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- EMDB-36760: Cryo-EM structure of conformation 1 of complex of Nipah virus att... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36760
タイトルCryo-EM structure of conformation 1 of complex of Nipah virus attachment glycoprotein G with 1E5 neutralizing antibody
マップデータCryo-EM structure of conformation 1 of complex of Nipah virus attachment glycoprotein G with 1E5 neutralizing antibody
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of conformation 1 of complex of Nipah virus attachment glycoprotein G with 1E5 neutralizing antibody
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of 1E5 Fab fragments
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of 1E5 Fab fragments
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G
キーワードHenipavirus / Attachment glycoprotein tetramer complex / neutralizing antibody / dynamic structures / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / exo-alpha-sialidase activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Nipah virus (ウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Sun MM
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB0490000 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A potent Henipavirus cross-neutralizing antibody reveals a dynamic fusion-triggering pattern of the G-tetramer.
著者: Pengfei Fan / Mengmeng Sun / Xinghai Zhang / Huajun Zhang / Yujiao Liu / Yanfeng Yao / Ming Li / Ting Fang / Bingjie Sun / Zhengshan Chen / Xiangyang Chi / Li Chen / Cheng Peng / Zhen Chen / ...著者: Pengfei Fan / Mengmeng Sun / Xinghai Zhang / Huajun Zhang / Yujiao Liu / Yanfeng Yao / Ming Li / Ting Fang / Bingjie Sun / Zhengshan Chen / Xiangyang Chi / Li Chen / Cheng Peng / Zhen Chen / Guanying Zhang / Yi Ren / Zixuan Liu / Yaohui Li / Jianmin Li / Entao Li / Wuxiang Guan / Shanshan Li / Rui Gong / Kaiming Zhang / Changming Yu / Sandra Chiu /
要旨: The Hendra and Nipah viruses (HNVs) are highly pathogenic pathogens without approved interventions for human use. In addition, the interaction pattern between the attachment (G) and fusion (F) ...The Hendra and Nipah viruses (HNVs) are highly pathogenic pathogens without approved interventions for human use. In addition, the interaction pattern between the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins required for virus entry remains unclear. Here, we isolate a panel of Macaca-derived G-specific antibodies that cross-neutralize HNVs via multiple mechanisms. The most potent antibody, 1E5, confers adequate protection against the Nipah virus challenge in female hamsters. Crystallography demonstrates that 1E5 has a highly similar binding pattern to the receptor. In cryo-electron microscopy studies, the tendency of 1E5 to bind to the upper or lower heads results in two distinct quaternary structures of G. Furthermore, we identify the extended outer loop β1S2-β1S3 of G and two pockets on the apical region of fusion (F) glycoprotein as the essential sites for G-F interactions. This work highlights promising drug candidates against HNVs and contributes deeper insights into the viruses.
履歴
登録2023年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月1日-
マップ公開2024年5月1日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36760.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36760.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of conformation 1 of complex of Nipah virus attachment glycoprotein G with 1E5 neutralizing antibody
投影像・断面図

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大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 512 pix.
= 419.84 Å		0.82 Å/pix.
x 512 pix.
= 419.84 Å		0.82 Å/pix.
x 512 pix.
= 419.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.036
最小 - 最大-0.21337882 - 0.5089947
平均 (標準偏差)0.00014640551 (±0.009898412)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 419.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of conformation 1 of complex of...

ファイルemd_36760_half_map_1.map
注釈Cryo-EM structure of conformation 1 of complex of Nipah virus attachment glycoprotein G with 1E5 neutralizing antibody
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of conformation 1 of complex of...

ファイルemd_36760_half_map_2.map
注釈Cryo-EM structure of conformation 1 of complex of Nipah virus attachment glycoprotein G with 1E5 neutralizing antibody
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of conformation 1 of complex of Nipah virus att...

全体名称: Cryo-EM structure of conformation 1 of complex of Nipah virus attachment glycoprotein G with 1E5 neutralizing antibody
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of conformation 1 of complex of Nipah virus attachment glycoprotein G with 1E5 neutralizing antibody
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of 1E5 Fab fragments
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of 1E5 Fab fragments
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G

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超分子 #1: Cryo-EM structure of conformation 1 of complex of Nipah virus att...

超分子名称: Cryo-EM structure of conformation 1 of complex of Nipah virus attachment glycoprotein G with 1E5 neutralizing antibody
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Nipah virus (ウイルス)

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分子 #1: Heavy chain of 1E5 Fab fragments

分子名称: Heavy chain of 1E5 Fab fragments / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 26.120047 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLQESGPG VVKPSETLSL TCAVSGGSIS DTYRWSWIRQ PPGKGLEWIG YIYGSATSTY YNPSLSSRVT ISKDMSKNQF SLNLNSVTA ADTAVYYCAR DYQYYYSGSY PTPHNWFDVW GPGVLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK D YFPEPVTV ...文字列:
QVQLQESGPG VVKPSETLSL TCAVSGGSIS DTYRWSWIRQ PPGKGLEWIG YIYGSATSTY YNPSLSSRVT ISKDMSKNQF SLNLNSVTA ADTAVYYCAR DYQYYYSGSY PTPHNWFDVW GPGVLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK D YFPEPVTV SWNSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSGLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKKVE PKSCDKTHHH HH HH

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分子 #2: Light chain of 1E5 Fab fragments

分子名称: Light chain of 1E5 Fab fragments / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 23.07857 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQGII DYLSWYQQKP GKAPKLLIST ASNLESGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP EDFATYSCL QGYTTPYTFG QGTKVEIKTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQGII DYLSWYQQKP GKAPKLLIST ASNLESGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP EDFATYSCL QGYTTPYTFG QGTKVEIKTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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分子 #3: Glycoprotein G

分子名称: Glycoprotein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nipah virus (ウイルス)
分子量理論値: 56.350121 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LADKIGTEIG PKVSLIDTSS TITIPANIGL LGSKISQSTA SINENVNEKC KFTLPPLKIH ECNISCPNPL PFREYRPQTE GVSNLVGLP NNICLQKTSN QILKPKLISY TLPVVGQSGT CITDPLLAMD EGYFAYSHLE RIGSCSRGVS KQRIIGVGEV L DRGDEVPS ...文字列:
LADKIGTEIG PKVSLIDTSS TITIPANIGL LGSKISQSTA SINENVNEKC KFTLPPLKIH ECNISCPNPL PFREYRPQTE GVSNLVGLP NNICLQKTSN QILKPKLISY TLPVVGQSGT CITDPLLAMD EGYFAYSHLE RIGSCSRGVS KQRIIGVGEV L DRGDEVPS LFMTNVWTPP NPNTVYHCSA VYNNEFYYVL CAVSTVGDPI LNSTYWSGSL MMTRLAVKPK SNGGGYNQHQ LA LRSIEKG RYDKVMPYGP SGIKQGDTLY FPAVGFLVRT EFKYNDSNCP ITKCQYSKPE NCRLSMGIRP NSHYILRSGL LKY NLSDGE NPKVVFIEIS DQRLSIGSPS KIYDSLGQPV FYQASFSWDT MIKFGDVLTV NPLVVNWRNN TVISRPGQSQ CPRF NTCPE ICWEGVYNDA FLIDRINWIS AGVFLDSNQT AENPVFTVFK DNEILYRAQL ASEDTNAQKT ITNCFLLKNK IWCIS LVEI YDTGDNVIRP KLFAVKIPEQ C

UniProtKB: Glycoprotein G

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分子 #4: Glycoprotein G

分子名称: Glycoprotein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nipah virus (ウイルス)
分子量理論値: 6.001876 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GLADKIGTEI GPKVSLIDTS STITIPANIG LLGSKISQST ASINENVNEK CKFTLPPL

UniProtKB: Glycoprotein G

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.16 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4092 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 5760 pixel / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7ty0

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 21868
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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