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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of RCD-1 pore from Neurospora crassa | |||||||||
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![]() | Pyroptosis / Gasdermnin / Pore / Allorecognition / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | wide pore channel activity / programmed cell death / protein heterodimerization activity / plasma membrane / cytoplasm / Gasdermin-like protein rcd-1-2 / Gasdermin-like protein rcd-1-1![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.63 Å | |||||||||
![]() | Hou YJ / Sun Q / Li Y / Ding J | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cleavage-independent activation of ancient eukaryotic gasdermins and structural mechanisms. 著者: Yueyue Li / Yanjie Hou / Qi Sun / Huan Zeng / Fanyi Meng / Xiang Tian / Qun He / Feng Shao / Jingjin Ding / ![]() 要旨: Gasdermins (GSDMs) are pore-forming proteins that execute pyroptosis for immune defense. GSDMs are two-domain proteins activated by proteolytic removal of the inhibitory domain. In this work, we ...Gasdermins (GSDMs) are pore-forming proteins that execute pyroptosis for immune defense. GSDMs are two-domain proteins activated by proteolytic removal of the inhibitory domain. In this work, we report two types of cleavage-independent GSDM activation. First, GSDM, a pore-forming domain-only protein from the basal metazoan , is a disulfides-linked autoinhibited dimer activated by reduction of the disulfides. The cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure illustrates the assembly mechanism for the 44-mer GSDM pore. Second, RCD-1-1 and RCD-1-2, encoded by the polymorphic () gene in filamentous fungus , are also pore-forming domain-only GSDMs. RCD-1-1 and RCD-1-2, when encountering each other, form pores and cause pyroptosis, underlying allorecognition in . The cryo-EM structure reveals a pore of 11 RCD-1-1/RCD-1-2 heterodimers and a heterodimerization-triggered pore assembly mechanism. This study shows mechanistic diversities in GSDM activation and indicates versatile functions of GSDMs. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 197.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 178.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 193.5 MB 193.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 778.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 778.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36734_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36734_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : RCD-1 pore from Neurospora crassa
全体 | 名称: RCD-1 pore from Neurospora crassa |
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要素 |
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-超分子 #1: RCD-1 pore from Neurospora crassa
超分子 | 名称: RCD-1 pore from Neurospora crassa / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 620 KDa |
-分子 #1: Gasdermin-like protein rcd-1-1
分子 | 名称: Gasdermin-like protein rcd-1-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 29.218693 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SGRPMDKCWF TLDNAHYPPP SLDSMRSGHP ISPASLGHLI PSLAHLDQII NAKAIEPFPA TMDIHGPTII EDFKWDHSHE YSLSLGGKV PIPLAPAGVP FVDLNVGLGG AFSRSVANYW EFDRLERYIM QPTRSYVQKC IERDEVKRWI AKNKSMMMMG R WEVYMITG ...文字列: SGRPMDKCWF TLDNAHYPPP SLDSMRSGHP ISPASLGHLI PSLAHLDQII NAKAIEPFPA TMDIHGPTII EDFKWDHSHE YSLSLGGKV PIPLAPAGVP FVDLNVGLGG AFSRSVANYW EFDRLERYIM QPTRSYVQKC IERDEVKRWI AKNKSMMMMG R WEVYMITG IIVARGGGRK KKEKTTGKEF SVEVTVEVPL IVEAGPGGKR NTARQKTWGT SQTGDFVWAV RLAKITKSGL HS DWKMETV FGKTSSFRGQ KAIF UniProtKB: Gasdermin-like protein rcd-1-1 |
-分子 #2: Gasdermin-like protein rcd-1-2
分子 | 名称: Gasdermin-like protein rcd-1-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 27.630418 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SGRPMDNEEW FPLKQTHYPP PTIPSMKTGH PTGPISIGHI IPDLRHLDNV INCKGFEPFP PNMDVFTAHY EQCHFGDHLN SEFVVQAKA AAPIENIVPG VDVTGSAGLH HTNITSDRWE YDSVVEYAVY PTRQYIDRLL ESKEVRQYIQ KSKKLLGGWC V YMVTGIMV ...文字列: SGRPMDNEEW FPLKQTHYPP PTIPSMKTGH PTGPISIGHI IPDLRHLDNV INCKGFEPFP PNMDVFTAHY EQCHFGDHLN SEFVVQAKA AAPIENIVPG VDVTGSAGLH HTNITSDRWE YDSVVEYAVY PTRQYIDRLL ESKEVRQYIQ KSKKLLGGWC V YMVTGIMV ARGGGRNVTS EEKGAGVSGN VGFQVPGIGE FAPEVGWDTK TKTKVNAHHT TDFVCAIRLV KIAKSGLRSS WT MKKVTRE F UniProtKB: Gasdermin-like protein rcd-1-2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |