[日本語] English
万見
- EMDB-36740: Dimer of SARS-CoV-2 BA.2 spike and IBT-CoV144(C1 symmetry) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36740
タイトルDimer of SARS-CoV-2 BA.2 spike and IBT-CoV144(C1 symmetry)
マップデータ
試料
  • 複合体: complex of RBD domain of SARS-CoV-2 spike protein and IBT-CoV144
キーワードSpike / nanobody / dimer / local / VIRAL PROTEIN
生物種Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Yang Y / Zhang CH
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Exploration (Beijing) / 年: 2024
タイトル: A novel nanobody broadly neutralizes SARS-CoV-2 via induction of spike trimer dimers conformation.
著者: Yang Yang / Junfang Zhang / Shengnan Zhang / Chenhui Zhang / Chenguang Shen / Shuo Song / Yanqun Wang / Yun Peng / Xiaohua Gong / Jun Dai / Chongwei Xie / Tatyana Aleksandrovna Khrustaleva / ...著者: Yang Yang / Junfang Zhang / Shengnan Zhang / Chenhui Zhang / Chenguang Shen / Shuo Song / Yanqun Wang / Yun Peng / Xiaohua Gong / Jun Dai / Chongwei Xie / Tatyana Aleksandrovna Khrustaleva / Vladislav Victorovich Khrustalev / Yongting Huo / Di Lu / Da Yao / Jincun Zhao / Yingxia Liu / Hongzhou Lu /
要旨: The ongoing mutations of the SARS-CoV-2 pose serious challenges to the efficacy of the available antiviral drugs, and new drugs with fantastic efficacy are always deserved investigation. Here, a ...The ongoing mutations of the SARS-CoV-2 pose serious challenges to the efficacy of the available antiviral drugs, and new drugs with fantastic efficacy are always deserved investigation. Here, a nanobody called IBT-CoV144 is reported, which exhibits broad neutralizing activity against SARS-CoV-2 by inducing the conformation of spike trimer dimers. IBT-CoV144 was isolated from an immunized alpaca using the RBD of wild-type SARS-CoV-2, and it showed strong cross-reactive binding and neutralizing potency against diverse SARS-CoV-2 variants, including Omicron subvariants. Moreover, the prophylactically and therapeutically intranasal administration of IBT-CoV144 confers fantastic protective efficacy against the challenge of Omicron BA.1 variant in BALB/c mice model. The structure analysis of the complex between spike (S) protein, conducted using Cryo-EM, revealed a special conformation known as the trimer dimers. This conformation is formed by two trimers, with six RBDs in the "up" state and bound by six VHHs. IBT-CoV144 binds to the lateral region of the RBD on the S protein, facilitating the aggregation of S proteins. This aggregation results in steric hindrance, which disrupts the recognition of the virus by ACE2 on host cells. The discovery of IBT-CoV144 will provide valuable insights for the development of advanced therapeutics and the design of next-generation vaccines.
履歴
登録2023年7月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月12日-
マップ公開2024年6月12日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_36740.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36740.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 567.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.842 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.011547302 - 0.029053293
平均 (標準偏差)0.00010382055 (±0.00090568315)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin535554
サイズ530530530
Spacing530530530
セルA=B=C: 446.26 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_36740_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_36740_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : complex of RBD domain of SARS-CoV-2 spike protein and IBT-CoV144

全体名称: complex of RBD domain of SARS-CoV-2 spike protein and IBT-CoV144
要素
  • 複合体: complex of RBD domain of SARS-CoV-2 spike protein and IBT-CoV144

-
超分子 #1: complex of RBD domain of SARS-CoV-2 spike protein and IBT-CoV144

超分子名称: complex of RBD domain of SARS-CoV-2 spike protein and IBT-CoV144
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Camelus bactrianus (フタコブラクダ)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 93.0 K / 最高: 93.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 98056
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る