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- EMDB-36663: rat megalin RAP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36663
タイトルrat megalin RAP complex
マップデータpostprocess consensus map
試料
  • 複合体: megalin-RAP complex
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • リガンド: x 4種
キーワードendocytosis receptor / ENDOCYTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


lipase binding / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle clearance / regulation of receptor-mediated endocytosis / rough endoplasmic reticulum lumen / receptor antagonist activity / amyloid-beta clearance by transcytosis / negative regulation of amyloid-beta clearance / hormone binding / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / cis-Golgi network ...lipase binding / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle clearance / regulation of receptor-mediated endocytosis / rough endoplasmic reticulum lumen / receptor antagonist activity / amyloid-beta clearance by transcytosis / negative regulation of amyloid-beta clearance / hormone binding / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / cis-Golgi network / negative regulation of receptor internalization / low-density lipoprotein particle receptor binding / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endomembrane system / receptor-mediated endocytosis / endosome lumen / Golgi lumen / heparin binding / vesicle / receptor ligand activity / receptor complex / endosome / apical plasma membrane / calcium ion binding / Golgi apparatus / cell surface / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein, domain 1 / Alpha-2-macroglobulin RAP, C-terminal / RAP domain superfamily / Alpha-2-macroglobulin RAP, domain 3 / Alpha-2-macroglobulin RAP, domain 2 / Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein / Alpha-2-macroglobulin RAP, N-terminal domain / Alpha-2-macroglobulin RAP, C-terminal domain / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like ...Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein, domain 1 / Alpha-2-macroglobulin RAP, C-terminal / RAP domain superfamily / Alpha-2-macroglobulin RAP, domain 3 / Alpha-2-macroglobulin RAP, domain 2 / Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein / Alpha-2-macroglobulin RAP, N-terminal domain / Alpha-2-macroglobulin RAP, C-terminal domain / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / : / Calcium-binding EGF domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
LDL receptor related protein 2 / Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Goto S / Tsutsumi A / Lee Y / Hosojima M / Kabasawa H / Komochi K / Yun-san L / Nagatoshi S / Tsumoto K / Nishizawa T ...Goto S / Tsutsumi A / Lee Y / Hosojima M / Kabasawa H / Komochi K / Yun-san L / Nagatoshi S / Tsumoto K / Nishizawa T / Kikkawa M / Saito A
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structures elucidate the multiligand receptor nature of megalin.
著者: Sawako Goto / Akihisa Tsutsumi / Yongchan Lee / Michihiro Hosojima / Hideyuki Kabasawa / Koichi Komochi / Satoru Nagatoishi / Kazuya Takemoto / Kouhei Tsumoto / Tomohiro Nishizawa / Masahide ...著者: Sawako Goto / Akihisa Tsutsumi / Yongchan Lee / Michihiro Hosojima / Hideyuki Kabasawa / Koichi Komochi / Satoru Nagatoishi / Kazuya Takemoto / Kouhei Tsumoto / Tomohiro Nishizawa / Masahide Kikkawa / Akihiko Saito /
要旨: Megalin (low-density lipoprotein receptor-related protein 2) is a giant glycoprotein of about 600 kDa, mediating the endocytosis of more than 60 ligands, including those of proteins, peptides, and ...Megalin (low-density lipoprotein receptor-related protein 2) is a giant glycoprotein of about 600 kDa, mediating the endocytosis of more than 60 ligands, including those of proteins, peptides, and drug compounds [S. Goto, M. Hosojima, H. Kabasawa, A. Saito, , 106393 (2023)]. It is expressed predominantly in renal proximal tubule epithelial cells, as well as in the brain, lungs, eyes, inner ear, thyroid gland, and placenta. Megalin is also known to mediate the endocytosis of toxic compounds, particularly those that cause renal and hearing disorders [Y. Hori , , 1783-1791 (2017)]. Genetic megalin deficiency causes Donnai-Barrow syndrome/facio-oculo-acoustico-renal syndrome in humans. However, it is not known how megalin interacts with such a wide variety of ligands and plays pathological roles in various organs. In this study, we elucidated the dimeric architecture of megalin, purified from rat kidneys, using cryoelectron microscopy. The maps revealed the densities of endogenous ligands bound to various regions throughout the dimer, elucidating the multiligand receptor nature of megalin. We also determined the structure of megalin in complex with receptor-associated protein, a molecular chaperone for megalin. The results will facilitate further studies on the pathophysiology of megalin-dependent multiligand endocytic pathways in multiple organs and will also be useful for the development of megalin-targeted drugs for renal and hearing disorders, Alzheimer's disease [B. V. Zlokovic , , 4229-4234 (1996)], and other illnesses.
履歴
登録2023年6月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36663.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36663.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈postprocess consensus map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.41 Å/pix.
x 260 pix.
= 366.86 Å		1.41 Å/pix.
x 260 pix.
= 366.86 Å		1.41 Å/pix.
x 260 pix.
= 366.86 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.411 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0242
最小 - 最大-0.078056246 - 0.15029816
平均 (標準偏差)0.00060984254 (±0.004988848)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 366.86002 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

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マスク #1

ファイルemd_36663_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: composite map

ファイルemd_36663_additional_1.map
注釈composite map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfmap1

ファイルemd_36663_half_map_1.map
注釈halfmap1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfmap2

ファイルemd_36663_half_map_2.map
注釈halfmap2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : megalin-RAP complex

全体名称: megalin-RAP complex
要素
  • 複合体: megalin-RAP complex
    • タンパク質・ペプチド: LDL receptor related protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein
    • タンパク質・ペプチド: unclear peptide
    • タンパク質・ペプチド: unclear peptide
    • タンパク質・ペプチド: unclear peptide
    • タンパク質・ペプチド: unclear peptide
    • タンパク質・ペプチド: unclear peptide
    • タンパク質・ペプチド: unclear peptide
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: NICKEL (II) ION

+
超分子 #1: megalin-RAP complex

超分子名称: megalin-RAP complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

+
分子 #1: LDL receptor related protein 2

分子名称: LDL receptor related protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 519.871438 KDa
配列文字列: MERGAAAAAW MLLLAIAACL EPVSSQECGS GNFRCDNGYC IPASWRCDGT RDCLDDTDEI GCPPRSCESG LFLCPAEGTC IPSSWVCDE DKDCSDGADE QQNCAGTTCS AQQMTCSNGQ CIPSEYRCDH VSDCPDGSDE RNCHYPTCDQ LTCANGACYN T SQRCDQKV ...文字列:
MERGAAAAAW MLLLAIAACL EPVSSQECGS GNFRCDNGYC IPASWRCDGT RDCLDDTDEI GCPPRSCESG LFLCPAEGTC IPSSWVCDE DKDCSDGADE QQNCAGTTCS AQQMTCSNGQ CIPSEYRCDH VSDCPDGSDE RNCHYPTCDQ LTCANGACYN T SQRCDQKV DCRDSSDEAN CTTLCSQKEF ECGSGECILR AYVCDHDNDC EDNSDERNCN YDTCGGHQFT CSNGQCINQN WV CDGDDDC QDSGDEDGCE SNQSHHRCYP REWACPGSGR CISIDKVCDG VPDCPEGDDE NNVTSGRTCG MGVCSVLNCE YQC HQTPFG GECFCPPGHI INSNDSRTCI DFDDCQIWGI CDQKCENRQG RHQCLCEEGY ILERGQHCKS SDSFSAASVI FSNG RDLLV GDLHGRNFRI LAESKNRGMV MGVDFHYQKH RVFWTDPMQE KVFSTDINGL NTQEILNVSV DTPENLAVDW INNKL YLVE TKVNRIDVVN LEGNQRVTLI TENLGHPRGI ALDPTVGYLF FSDWGSLSGQ PKVERAFMDG SNRKDLVTTK VGWPAG ITL DLVSKRVYWV DSRYDYIETV TYDGIQRKTV ARGGSLVPHP FGISLFEEHV FFTDWTKMAV MKASKFTETN PQVYHQS SL RPHGVTVYHA LRQPNATNPC GSNNGGCAQV CVLSHRTDNG GLGYRCKCEF GFELDDDEHR CVAVKNFLLF SSKTAVRG I PFTLSTQEDV MVPVTGSPSF FVGIDFDAQH STVFYSDLSK DIIYKQKIDG TGKEVITANR LESVECLTFD WISRNLYWT DGGLKSVTVL RLADKSRRQI ISNLNNPRSI VVHPTAGYMF LSDWFRPAKI MRAWSDGSHL MPIVNTSLGW PNGLAIDWSA SRLYWVDAF FDKIEHSTLD GLDRKRLGHV DQMTHPFGLT VFKDNVFITD WRLGAIIRVR KSDGGDMTVI RRGISSVMHV K AYDADLQT GSNYCSQTTH ANGDCSHFCF PVPNFQRVCG CPYGMKLQRD QMTCEGDPAR EPPTQQCGSL SFPCNNGKCV PS FFRCDGV DDCHDNSDEH QCGVFNNTCS PSAFACVRGG QCIPGQWHCD RQNDCLDGSD EQNCPTHATS STCPSTSFTC DNH VCIPKD WVCDTDNDCS DGSDEKNCQA SGTCQPTQFR CPDHRCISPL YVCDGDKDCA DGSDEAGCVL NCTSAQFKCA DGSS CINSR YRCDGVYDCR DNSDEAGCPT RPPGMCHLDE FQCQGDGTCI PNTWECDGHP DCIHGSDEHT GCVPKTCSPT HFLCD NGNC IYKAWICDGD NDCRDMSDEK DCPTQPFHCP STQWQCPGYS TCINLSALCD GVFDCPNGTD ESPLCNQDSC SHFNGG CTH QCMQGPFGAT CLCPLGYQLA NDTKTCEDIN ECDIPGFCSQ HCVNMRGSFR CACDPEYTLE SDGRTCKVTG SENPLLV VA SRDKIIVDNI TAHTHNLYSL VQDVSFVVAL DFDSVTGRVF WSDLLQGKTW SVFQNGTDKR VVHDSGLSVT EMIAVDWI G RNLYWTDYAL ETIEVSKIDG SHRTVLISKN VTKPRGLALD PRMGDNVMFW SDWGHHPRIE RASMDGTMRT VIVQEKIYW PCGLSIDYPN RLIYFMDAYL DYIEFCDYDG HNRRQVIASD LVLHHPHALT LFEDFVYWTD RGTRQVMQAN KWHGGNQSVV MYSVHQPLG ITAIHPSRQP PSRNPCASAS CSHLCLLSAQ APRHYSCACP SGWNLSDDSV NCVRGDQPFL MSVRDNIIFG I SLDPEVKS NDAMVPISGI QHGYDVEFDD SEQFIYWVEN PGEIHRVKTD GSNRTVFAPL SLLGSSLGLA LDWVSRNIYY TT PASRSIE VLTLKGDTRY GKTLIANDGT PLGVGFPVGI AVDPARGKLY WSDHGTDSGV PAKIASANMD GTSLKILFTG NLQ HLEVVT LDIQEQKLYW AVTSRGVIER GNVDGTERMI LVHHLAHPWG LVVYGSFLYY SDEQYEVIER VDKSSGNNKV VLRD NVPYL RGLRVYHRRN AADSSNGCSN NPNACQQICL PVPGGMFSCA CASGFKLSPD GRSCSPYNSF MVVSMLPAVR GFSLE LSDH SEAMVPVAGQ GRNVLHADVD VANGFIYWCD FSSSVRSSNG IRRIKPDGSN FTNVVTYGIG ANGIRGVALD WAAGNL YFT NAFVYETLIE VLRINTTYRR VLLKVSVDMP RHIIVDPKHR YLFWADYGQK PKIERSFLDC TNRTVLVSEG IVTPRGL AM DHDTGYIYWV DDSLDLIARI HLDGGESQVV RYGSRYPTPY GITVFGESII WVDRNLKKVF QASKQPGNTD PPVVIRDK I NLLRDVTIFD EHAQPLSPAE LNNNPCLQSN GGCSHFCFAL PELPTPRCGC AFGTLGNDGK SCATSQEDFL IYSLNNSLR SLHFDPRDHS LPFQVISVAG TAIALDYDRR NNRIFFTQKL NSLRGQISYV SLYSGSSSPT VLLSNIGVTD GIAFDWINRR IYYSDFSNQ TINSMAEDGS NRAVIARVSK PRAIVLDPCR GYMYWTDWGT NAKIERATLG GNFRVPIVNT SLVWPNGLAL D LETDLLYW ADASLQKIER STLTGTNREV VVSTAFHSFG LTVYGQYIYW TDLYTRKIYR ANKYDGSDLV AMTTRLPTQP SG ISTVVKT QRQQCSNPCD QFNGGCSHIC APGPNGAECQ CPHEGNWYLA NDNKYCVVDT GTRCNQLQFT CLNGHCINQD WKC DNDNDC GDGSDELPTV CAFHTCRSTA FTCGNGRCVP YHYRCDYYND CGDNSDEAGC LFRNCNSTTE FTCSNGRCIP LSYV CNGIN NCHDNDTSDE KNCPPHTCPP DFTKCQTTNI CVPRAFLCDG DNDCGDGSDE NPIYCASHTC RSNEFQCLSP QRCIP SYWF CDGEADCADG SDEPDTCGHS VNTCRASQFQ CDNGRCISGN WVCDGDNDCG DMSDEDQRHH CELQNCSSTQ FTCVNS RPP NRRCIPQYWV CDGDADCSDA LDELQNCTMR TCSAGEFSCA NGRCVRQSFR CDRRNDCGDY SDERGCSYPP CHANQFT CQ NGRCIPRFFV CDEDNDCGDG SDEQEHLCHT PEPTCPLHQF RCDNGHCIEM GRVCNHVDDC SDNSDEKGCG INECLDSS I SRCDHNCTDT ITSFYCSCLP GYKLMSDKRS CVDIDECKES PQLCSQKCEN VVGSYICKCA PGYIREPDGK SCRQNSNIE PYLIFSNRYY IRNLTTDGSS YSLILQGLGN VVALDFDRVE KRLYWIDAEK QIIERMFLNK TNRETIINHR LRRAESLAVD WVSRKLYWL DAILDCLFVS DLEGRHRKMI AQHCVDANNT FCFEHPRGIV LHPQRGHVYW ADWGVHAYIG RIGMDGTNKS V IISTKIEW PNAITIDYTN DLLYWADAHL GYIEFSDLEG HHRHTVYDGS LPHPFALTIF EDTVFWTDWN TRTVEKGNKY DG SGRVVLV NTTHKPFDIH VYHPYRQPIM SNPCGTNNGG CSHLCLIKAG GRGFTCACPD DFQTVQLRDR TLCMPMCSST QFL CGNNEK CIPIWWKCDG QKDCSDGSDE PDLCPHRFCR LGQFQCRDGN CTSPQALCNA RQDCADGSDE DRVLCEHHRC ESNE WQCAN KRCIPQSWQC DSVNDCLDNS DEDTSHCASR TCRPGQFKCN NGRCIPQSWK CDVDNDCGDY SDEPIDECTT AAYNC DNHT EFSCKTNYRC IPQWAVCNGF DDCRDNSDEQ GCESVPCHPS GDFRCANHHC IPLRWKCDGT DDCGDNSDEE NCVPRE CSE SEFRCADQQC IPSRWVCDQE NDCGDNSDER DCEMKTCHPE HFQCTSGHCV PKALACDGRA DCLDASDESA CPTRFPN GT YCPAAMFECK NHVCIQSFWI CDGENDCVDG SDEEIHLCFN IPCESPQRFR CDNSRCVYGH QLCNGVDDCG DGSDEKEE H CRKPTHKPCT DTEYKCSNGN CISQHYVCDN VNDCGDLSDE TGCNLGDNRT CAENICEQNC TQLSSGGFIC SCRPGFKPS TLDKNSCQDI NECEEFGICP QSCRNSKGSY ECFCVDGFKS MSTHYGERCA ADGSPPLLLL PENVRIRKYN TSSEKFSEYL EEEEHIQTI DYDWDPEHIG LSVVYYTVLA QGSQFGAIKR AYIPNFESGS NNPIREVDLG LKYLMQPDGL AVDWVGRHIY W SDAKSQRI EVATLDGRYR KWLITTQLDQ PAAIAVNPKL GLMFWTDQGK QPKIESAWMN GEHRSVLVSE NLGWPNGLSI DY LNDDRVY WSDSKEDVIE AIKYDGTDRR LIINEAMKPF SLDIFEDKLY WVAKEKGEVW RQNKFGKENK EKVLVVNPWL TQV RIFHQL RYNQSVSNPC KQVCSHLCLL RPGGYSCACP QGSDFVTGST VQCDAASELP VTMPPPCRCM HGGNCYFDEN ELPK CKCSS GYSGEYCEVG LSRGIPPGTT MAVLLTFVIV IIVGALVLVG LFHYRKTGSL LPTLPKLPSL SSLAKPSENG NGVTF RSGA DVNMDIGVSP FGPETIIDRS MAMNEHFVME VGKQPVIFEN PMYAAKDNTS KVALAVQGPS TGAQVTVPEN VENQNY GRP IDPSEIVPEP KPASPGADEI QGKKWNIFKR KPKQTTNFEN PIYAEMDSEV KDAVAVAPPP SPSLPAKASK RNLTPGY TA TEDTFKDTAN LVKEDSDV

UniProtKB: LDL receptor related protein 2

+
分子 #2: Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein

分子名称: Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 42.112809 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAPLRDRVST LPRLQLLVLL LLPLLLVPQP IAGHGGKYSR EKNEPEMAAK RESGEEFRME KLNQLWEKAK RLHLSPVRLA ELHSDLKIQ ERDELNWKKL KVEGLDGDGE KEAKLVHNLN VILARYGLDG RKDTQTVHSN ALNEDTQDEL GDPRLEKLWH K AKTSGKFS ...文字列:
MAPLRDRVST LPRLQLLVLL LLPLLLVPQP IAGHGGKYSR EKNEPEMAAK RESGEEFRME KLNQLWEKAK RLHLSPVRLA ELHSDLKIQ ERDELNWKKL KVEGLDGDGE KEAKLVHNLN VILARYGLDG RKDTQTVHSN ALNEDTQDEL GDPRLEKLWH K AKTSGKFS SEELDKLWRE FLHYKEKIHE YNVLLDTLSR AEEGYENLLS PSDMTHIKSD TLASKHSELK DRLRSINQGL DR LRKVSHQ GYGPATEFEE PRVIDLWDLA QSANFTEKEL ESFREELKHF EAKIEKHNHY QKQLEISHQK LKHVESIGDP EHI SRNKEK YVLLEEKTKE LGYKVKKHLQ DLSSRVSRAR HNEL

UniProtKB: Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein

+
分子 #3: unclear peptide

分子名称: unclear peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: Authors state that they could not experimentally confirm this sequence. Therefore residue numbers and chain IDs are meaningless for entity 3-8.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 528.644 Da
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #4: unclear peptide

分子名称: unclear peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 472.537 Da
配列文字列:
(UNK)N(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #5: unclear peptide

分子名称: unclear peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 556.697 Da
配列文字列:
(UNK)(UNK)L(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #6: unclear peptide

分子名称: unclear peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 291.368 Da
配列文字列:
(UNK)C(UNK)

+
分子 #7: unclear peptide

分子名称: unclear peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 531.557 Da
配列文字列:
(UNK)EE(UNK)(UNK)

+
分子 #8: unclear peptide

分子名称: unclear peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 472.537 Da
配列文字列:
(UNK)(UNK)N(UNK)(UNK)

+
分子 #17: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 22 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

+
分子 #18: 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 24 / 式: A2G
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-A2G:
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / α-GalNAc

+
分子 #19: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 88 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #20: NICKEL (II) ION

分子名称: NICKEL (II) ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 2 / 式: NI
分子量理論値: 58.693 Da
Chemical component information

ChemComp-NI:
NICKEL (II) ION

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.4) / 使用した粒子像数: 67775
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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