[日本語] English
万見
- EMDB-36731: Acyl-ACP Synthetase structure bound to Decanoyl-AMP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36731
タイトルAcyl-ACP Synthetase structure bound to Decanoyl-AMP
マップデータ
試料
  • 複合体: Acyl-ACP Synthetase structure bound to Decanoyl-AMP
    • タンパク質・ペプチド: Acyl-acyl carrier protein synthetase
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
  • リガンド: DECANOIC ACID
キーワードAcyl-ACP synthetase / Tool enzyme / CYTOSOLIC PROTEIN / LIGASE
機能・相同性ligase activity, forming carbon-sulfur bonds / : / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Acyl-acyl carrier protein synthetase
機能・相同性情報
生物種Vibrio harveyi (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Huang H / Chang S / Huang M / Zhang H / Zhou C / Zhang X / Feng Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32125003 中国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2024
タイトル: An inhibitory mechanism of AasS, an exogenous fatty acid scavenger: Implications for re-sensitization of FAS II antimicrobials.
著者: Haomin Huang / Shenghai Chang / Tao Cui / Man Huang / Jiuxin Qu / Huimin Zhang / Ting Lu / Xing Zhang / Chun Zhou / Youjun Feng /
要旨: Antimicrobial resistance is an ongoing "one health" challenge of global concern. The acyl-ACP synthetase (termed AasS) of the zoonotic pathogen Vibrio harveyi recycles exogenous fatty acid (eFA), ...Antimicrobial resistance is an ongoing "one health" challenge of global concern. The acyl-ACP synthetase (termed AasS) of the zoonotic pathogen Vibrio harveyi recycles exogenous fatty acid (eFA), bypassing the requirement of type II fatty acid synthesis (FAS II), a druggable pathway. A growing body of bacterial AasS-type isoenzymes compromises the clinical efficacy of FAS II-directed antimicrobials, like cerulenin. Very recently, an acyl adenylate mimic, C10-AMS, was proposed as a lead compound against AasS activity. However, the underlying mechanism remains poorly understood. Here we present two high-resolution cryo-EM structures of AasS liganded with C10-AMS inhibitor (2.33 Å) and C10-AMP intermediate (2.19 Å) in addition to its apo form (2.53 Å). Apart from our measurements for C10-AMS' Ki value of around 0.6 μM, structural and functional analyses explained how this inhibitor interacts with AasS enzyme. Unlike an open state of AasS, ready for C10-AMP formation, a closed conformation is trapped by the C10-AMS inhibitor. Tight binding of C10-AMS blocks fatty acyl substrate entry, and therefore inhibits AasS action. Additionally, this intermediate analog C10-AMS appears to be a mixed-type AasS inhibitor. In summary, our results provide the proof of principle that inhibiting salvage of eFA by AasS reverses the FAS II bypass. This facilitates the development of next-generation anti-bacterial therapeutics, esp. the dual therapy consisting of C10-AMS scaffold derivatives combined with certain FAS II inhibitors.
履歴
登録2023年7月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月10日-
マップ公開2024年7月10日-
更新2025年1月15日-
現状2025年1月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_36731.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36731.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 300 pix.
= 279. Å		0.93 Å/pix.
x 300 pix.
= 279. Å		0.93 Å/pix.
x 300 pix.
= 279. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-5.106173 - 7.316942
平均 (標準偏差)0.0021744082 (±0.17613426)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 279.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_36731_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_36731_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Acyl-ACP Synthetase structure bound to Decanoyl-AMP

全体名称: Acyl-ACP Synthetase structure bound to Decanoyl-AMP
要素
  • 複合体: Acyl-ACP Synthetase structure bound to Decanoyl-AMP
    • タンパク質・ペプチド: Acyl-acyl carrier protein synthetase
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
  • リガンド: DECANOIC ACID

-
超分子 #1: Acyl-ACP Synthetase structure bound to Decanoyl-AMP

超分子名称: Acyl-ACP Synthetase structure bound to Decanoyl-AMP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Vibrio harveyi (バクテリア)

-
分子 #1: Acyl-acyl carrier protein synthetase

分子名称: Acyl-acyl carrier protein synthetase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio harveyi (バクテリア)
分子量理論値: 60.496258 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNQYVNDPSN YQLLIKNLLF SPVAFNPEQE IVYANHRRHS YKTFHDRVRQ FANALTKMGV KKGDTVAVMD YDSHRYLECY FAIPMIGAK LHMINVRLSP EQILYTIDHA EDDIILIHEE FLPILDQIKG RIDTVTRYVV LRDDEECEYE RLLEQESTEY N FPDFDENT ...文字列:
MNQYVNDPSN YQLLIKNLLF SPVAFNPEQE IVYANHRRHS YKTFHDRVRQ FANALTKMGV KKGDTVAVMD YDSHRYLECY FAIPMIGAK LHMINVRLSP EQILYTIDHA EDDIILIHEE FLPILDQIKG RIDTVTRYVV LRDDEECEYE RLLEQESTEY N FPDFDENT VATTFYTTGT TGFPKGVFFT HRQLVLHTMG ILSTIGTNAS QGRLHQGDIY MPITPMFHVH AWGLPYMATM LG VKQVYPG KYVPDVLLNL IEQEKVTFSH CVPTILHLLL SSPKSKAMDF SGWKVVIGGA ALPKALCKSA LERDIDVFAG YGM SETGPI LSIVQLTPEQ LELDVDQQAE YRSKTGKKVA LVEAYIVDED MNKLPHDGET AGEIVVRAPW LTPNYYKDNK NSKA LWRGG YLHTGDVAHI DDEGFIKITD RVKDMIKISG EWVSSLELED ILHQHQSVSE VAVIGMPHNK WGEVPLALVT LKEDA QVTE KELLGFAKDF INKGILAREA LLLKVKIVDE IAKTSVGKVD KKELRKLHL

UniProtKB: Acyl-acyl carrier protein synthetase

-
分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
分子 #3: ADENOSINE MONOPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: AMP
分子量理論値: 347.221 Da
Chemical component information

ChemComp-AMP:
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP*YM

-
分子 #4: DECANOIC ACID

分子名称: DECANOIC ACID / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: DKA
分子量理論値: 172.265 Da
Chemical component information

ChemComp-DKA:
DECANOIC ACID

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 602383
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る