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- EMDB-36841: Structure of CXCR3 complexed with antagonist AMG487 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36841
タイトルStructure of CXCR3 complexed with antagonist AMG487
マップデータ
試料
  • 複合体: CXCR3-KOR-AMG487-Nb6
    • タンパク質・ペプチド: Nb6
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-type opioid receptor
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: [1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE
  • リガンド: N-[(1R)-1-[3-(4-ethoxyphenyl)-4-oxidanylidene-pyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl]ethyl]-N-(pyridin-3-ylmethyl)-2-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]ethanamide
キーワードG protein coupled receptor / chemokine receptor / CXCR3 / AMG487 / complex / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


response to acrylamide / regulation of leukocyte migration / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / dynorphin receptor activity / regulation of saliva secretion / negative regulation of luteinizing hormone secretion / sensory perception of temperature stimulus / chemokine binding / positive regulation of eating behavior / C-X-C chemokine binding ...response to acrylamide / regulation of leukocyte migration / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / dynorphin receptor activity / regulation of saliva secretion / negative regulation of luteinizing hormone secretion / sensory perception of temperature stimulus / chemokine binding / positive regulation of eating behavior / C-X-C chemokine binding / G protein-coupled opioid receptor activity / chemokine receptor activity / C-X-C chemokine receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine secretion / positive regulation of chemotaxis / sensory perception / C-C chemokine receptor activity / T cell chemotaxis / C-C chemokine binding / maternal behavior / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / receptor serine/threonine kinase binding / negative regulation of execution phase of apoptosis / positive regulation of p38MAPK cascade / neuropeptide binding / Chemokine receptors bind chemokines / eating behavior / negative regulation of endothelial cell proliferation / conditioned place preference / positive regulation of execution phase of apoptosis / neuropeptide signaling pathway / estrous cycle / regulation of cell adhesion / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / behavioral response to cocaine / axon terminus / sensory perception of pain / T-tubule / Peptide ligand-binding receptors / negative regulation of angiogenesis / sarcoplasmic reticulum / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / cell chemotaxis / response to nicotine / cellular response to glucose stimulus / locomotory behavior / calcium-mediated signaling / electron transport chain / response to insulin / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / response to estrogen / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / synaptic vesicle membrane / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / presynaptic membrane / response to ethanol / angiogenesis / G alpha (i) signalling events / perikaryon / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / defense response to virus / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / periplasmic space / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / neuron projection / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / inflammatory response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / heme binding / dendrite / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 3 / Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Chemokine receptor family / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...CXC chemokine receptor 3 / Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Chemokine receptor family / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Kappa-type opioid receptor / C-X-C chemokine receptor type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Jiao HZ / Hu HL
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100963 中国
Other privateGanghong Young Scholar Development Fund
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Structure basis for the modulation of CXC chemokine receptor 3 by antagonist AMG487.
著者: Haizhan Jiao / Bin Pang / Ying-Chih Chiang / Qiang Chen / Qi Pan / Ruobing Ren / Hongli Hu /
履歴
登録2023年7月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月29日-
マップ公開2023年11月29日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36841.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36841.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 280 pix.
= 238. Å		0.85 Å/pix.
x 280 pix.
= 238. Å		0.85 Å/pix.
x 280 pix.
= 238. Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.82
最小 - 最大-5.902996 - 8.506303000000001
平均 (標準偏差)-0.001972959 (±0.15240528)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 238.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: unsharpen map

ファイルemd_36841_additional_1.map
注釈unsharpen map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36841_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36841_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CXCR3-KOR-AMG487-Nb6

全体名称: CXCR3-KOR-AMG487-Nb6
要素
  • 複合体: CXCR3-KOR-AMG487-Nb6
    • タンパク質・ペプチド: Nb6
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-type opioid receptor
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: [1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE
  • リガンド: N-[(1R)-1-[3-(4-ethoxyphenyl)-4-oxidanylidene-pyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl]ethyl]-N-(pyridin-3-ylmethyl)-2-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]ethanamide

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超分子 #1: CXCR3-KOR-AMG487-Nb6

超分子名称: CXCR3-KOR-AMG487-Nb6 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Nb6

分子名称: Nb6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 18.665906 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAMA QVQLQESGGG LVQAGESLRL SCAASGTIFR LYDMGWYRRV SGNQRELVA SITSGGSTKY GDSVKGRFTI SRDNAKNTVY LQMSSLKPED TAVYYCNAEY RTGIWEELLD GWGQGTQVTV S SHHHHHHH H

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分子 #2: Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-typ...

分子名称: Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-type opioid receptor
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.327051 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKGSADLE DNWETLNDNL KVIEKADNAA QVKDALTKMR AAALDAQKAT PPKLEDKSPD SPEMKDFRH GFDILVGQID DALKLANEGK VKEAQAAAEQ LKTTRNAYIQ KYLLVPRGSM VLEVSDHQVL NDAEVAALLE N FSSSYDYG ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKGSADLE DNWETLNDNL KVIEKADNAA QVKDALTKMR AAALDAQKAT PPKLEDKSPD SPEMKDFRH GFDILVGQID DALKLANEGK VKEAQAAAEQ LKTTRNAYIQ KYLLVPRGSM VLEVSDHQVL NDAEVAALLE N FSSSYDYG ENESDSCCTS PPCPQDFSLN FDRAFLPALY SLLFLLGLLG NGAVAAVLLS RRTALSSTDT FLLHLAVADT LL VLTLPLW AVDAAVQWVF GSGLCKVAGA LFNINFYAGA LLLACISFDR YLNIVHATQL YRRGPPARVT LTCLAVWGLC LLF ALPDFI FLSAHHDERL NATHCQYNFP QVGRTALRVL QLVAGFLLPL LVMAYCYAHI LARLKSVRLL SGSREKDRNL RRIT RLVVV VVVAFALCWT PYHLVVLVDI LMDLGALARN CGRESRVDVA KSVTSGLGYM HCCLNPLLYA FVGVKFRERM WMLLL RLGC PNQRGLQRQP SSSRRDSSWS ETS

UniProtKB: Soluble cytochrome b562, C-X-C chemokine receptor type 3, Kappa-type opioid receptor, C-X-C chemokine receptor type 3

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分子 #3: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

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分子 #4: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: PCW
分子量理論値: 787.121 Da
Chemical component information

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / DOPC, リン脂質*YM

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分子 #5: [1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE

分子名称: [1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: LPC
分子量理論値: 468.585 Da
Chemical component information

ChemComp-LPC:
[1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE

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分子 #6: N-[(1R)-1-[3-(4-ethoxyphenyl)-4-oxidanylidene-pyrido[2,3-d]pyrimi...

分子名称: N-[(1R)-1-[3-(4-ethoxyphenyl)-4-oxidanylidene-pyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl]ethyl]-N-(pyridin-3-ylmethyl)-2-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]ethanamide
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: FI6
分子量理論値: 603.591 Da
Chemical component information

ChemComp-FI6:
N-[(1R)-1-[3-(4-ethoxyphenyl)-4-oxidanylidene-pyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl]ethyl]-N-(pyridin-3-ylmethyl)-2-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]ethanamide

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 51.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 834686
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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