNTLMAAAKK DYEATLKKPK QSSVKVSAGD RQEDSAHAAL LTLQA ELRT LEKHAGANEK ISQQRRDLWK AESQFAVLEE AAQRRQLSAQ EKSLLAHKDE TLEYKRQLAA LGDKVTYQER LNALAQ QAD KFAQQQRAKR AAIDAKSRGL TDRQAEREAT EQRLKEQYGD NPLALNNVMS EQKKTWAAED QLRGNWMAGL KSGWSEW EE SATDSMSQVK SAATQTFDGI AQNMAAMLTG SEQNWRSFTR SVLSMMTEIL LKQAMVGIVG SIGSAIGGAV GGGASASG G TAIQAAAAKF HFATGGFTGT GGKYEPAGIV HRGEFVFTKE ATSRIGVGNL YRLMRGYATG GYVGTPGSMA DSRSQASGT FEQNNHVVIN NDGTNGQIGP AALKAVYDMA RKGARDEIQT QMRDGGLFSG GGR UniProtKB: Tape measure protein |
-分子 #7: IRON/SULFUR CLUSTER
分子 | 名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: SF4 |
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分子量 | 理論値: 351.64 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-FS1: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 32.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.6 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 54385 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |