EMDB-36491: Cryo-EM map of human Gi heterotrimer

基本情報

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-36491

• タイトル: Cryo-EM map of human Gi heterotrimer

試料

• 複合体: Gi heterotrimer in complex with scFv16

• キーワード: Complex / MEMBRANE PROTEIN
• 生物種: Homo sapiens (ヒト)
• 手法: 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å
• データ登録者: Zhao C / Tian XW / Liu Y / Cheng L / Yan W / Shao ZH

資金援助

中国, 1件

Organization	Grant number	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)		中国

• 引用: ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023; タイトル: Biased allosteric activation of ketone body receptor HCAR2 suppresses inflammation.; 著者: Chang Zhao / Heli Wang / Ying Liu / Lin Cheng / Bo Wang / Xiaowen Tian / Hong Fu / Chao Wu / Ziyan Li / Chenglong Shen / Jingjing Yu / Shengyong Yang / Hongbo Hu / Ping Fu / Liang Ma / Chuanxin Wang / Wei Yan / Zhenhua Shao / ; 要旨: Hydroxycarboxylic acid receptor 2 (HCAR2), modulated by endogenous ketone body β-hydroxybutyrate and exogenous niacin, is a promising therapeutic target for inflammation-related diseases. HCAR2 mediates distinct pathophysiological events by activating G protein or β-arrestin effectors. Here, we characterize compound 9n as a G-biased allosteric modulator (BAM) of HCAR2 and exhibit anti-inflammatory efficacy in RAW264.7 macrophages via a specific HCAR2-G pathway. Furthermore, four structures of HCAR2-G complex bound to orthosteric agonists (niacin or monomethyl fumarate), compound 9n, and niacin together with compound 9n simultaneously reveal a common orthosteric site and a unique allosteric site. Combined with functional studies, we decipher the action framework of biased allosteric modulation of compound 9n on the orthosteric site. Moreover, co-administration of compound 9n with orthosteric agonists could enhance anti-inflammatory effects in the mouse model of colitis. Together, our study provides insight to understand the molecular pharmacology of the BAM and facilitates exploring the therapeutic potential of the BAM with orthosteric drugs.

履歴

登録	2023年6月13日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2023年9月6日	-
マップ公開	2023年9月6日	-
更新	2023年10月11日	-
現状	2023年10月11日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

マップ

• ファイル: ダウンロード / ファイル: emd_36491.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
• ボクセルのサイズ: X=Y=Z: 0.85 Å

密度

表面レベル	登録者による: 0.678
最小 - 最大	-3.1734486 - 4.283709
平均 (標準偏差)	-0.0040234374 (±0.12111094)

• 対称性: 空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状	Axis order X Y Z Origin 0 0 0 サイズ 256 256 256 Spacing 256 256 256
セル	A=B=C: 217.6 Å α=β=γ: 90.0 °

添付データ

ハーフマップ: #1

• ファイル: emd_36491_half_map_1.map

ハーフマップ: #2

• ファイル: emd_36491_half_map_2.map

試料の構成要素

全体 : Gi heterotrimer in complex with scFv16

• 全体: 名称: Gi heterotrimer in complex with scFv16

要素

• 複合体: Gi heterotrimer in complex with scFv16

超分子 #1: Gi heterotrimer in complex with scFv16

• 超分子: 名称: Gi heterotrimer in complex with scFv16 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
• 由来(天然): 生物種: Homo sapiens (ヒト)

実験情報

構造解析

• 手法: クライオ電子顕微鏡法
• 解析: 単粒子再構成法
• 試料の集合状態: particle

試料調製

• 緩衝液: pH: 7.5
• 凍結: 凍結剤: ETHANE

電子顕微鏡法

• 顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
• 撮影: フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 IS (4k x 4k) / 平均電子線量: 59.0 e/Ų
• 電子線: 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
• 電子光学系: 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
• 実験機器: モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

画像解析

• 初期モデル: モデルのタイプ: NONE
• 最終 再構成: 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 172267
• 初期 角度割当: タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
• 最終 角度割当: タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD