EMDB-36833: Cas3 of half csy complex-cas1-2/3 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-36833

タイトル

Cas3 of half csy complex-cas1-2/3 complex

マップデータ

試料

複合体: Csy-AcrIF4-dsDNA
- 複合体: Cas8f
- 複合体: RNA
- 複合体: DNA

キーワード

IMMUNE SYSTEM-RNA-DNA complex / RNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å

データ登録者

Feng Y / Zhang LX

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Csy-AcrIF4-dsDNA
著者: Feng Y / Zhang LX

履歴

登録	2023年7月12日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年7月17日	-
マップ公開	2024年7月17日	-
更新	2024年7月17日	-
現状	2024年7月17日	処理サイト: PDBc / 状態: 公開

添付画像	emd_36833.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_36833.map.gz	3.9 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-36833-v30.xml emd-36833.xml	13.6 KB 13.6 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_36833_fsc.xml	11.3 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_36833.png	38.9 KB
Filedesc metadata	emd-36833.cif.gz	3.5 KB
その他	emd_36833_half_map_1.map.gz emd_36833_half_map_2.map.gz	98 MB 97.1 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36833 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36833	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	36834C 8k22 8k23 8k24 C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_36833.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.1 Å/pix. x 320 pix. = 352. Å	1.1 Å/pix. x 320 pix. = 352. Å	1.1 Å/pix. x 320 pix. = 352. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.1 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.011
最小 - 最大	-0.032395788 - 0.081659675
平均 (標準偏差)	0.00007085209 (±0.0013722344)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_36833_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_36833_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Csy-AcrIF4-dsDNA

全体	名称: Csy-AcrIF4-dsDNA
要素	複合体: Csy-AcrIF4-dsDNA 複合体: Cas8f 複合体: RNA 複合体: DNA

-
超分子 #1: Csy-AcrIF4-dsDNA

超分子	名称: Csy-AcrIF4-dsDNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)	生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

-
超分子 #2: Cas8f

超分子	名称: Cas8f / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)	生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

-
超分子 #3: RNA

超分子	名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)	生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

-
超分子 #4: DNA

超分子	名称: DNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7-#8

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: OTHER / 撮影モード: DARK FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.7 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: OTHER
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 235177
初期角度割当	タイプ: OTHER
最終角度割当	タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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超分子 #2: Cas8f

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-超分子 #1: Csy-AcrIF4-dsDNA

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