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- EMDB-36573: Cryo EM map of full length PLC gamma 2 and FGFR1 Kinase Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36573
タイトルCryo EM map of full length PLC gamma 2 and FGFR1 Kinase Domain
マップデータEM map of PLC gamma 2 and FGFR1K complex
試料
  • 複合体: PLCg2 and FGFR1
    • タンパク質・ペプチド: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Fibroblast growth factor receptor 1
キーワードPLCg2 / PLC gamma 2 / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


follicular B cell differentiation / inositol trisphosphate biosynthetic process / regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of dendritic cell cytokine production / Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process ...follicular B cell differentiation / inositol trisphosphate biosynthetic process / regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of dendritic cell cytokine production / Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process / phosphoinositide phospholipase C / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / antifungal innate immune response / vitamin D3 metabolic process / cementum mineralization / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / cellular response to lectin / response to yeast / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / receptor-receptor interaction / response to sodium phosphate / auditory receptor cell development / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / ventricular zone neuroblast division / phosphorylation-dependent protein binding / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / chordate embryonic development / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / positive regulation of parathyroid hormone secretion / phosphatidylinositol metabolic process / mesenchymal cell proliferation / paraxial mesoderm development / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of neuroinflammatory response / regulation of postsynaptic density assembly / cell activation / FGFR1b ligand binding and activation / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / FGFR1c ligand binding and activation / phospholipase C activity / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / branching involved in salivary gland morphogenesis / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / positive regulation of phospholipase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / lung-associated mesenchyme development / phosphatidylinositol biosynthetic process / programmed cell death / cell projection assembly / macrophage activation involved in immune response / phospholipid catabolic process / cellular response to lipid / outer ear morphogenesis / embryonic limb morphogenesis / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of programmed cell death / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / skeletal system morphogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / middle ear morphogenesis / positive regulation of macrophage cytokine production / ureteric bud development / cardiac muscle cell proliferation / inner ear morphogenesis / toll-like receptor signaling pathway / phosphatidylinositol-mediated signaling / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / PI-3K cascade:FGFR1 / midbrain development / intracellular vesicle / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of stem cell proliferation / Dectin-2 family / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / fibroblast growth factor binding / B cell activation / regulation of cell differentiation / regulation of lipid metabolic process / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of receptor internalization / Generation of second messenger molecules / PI3K Cascade / positive regulation of epithelial cell migration / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of type I interferon production / response to axon injury / Role of phospholipids in phagocytosis
類似検索 - 分子機能
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2, SH3 domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / PLCG EF-hand motif 2 / Pleckstrin homology domain / Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain ...1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2, SH3 domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / PLCG EF-hand motif 2 / Pleckstrin homology domain / Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / Fibroblast growth factor receptor family / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / : / SH3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand domain pair / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor receptor 1 / 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Shin Y-C / Liao M
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用
ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: The crystal and cryo-EM structures of PLCγ2 reveal dynamic interdomain recognitions in autoinhibition.
著者: Young-Cheul Shin / Ashlee Marie Plummer-Medeiros / Alison Mungenast / Hyeong-Wook Choi / Karen TenDyke / Xiaojie Zhu / Jennifer Shepard / Kristen Sanders / Ningning Zhuang / Liang Hu / ...著者: Young-Cheul Shin / Ashlee Marie Plummer-Medeiros / Alison Mungenast / Hyeong-Wook Choi / Karen TenDyke / Xiaojie Zhu / Jennifer Shepard / Kristen Sanders / Ningning Zhuang / Liang Hu / Dongming Qian / Kangkang Song / Chen Xu / John Wang / Suresh B Poda / Maofu Liao / Yu Chen /
要旨: Phospholipase C gamma 2 (PLCγ2) plays important roles in cell signaling downstream of various membrane receptors. PLCγ2 contains a multidomain inhibitory region critical for its regulation, while ...Phospholipase C gamma 2 (PLCγ2) plays important roles in cell signaling downstream of various membrane receptors. PLCγ2 contains a multidomain inhibitory region critical for its regulation, while it has remained unclear how these domains contribute to PLCγ2 activity modulation. Here we determined three structures of human PLCγ2 in autoinhibited states, which reveal dynamic interactions at the autoinhibition interface, involving the conformational flexibility of the Src homology 3 (SH3) domain in the inhibitory region, and its previously unknown interaction with a carboxyl-terminal helical domain in the core region. We also determined a structure of PLCγ2 bound to the kinase domain of fibroblast growth factor receptor 1 (FGFR1), which demonstrates the recognition of FGFR1 by the nSH2 domain in the inhibitory region of PLCγ2. Our results provide structural insights into PLCγ2 regulation that will facilitate future mechanistic studies to understand the entire activation process.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: The crystal and cryo-EM structures of PLC gamma 2 reveal dynamic inter-domain recognitions in autoinhibition
著者: Shin YC / Plummer-Medeiros AM / Mungenast A / Choi HW / TenDyke K / Zhu X / Shepard J / Zhuang N / Hu L / Qian D / Song K / Xu C / Wang J / Poda SB / Liao M / Chen Y
履歴
登録2023年6月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2024年12月11日-
現状2024年12月11日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36573.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36573.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map of PLC gamma 2 and FGFR1K complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 216 pix.
= 237.6 Å		1.1 Å/pix.
x 216 pix.
= 237.6 Å		1.1 Å/pix.
x 216 pix.
= 237.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.8894118 - 1.8723263
平均 (標準偏差)0.0024268182 (±0.06400126)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 237.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_36573_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of PLC gamma 2 and FGFR1K complex

ファイルemd_36573_half_map_1.map
注釈Half map A of PLC gamma 2 and FGFR1K complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B pf PLC gamma 2 and FGFR1K complex

ファイルemd_36573_half_map_2.map
注釈Half map B pf PLC gamma 2 and FGFR1K complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PLCg2 and FGFR1

全体名称: PLCg2 and FGFR1
要素
  • 複合体: PLCg2 and FGFR1
    • タンパク質・ペプチド: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Fibroblast growth factor receptor 1

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超分子 #1: PLCg2 and FGFR1

超分子名称: PLCg2 and FGFR1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 147.8 KDa

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分子 #1: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2

分子名称: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phosphoinositide phospholipase C
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 148.074578 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSTTVNVDSL AEYEKSQIKR ALELGTVMTV FSFRKSTPER RTVQVIMETR QVAWSKTADK IEGFLDIMEI KEIRPGKNSK DFERAKAVR QKEDCCFTIL YGTQFVLSTL SLAADSKEDA VNWLSGLKIL HQEAMNASTP TIIESWLRKQ IYSVDQTRRN S ISLRELKT ...文字列:
MSTTVNVDSL AEYEKSQIKR ALELGTVMTV FSFRKSTPER RTVQVIMETR QVAWSKTADK IEGFLDIMEI KEIRPGKNSK DFERAKAVR QKEDCCFTIL YGTQFVLSTL SLAADSKEDA VNWLSGLKIL HQEAMNASTP TIIESWLRKQ IYSVDQTRRN S ISLRELKT ILPLINFKVS SAKFLKDKFV EIGAHKDELS FEQFHLFYKK LMFEQQKSIL DEFKKDSSVF ILGNTDRPDA SA VYLHDFQ RFLIHEQQEH WAQDLNKVRE RMTKFIDDTM RETAEPFLFV DEFLTYLFSR ENSIWDEKYD AVDMQDMNNP LSH YWISSS HNTYLTGDQL RSESSPEAYI RCLRMGCRCI ELDCWDGPDG KPVIYHGWTR TTKIKFDDVV QAIKDHAFVT SSFP VILSI EEHCSVEQQR HMAKAFKEVF GDLLLTKPTE ASADQLPSPS QLREKIIIKH KKLGPRGDVD VNMEDKKDEH KQQGE LYMW DSIDQKWTRH YCAIADAKLS FSDDIEQTME EEVPQDIPPT ELHFGEKWFH KKVEKRTSAE KLLQEYCMET GGKDGT FLV RESETFPNDY TLSFWRSGRV QHCRIRSTME GGTLKYYLTD NLTFSSIYAL IQHYRETHLR CAEFELRLTD PVPNPNP HE SKPWYYDSLS RGEAEDMLMR IPRDGAFLIR KREGSDSYAI TFRARGKVKH CRINRDGRHF VLGTSAYFES LVELVSYY E KHSLYRKMRL RYPVTPELLE RYNMERDINS LYDVSRMYVD PSEINPSMPQ RTVKALYDYK AKRSDELSFC RGALIHNVS KEPGGWWKGD YGTRIQQYFP SNYVEDISTA DFEELEKQII EDNPLGSLCR GILDLNTYNV VKAPQGKNQK SFVFILEPKQ QGDPPVEFA TDRVEELFEW FQSIREITWK IDTKENNMKY WEKNQSIAIE LSDLVVYCKP TSKTKDNLEN PDFREIRSFV E TKADSIIR QKPVDLLKYN QKGLTRVYPK GQRVDSSNYD PFRLWLCGSQ MVALNFQTAD KYMQMNHALF SLNGRTGYVL QP ESMRTEK YDPMPPESQR KILMTLTVKV LGARHLPKLG RSIACPFVEV EICGAEYDNN KFKTTVVNDN GLSPIWAPTQ EKV TFEIYD PNLAFLRFVV YEEDMFSDPN FLAHATYPIK AVKSGFRSVP LKNGYSEDIE LASLLVFCEM RPVLESEEEL YSSC RQLRR RQEELNNQLF LYDTHQNLRN ANRDALVKEF SVNENQLQLY QEKCNKRLRE KRVSNSKFYS

UniProtKB: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2

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分子 #2: Fibroblast growth factor receptor 1

分子名称: Fibroblast growth factor receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 91.97868 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MWSWKCLLFW AVLVTATLCT ARPSPTLPEQ AQPWGAPVEV ESFLVHPGDL LQLRCRLRDD VQSINWLRDG VQLAESNRTR ITGEEVEVQ DSVPADSGLY ACVTSSPSGS DTTYFSVNVS DALPSSEDDD DDDDSSSEEK ETDNTKPNRM PVAPYWTSPE K MEKKLHAV ...文字列:
MWSWKCLLFW AVLVTATLCT ARPSPTLPEQ AQPWGAPVEV ESFLVHPGDL LQLRCRLRDD VQSINWLRDG VQLAESNRTR ITGEEVEVQ DSVPADSGLY ACVTSSPSGS DTTYFSVNVS DALPSSEDDD DDDDSSSEEK ETDNTKPNRM PVAPYWTSPE K MEKKLHAV PAAKTVKFKC PSSGTPNPTL RWLKNGKEFK PDHRIGGYKV RYATWSIIMD SVVPSDKGNY TCIVENEYGS IN HTYQLDV VERSPHRPIL QAGLPANKTV ALGSNVEFMC KVYSDPQPHI QWLKHIEVNG SKIGPDNLPY VQILKTAGVN TTD KEMEVL HLRNVSFEDA GEYTCLAGNS IGLSHHSAWL TVLEALEERP AVMTSPLYLE IIIYCTGAFL ISCMVGSVIV YKMK SGTKK SDFHSQMAVH KLAKSIPLRR QVTVSADSSA SMNSGVLLVR PSRLSSSGTP MLAGVSEYEL PEDPRWELPR DRLVL GKPL GEGCFGQVVL AEAIGLDKDK PNRVTKVAVK MLKSDATEKD LSDLISEMEM MKMIGKHKNI INLLGACTQD GPLYVI VEY ASKGNLREYL QARRPPGLEY CYNPSHNPEE QLSSKDLVSC AYQVARGMEY LASKKCIHRD LAARNVLVTE DNVMKIA DF GLARDIHHID YYKKTTNGRL PVKWMAPEAL FDRIYTHQSD VWSFGVLLWE IFTLGGSPYP GVPVEELFKL LKEGHRMD K PSNCTNELYM MMRDCWHAVP SQRPTFKQLV EDLDRIVALT SNQEYLDLSM PLDQYSPSFP DTRSSTCSSG EDSVFSHEP LPEEPCLPRH PAQLANGGLK RR

UniProtKB: Fibroblast growth factor receptor 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.9 / 詳細: 25 mM Tris pH 7.9, 150 mM NaCl, 1mM TCEP
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.0932 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 45439
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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