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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3655 | |||||||||
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タイトル | Cryo-Electron Microscopy Structure of the Macrobrachium rosenbergii Nodavirus Capsid at 7 Angstroms Resolution | |||||||||
マップデータ | Macrobrachium rosenbergii nodavirus virus-like particle. | |||||||||
試料 | Macrobrachium rosenbergii Nodavirus Capsid != Macrobrachium rosenbergii Nodavirus Macrobrachium rosenbergii Nodavirus Capsid
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生物種 | Macrobrachium rosenbergii Nodavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Bhella D / Ho KL | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Cryo-Electron Microscopy Structure of the Macrobrachium rosenbergii Nodavirus Capsid at 7 Angstroms Resolution. 著者: Kok Lian Ho / Chare Li Kueh / Poay Ling Beh / Wen Siang Tan / David Bhella / 要旨: White tail disease in the giant freshwater prawn Macrobrachium rosenbergii causes significant economic losses in shrimp farms and hatcheries and poses a threat to food-security in many developing ...White tail disease in the giant freshwater prawn Macrobrachium rosenbergii causes significant economic losses in shrimp farms and hatcheries and poses a threat to food-security in many developing countries. Outbreaks of Macrobrachium rosenbergii nodavirus (MrNV), the causative agent of white tail disease (WTD) are associated with up to 100% mortality rates. There are no interventions available to treat or prevent MrNV disease however. Here we show the structure of MrNV virus-like particles (VLPs) produced by recombinant expression of the capsid protein, using cryogenic electron microscopy. Our data show that MrNV VLPs package nucleic acids in a manner reminiscent of other known nodavirus structures. The structure of the capsid however shows striking differences from insect and fish infecting nodaviruses, which have been shown to assemble trimer-clustered T = 3 icosahedral virus particles. MrNV particles have pronounced dimeric blade-shaped spikes extending up to 6 nm from the outer surface of the capsid shell. Our structural analysis supports the assertion that MrNV may belong to a new genus of the Nodaviridae. Moreover, our study provides the first structural view of an important pathogen affecting aquaculture industries across the world. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3655.map.gz | 66.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3655-v30.xml emd-3655.xml | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3655_fsc.xml | 16.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3655.png | 198.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3655 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3655 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3655_validation.pdf.gz | 281.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3655_full_validation.pdf.gz | 280.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3655_validation.xml.gz | 16.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3655 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3655 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3655.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Macrobrachium rosenbergii nodavirus virus-like particle. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Macrobrachium rosenbergii Nodavirus Capsid
全体 | 名称: Macrobrachium rosenbergii Nodavirus Capsid |
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要素 |
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-超分子 #1: Macrobrachium rosenbergii Nodavirus
超分子 | 名称: Macrobrachium rosenbergii Nodavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 222557 / 生物種: Macrobrachium rosenbergii Nodavirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Macrobrachium rosenbergii (甲殻類) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 400.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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グリッド | モデル: Protochips C-flat R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR 詳細: C-flats had an additional carbon evaporation applied |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 4 seconds, Blot force 25. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FSC |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-60 / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 281 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |