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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36730 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Spike RBD (dimer) in complex with two 2S-1244 nanobodies | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Spike / nanobody / dimer / local / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Camelus bactrianus (フタコブラクダ) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Yang Y / Zhang CH | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Exploration (Beijing) / 年: 2024 タイトル: A novel nanobody broadly neutralizes SARS-CoV-2 via induction of spike trimer dimers conformation. 著者: Yang Yang / Junfang Zhang / Shengnan Zhang / Chenhui Zhang / Chenguang Shen / Shuo Song / Yanqun Wang / Yun Peng / Xiaohua Gong / Jun Dai / Chongwei Xie / Tatyana Aleksandrovna Khrustaleva / ...著者: Yang Yang / Junfang Zhang / Shengnan Zhang / Chenhui Zhang / Chenguang Shen / Shuo Song / Yanqun Wang / Yun Peng / Xiaohua Gong / Jun Dai / Chongwei Xie / Tatyana Aleksandrovna Khrustaleva / Vladislav Victorovich Khrustalev / Yongting Huo / Di Lu / Da Yao / Jincun Zhao / Yingxia Liu / Hongzhou Lu / 要旨: The ongoing mutations of the SARS-CoV-2 pose serious challenges to the efficacy of the available antiviral drugs, and new drugs with fantastic efficacy are always deserved investigation. Here, a ...The ongoing mutations of the SARS-CoV-2 pose serious challenges to the efficacy of the available antiviral drugs, and new drugs with fantastic efficacy are always deserved investigation. Here, a nanobody called IBT-CoV144 is reported, which exhibits broad neutralizing activity against SARS-CoV-2 by inducing the conformation of spike trimer dimers. IBT-CoV144 was isolated from an immunized alpaca using the RBD of wild-type SARS-CoV-2, and it showed strong cross-reactive binding and neutralizing potency against diverse SARS-CoV-2 variants, including Omicron subvariants. Moreover, the prophylactically and therapeutically intranasal administration of IBT-CoV144 confers fantastic protective efficacy against the challenge of Omicron BA.1 variant in BALB/c mice model. The structure analysis of the complex between spike (S) protein, conducted using Cryo-EM, revealed a special conformation known as the trimer dimers. This conformation is formed by two trimers, with six RBDs in the "up" state and bound by six VHHs. IBT-CoV144 binds to the lateral region of the RBD on the S protein, facilitating the aggregation of S proteins. This aggregation results in steric hindrance, which disrupts the recognition of the virus by ACE2 on host cells. The discovery of IBT-CoV144 will provide valuable insights for the development of advanced therapeutics and the design of next-generation vaccines. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36730.map.gz | 20.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36730-v30.xml emd-36730.xml | 16.9 KB 16.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36730_fsc.xml | 6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36730.png | 43.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36730.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_36730_half_map_1.map.gz emd_36730_half_map_2.map.gz | 20.7 MB 20.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36730 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36730 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36730_validation.pdf.gz | 781 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36730_full_validation.pdf.gz | 780.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36730_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36730_validation.cif.gz | 16.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36730 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36730 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jysMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36730.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.842 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36730_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36730_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : complex of RBD domain of SARS-CoV-2 spike protein and IBT-CoV144
全体 | 名称: complex of RBD domain of SARS-CoV-2 spike protein and IBT-CoV144 |
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要素 |
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-超分子 #1: complex of RBD domain of SARS-CoV-2 spike protein and IBT-CoV144
超分子 | 名称: complex of RBD domain of SARS-CoV-2 spike protein and IBT-CoV144 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Camelus bactrianus (フタコブラクダ) |
-分子 #1: IBT-CoV144 nanobody
分子 | 名称: IBT-CoV144 nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Camelus bactrianus (フタコブラクダ) |
分子量 | 理論値: 15.539212 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG PVQAGGSLRL SCTCSRCTFN WDGMGWFRQA PGKEREFVAT ISWSGQEPAY ADSVKGRFTI SRDKPKNTVY LQMTSLKSE DTAVYYCAAA QYTGASYSIL RDQVGYDYWG QGTRVTVSAE PKTPKPQDGQ AGQ |
-分子 #2: Spike protein S1
分子 | 名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 22.169053 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: TNLCPFDEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNFA PFFAFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGNEVSQIAP GQTGNIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNKL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGNKPCN GVAGFNCYFP L RSYGFRPT ...文字列: TNLCPFDEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNFA PFFAFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGNEVSQIAP GQTGNIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNKL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGNKPCN GVAGFNCYFP L RSYGFRPT YGVGHQPYRV VVLSFELLHA PATVCGPK UniProtKB: Spike glycoprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 75 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 93.0 K / 最高: 93.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |