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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of isNS1 in complex with Fab56.2 and HDL | |||||||||
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![]() | Flavivirus / Dengue / NS1 / HDL / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Chew BLA / Luo D | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Secreted dengue virus NS1 from infection is predominantly dimeric and in complex with high-density lipoprotein. 著者: Bing Liang Alvin Chew / A N Qi Ngoh / Wint Wint Phoo / Kitti Wing Ki Chan / Zheng Ser / Nikhil K Tulsian / Shiao See Lim / Mei Jie Grace Weng / Satoru Watanabe / Milly M Choy / Jenny Low / ...著者: Bing Liang Alvin Chew / A N Qi Ngoh / Wint Wint Phoo / Kitti Wing Ki Chan / Zheng Ser / Nikhil K Tulsian / Shiao See Lim / Mei Jie Grace Weng / Satoru Watanabe / Milly M Choy / Jenny Low / Eng Eong Ooi / Christiane Ruedl / Radoslaw M Sobota / Subhash G Vasudevan / Dahai Luo / ![]() ![]() 要旨: Severe dengue infections are characterized by endothelial dysfunction shown to be associated with the secreted nonstructural protein 1 (sNS1), making it an attractive vaccine antigen and ...Severe dengue infections are characterized by endothelial dysfunction shown to be associated with the secreted nonstructural protein 1 (sNS1), making it an attractive vaccine antigen and biotherapeutic target. To uncover the biologically relevant structure of sNS1, we obtained infection-derived sNS1 (isNS1) from dengue virus (DENV)-infected Vero cells through immunoaffinity purification instead of recombinant sNS1 (rsNS1) overexpressed in insect or mammalian cell lines. We found that isNS1 appeared as an approximately 250 kDa complex of NS1 and ApoA1 and further determined the cryoEM structures of isNS1 and its complex with a monoclonal antibody/Fab. Indeed, we found that the major species of isNS1 is a complex of the NS1 dimer partially embedded in a high-density lipoprotein (HDL) particle. Crosslinking mass spectrometry studies confirmed that the isNS1 interacts with the major HDL component ApoA1 through interactions that map to the NS1 wing and hydrophobic domains. Furthermore, our studies demonstrated that the sNS1 in sera from DENV-infected mice and a human patient form a similar complex as isNS1. Our results report the molecular architecture of a biological form of sNS1, which may have implications for the molecular pathogenesis of dengue. #2: ![]() タイトル: Secreted dengue virus NS1 from infection is predominantly dimeric and in complex with high-density lipoprotein. 著者: Chew BLA / Ngoh AQ / Phoo WW / Chan KWK / Ser Z / Tulsian NK / Lim SS / Weng MJG / Watanabe S / Choy MM / Low JG / Ooi EE / Ruedl C / Sobota RM / Vasudevan SG / Luo D | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 259.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.3 KB 20.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 129.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 274.6 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 255.1 MB 255.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.855 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36480_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36480_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of Fab56.2 with dengue virus nonstructural protei...
全体 | 名称: Ternary complex of Fab56.2 with dengue virus nonstructural protein 1 and High Density Lipoprotein |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of Fab56.2 with dengue virus nonstructural protei...
超分子 | 名称: Ternary complex of Fab56.2 with dengue virus nonstructural protein 1 and High Density Lipoprotein タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: sNS1 derived from the supernatant of vero cells infected by DENV2 EDEN strain. Fab56.2 fragment was added in exogeneously, generated through proteolytic cleavage of antibody derived from hybridoma supernatant. |
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-超分子 #2: isNS1ts
超分子 | 名称: isNS1ts / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 詳細: Dengue virus 2 (EDEN2 strain, T164S mutant) secreted NS1 from infected vero cells |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Monoclonal antibody fragment 56.2
超分子 | 名称: Monoclonal antibody fragment 56.2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 詳細: ab56.2 fragment was generated through proteolytic cleavage of antibody derived from hybridoma supernatant. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: core protein
分子 | 名称: core protein / タイプ: other / ID: 1 詳細: secreted Non structural protein 1 from vero cell supernatant infected by dengue virus 2 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: DSGCVVSWKN KELKCGSGIF ITDNVHTWTE QYKFQPESPS KLASAIQKAH EEGICGIRSV TRLENLMWKQ ITPELNHILS ENEVKMTIMT GDIKGIMQAG KRSLRPQPTE LKYSWKAWGK AKMLSTELHN HTFLIDGPET AECPNTNRAW NSLEVEDYGF GVFTTNIWLK ...文字列: DSGCVVSWKN KELKCGSGIF ITDNVHTWTE QYKFQPESPS KLASAIQKAH EEGICGIRSV TRLENLMWKQ ITPELNHILS ENEVKMTIMT GDIKGIMQAG KRSLRPQPTE LKYSWKAWGK AKMLSTELHN HTFLIDGPET AECPNTNRAW NSLEVEDYGF GVFTTNIWLK LKERQDVSCD SKLMSAAIKD NRAVHADMGY WIESALNDTW KIEKASFIEV KSCHWPKSHT LWSNGVLESE MIIPKNFAGP VSQHNYRPGY HTQTAGPWHL GRLEMDFDFC EGTTVVVTED CGNRGPSLRT TTASGKLITE WCCRSCTLPP LRYRGEDGCW YGMEIRPLKE KEENLVNSLV TA GENBANK: GENBANK: EU081177 |
-分子 #2: Fab 56.2 heavy chain
分子 | 名称: Fab 56.2 heavy chain / タイプ: other / ID: 2 / 詳細: heavy chain / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: ALEVQLQESG PGLVKPSQSL SFTWSVIGYS ITSGYYWKWI RQFSGNKLEW MGYIRYDGSN NYNPSLKNRI SIIRDTFKNQ FFLKLNFVTA GDTATYYCAN LYYYSSSPGW FPYWGQGTLV TVFAASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP VTVSWNSGAL ...文字列: ALEVQLQESG PGLVKPSQSL SFTWSVIGYS ITSGYYWKWI RQFSGNKLEW MGYIRYDGSN NYNPSLKNRI SIIRDTFKNQ FFLKLNFVTA GDTATYYCAN LYYYSSSPGW FPYWGQGTLV TVFAASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GPQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCD |
-分子 #3: Fab 56.2 light chain
分子 | 名称: Fab 56.2 light chain / タイプ: other / ID: 3 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: AELDIVMTQS PAIMSASLGE EITLTCSASS SVSYMHWYQQ KSGTSPKLLI YSTSNLASGV PSRFSGSGSG TFYSLTISSV EAEDAADYYC HQWSSWTFGG GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD ...文字列: AELDIVMTQS PAIMSASLGE EITLTCSASS SVSYMHWYQQ KSGTSPKLLI YSTSNLASGV PSRFSGSGSG TFYSLTISSV EAEDAADYYC HQWSSWTFGG GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD STYSLSSTLT LSKADYEKHK VYACEVTHQG LSLPVTKSFN RGEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.35 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 105000 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |