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- EMDB-36483: CryoEM structure of isNS1 in complex with Fab56.2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36483
タイトルCryoEM structure of isNS1 in complex with Fab56.2
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of Fab56.2 with dengue virus nonstructural protein 1 and High Density Lipoprotein
    • 複合体: isNS1ts
      • Other: core protein
    • 複合体: Fab56.2
      • Other: Fab56.2 Heavy Chain
      • Other: Fab56.2 Light Chain
キーワードFlavivirus / Dengue / NS1 / HDL / VIRAL PROTEIN
生物種Dengue virus type 2 (デング熱ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ) / dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Chew BLA / Luo D
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education (MoE, Singapore)T2EP30220-0020 シンガポール
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Secreted dengue virus NS1 from infection is predominantly dimeric and in complex with high-density lipoprotein.
著者: Bing Liang Alvin Chew / A N Qi Ngoh / Wint Wint Phoo / Kitti Wing Ki Chan / Zheng Ser / Nikhil K Tulsian / Shiao See Lim / Mei Jie Grace Weng / Satoru Watanabe / Milly M Choy / Jenny Low / ...著者: Bing Liang Alvin Chew / A N Qi Ngoh / Wint Wint Phoo / Kitti Wing Ki Chan / Zheng Ser / Nikhil K Tulsian / Shiao See Lim / Mei Jie Grace Weng / Satoru Watanabe / Milly M Choy / Jenny Low / Eng Eong Ooi / Christiane Ruedl / Radoslaw M Sobota / Subhash G Vasudevan / Dahai Luo /
要旨: Severe dengue infections are characterized by endothelial dysfunction shown to be associated with the secreted nonstructural protein 1 (sNS1), making it an attractive vaccine antigen and ...Severe dengue infections are characterized by endothelial dysfunction shown to be associated with the secreted nonstructural protein 1 (sNS1), making it an attractive vaccine antigen and biotherapeutic target. To uncover the biologically relevant structure of sNS1, we obtained infection-derived sNS1 (isNS1) from dengue virus (DENV)-infected Vero cells through immunoaffinity purification instead of recombinant sNS1 (rsNS1) overexpressed in insect or mammalian cell lines. We found that isNS1 appeared as an approximately 250 kDa complex of NS1 and ApoA1 and further determined the cryoEM structures of isNS1 and its complex with a monoclonal antibody/Fab. Indeed, we found that the major species of isNS1 is a complex of the NS1 dimer partially embedded in a high-density lipoprotein (HDL) particle. Crosslinking mass spectrometry studies confirmed that the isNS1 interacts with the major HDL component ApoA1 through interactions that map to the NS1 wing and hydrophobic domains. Furthermore, our studies demonstrated that the sNS1 in sera from DENV-infected mice and a human patient form a similar complex as isNS1. Our results report the molecular architecture of a biological form of sNS1, which may have implications for the molecular pathogenesis of dengue.
#2: ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Secreted dengue virus NS1 from infection is predominantly dimeric and in complex with high-density lipoprotein.
著者: Chew BLA / Ngoh AQ / Phoo WW / Chan KWK / Ser Z / Tulsian NK / Lim SS / Weng MJG / Watanabe S / Choy MM / Low JG / Ooi EE / Ruedl C / Sobota RM / Vasudevan SG / Luo D
履歴
登録2023年6月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月29日-
マップ公開2023年11月29日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36483.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36483.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 416 pix.
= 356.928 Å		0.86 Å/pix.
x 416 pix.
= 356.928 Å		0.86 Å/pix.
x 416 pix.
= 356.928 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.858 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.9048512 - 1.8042191
平均 (標準偏差)-0.0013161432 (±0.027252153)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 356.92798 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36483_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36483_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of Fab56.2 with dengue virus nonstructural protei...

全体名称: Ternary complex of Fab56.2 with dengue virus nonstructural protein 1 and High Density Lipoprotein
要素
  • 複合体: Ternary complex of Fab56.2 with dengue virus nonstructural protein 1 and High Density Lipoprotein
    • 複合体: isNS1ts
      • Other: core protein
    • 複合体: Fab56.2
      • Other: Fab56.2 Heavy Chain
      • Other: Fab56.2 Light Chain

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超分子 #1: Ternary complex of Fab56.2 with dengue virus nonstructural protei...

超分子名称: Ternary complex of Fab56.2 with dengue virus nonstructural protein 1 and High Density Lipoprotein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: sNS1 derived from the supernatant of vero cells infected by DENV2 EDEN strain. Fab56.2 fragment was added in exogeneously, generated through proteolytic cleavage of antibody derived from hybridoma supernatant.

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超分子 #2: isNS1ts

超分子名称: isNS1ts / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
詳細: Dengue virus 2 (EDEN2 strain, T164S mutant) secreted NS1 from infected vero cells
由来(天然)生物種: Dengue virus type 2 (デング熱ウイルス) / 株: EDEN2

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超分子 #3: Fab56.2

超分子名称: Fab56.2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
詳細: ab56.2 fragment was generated through proteolytic cleavage of antibody derived from hybridoma supernatant.
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: core protein

分子名称: core protein / タイプ: other / ID: 1
詳細: sNS1 derived from the supernatant of vero cells infected by DENV2 EDEN strain. Fab56.2 fragment was added in exogeneously, generated through proteolytic cleavage of antibody derived from hybridoma supernatant.
分類: other
由来(天然)生物種: dengue virus type 2 (デング熱ウイルス) / 株: EDEN2
配列文字列: DSGCVVSWKN KELKCGSGIF ITDNVHTWTE QYKFQPESPS KLASAIQKAH EEGICGIRSV TRLENLMWKQ ITPELNHILS ENEVKMTIMT GDIKGIMQAG KRSLRPQPTE LKYSWKAWGK AKMLSTELHN HTFLIDGPET AECPNTNRAW NSLEVEDYGF GVFTTNIWLK ...文字列:
DSGCVVSWKN KELKCGSGIF ITDNVHTWTE QYKFQPESPS KLASAIQKAH EEGICGIRSV TRLENLMWKQ ITPELNHILS ENEVKMTIMT GDIKGIMQAG KRSLRPQPTE LKYSWKAWGK AKMLSTELHN HTFLIDGPET AECPNTNRAW NSLEVEDYGF GVFTTNIWLK LKERQDVSCD SKLMSAAIKD NRAVHADMGY WIESALNDTW KIEKASFIEV KSCHWPKSHT LWSNGVLESE MIIPKNFAGP VSQHNYRPGY HTQTAGPWHL GRLEMDFDFC EGTTVVVTED CGNRGPSLRT TTASGKLITE WCCRSCTLPP LRYRGEDGCW YGMEIRPLKE KEENLVNSLV TA

GENBANK: GENBANK: EU081177

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分子 #2: Fab56.2 Heavy Chain

分子名称: Fab56.2 Heavy Chain / タイプ: other / ID: 2 / 詳細: mouse hybridoma / 分類: other
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: ALEVQLQESG PGLVKPSQSL SFTWSVIGYS ITSGYYWKWI RQFSGNKLEW MGYIRYDGSN NYNPSLKNRI SIIRDTFKNQ FFLKLNFVTA GDTATYYCAN LYYYSSSPGW FPYWGQGTLV TVFAASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP VTVSWNSGAL ...文字列:
ALEVQLQESG PGLVKPSQSL SFTWSVIGYS ITSGYYWKWI RQFSGNKLEW MGYIRYDGSN NYNPSLKNRI SIIRDTFKNQ FFLKLNFVTA GDTATYYCAN LYYYSSSPGW FPYWGQGTLV TVFAASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GPQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCD

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分子 #3: Fab56.2 Light Chain

分子名称: Fab56.2 Light Chain / タイプ: other / ID: 3 / 詳細: mouse hybridoma / 分類: other
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: AELDIVMTQS PAIMSASLGE EITLTCSASS SVSYMHWYQQ KSGTSPKLLI YSTSNLASGV PSRFSGSGSG TFYSLTISSV EAEDAADYYC HQWSSWTFGG GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD ...文字列:
AELDIVMTQS PAIMSASLGE EITLTCSASS SVSYMHWYQQ KSGTSPKLLI YSTSNLASGV PSRFSGSGSG TFYSLTISSV EAEDAADYYC HQWSSWTFGG GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD STYSLSSTLT LSKADYEKHK VYACEVTHQG LSLPVTKSFN RGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: NS1 dimer model generated using AF2
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 164009
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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