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万見
- EMDB-36405: A77636-bound hTAAR1-Gs protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36405
タイトルA77636-bound hTAAR1-Gs protein complex
マップデータ
試料
  • 複合体: hTAAR1-bound a77636 in complex with Gs heterotrimer
    • 複合体: Gs heterotrimer
      • タンパク質・ペプチド: mGs
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,Trace amine-associated receptor 1
    • 複合体: scFV16
      • タンパク質・ペプチド: scFV16
    • 複合体: A7736-bound hTAAR1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • リガンド: (1~{S},3~{R})-3-(1-adamantyl)-1-(aminomethyl)-3,4-dihydro-1~{H}-isochromene-5,6-diol
キーワードComplex / Agonist / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Amine ligand-binding receptors / trace-amine receptor activity / endomembrane system / electron transport chain / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors ...Amine ligand-binding receptors / trace-amine receptor activity / endomembrane system / electron transport chain / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / fibroblast proliferation / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / periplasmic space / Extra-nuclear estrogen signaling / electron transfer activity / cell population proliferation / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Trace amine associated receptor 1 / Trace amine associated receptor family / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain ...Trace amine associated receptor 1 / Trace amine associated receptor family / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Trace amine-associated receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Xu Z / Guo LL / Zhao C / Shen SY / Sun JP / Shao ZH
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31972916 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Ligand recognition and G-protein coupling of trace amine receptor TAAR1.
著者: Zheng Xu / Lulu Guo / Jingjing Yu / Siyuan Shen / Chao Wu / Weifeng Zhang / Chang Zhao / Yue Deng / Xiaowen Tian / Yuying Feng / Hanlin Hou / Lantian Su / Hongshuang Wang / Shuo Guo / Heli ...著者: Zheng Xu / Lulu Guo / Jingjing Yu / Siyuan Shen / Chao Wu / Weifeng Zhang / Chang Zhao / Yue Deng / Xiaowen Tian / Yuying Feng / Hanlin Hou / Lantian Su / Hongshuang Wang / Shuo Guo / Heli Wang / Kexin Wang / Peipei Chen / Jie Zhao / Xiaoyu Zhang / Xihao Yong / Lin Cheng / Lunxu Liu / Shengyong Yang / Fan Yang / Xiaohui Wang / Xiao Yu / Yunfei Xu / Jin-Peng Sun / Wei Yan / Zhenhua Shao /
要旨: Trace-amine-associated receptors (TAARs), a group of biogenic amine receptors, have essential roles in neurological and metabolic homeostasis. They recognize diverse endogenous trace amines and ...Trace-amine-associated receptors (TAARs), a group of biogenic amine receptors, have essential roles in neurological and metabolic homeostasis. They recognize diverse endogenous trace amines and subsequently activate a range of G-protein-subtype signalling pathways. Notably, TAAR1 has emerged as a promising therapeutic target for treating psychiatric disorders. However, the molecular mechanisms underlying its ability to recognize different ligands remain largely unclear. Here we present nine cryo-electron microscopy structures, with eight showing human and mouse TAAR1 in a complex with an array of ligands, including the endogenous 3-iodothyronamine, two antipsychotic agents, the psychoactive drug amphetamine and two identified catecholamine agonists, and one showing 5-HTR in a complex with an antipsychotic agent. These structures reveal a rigid consensus binding motif in TAAR1 that binds to endogenous trace amine stimuli and two extended binding pockets that accommodate diverse chemotypes. Combined with mutational analysis, functional assays and molecular dynamic simulations, we elucidate the structural basis of drug polypharmacology and identify the species-specific differences between human and mouse TAAR1. Our study provides insights into the mechanism of ligand recognition and G-protein selectivity by TAAR1, which may help in the discovery of ligands or therapeutic strategies for neurological and metabolic disorders.
履歴
登録2023年6月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月15日-
マップ公開2023年11月15日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36405.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36405.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 208 pix.
= 216.32 Å		1.04 Å/pix.
x 208 pix.
= 216.32 Å		1.04 Å/pix.
x 208 pix.
= 216.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-2.7564268 - 4.2091246
平均 (標準偏差)-0.005208006 (±0.09994787)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ208208208
Spacing208208208
セルA=B=C: 216.31999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36405_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36405_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : hTAAR1-bound a77636 in complex with Gs heterotrimer

全体名称: hTAAR1-bound a77636 in complex with Gs heterotrimer
要素
  • 複合体: hTAAR1-bound a77636 in complex with Gs heterotrimer
    • 複合体: Gs heterotrimer
      • タンパク質・ペプチド: mGs
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,Trace amine-associated receptor 1
    • 複合体: scFV16
      • タンパク質・ペプチド: scFV16
    • 複合体: A7736-bound hTAAR1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • リガンド: (1~{S},3~{R})-3-(1-adamantyl)-1-(aminomethyl)-3,4-dihydro-1~{H}-isochromene-5,6-diol

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超分子 #1: hTAAR1-bound a77636 in complex with Gs heterotrimer

超分子名称: hTAAR1-bound a77636 in complex with Gs heterotrimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3, #5, #4

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超分子 #2: Gs heterotrimer

超分子名称: Gs heterotrimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: scFV16

超分子名称: scFV16 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #4: A7736-bound hTAAR1

超分子名称: A7736-bound hTAAR1 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: mGs

分子名称: mGs / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.879465 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RATHRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RATHRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTSGIFETK FQVDKVNFHM FDVGAQRDER RKWIQCFNDV TAIIFVVDSS DYNRLQEALN DF KSIWNNR WLRTISVILF LNKQDLLAEK VLAGKSKIED YFPEFARYTT PEDATPEPGE DPRVTRAKYF IRDEFLRIST ASG DGRHYC YPHFTCSVDT ENARRIFNDC RDIIQRMHLR QYELL

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.141793 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHLEVLF QGPGSSGSEL DQLRQEAEQL KNQIRDARKA CADATLSQIT NNIDPVGRIQ MRTRRTLRGH LAKIYAMHWG TDSRLLVSA SQDGKLIIWD SYTTNKVHAI PLRSSWVMTC AYAPSGNYVA CGGLDNICSI YNLKTREGNV RVSRELAGHT G YLSCCRFL ...文字列:
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UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Soluble cytochrome b562,Trace amine-associated receptor 1

分子名称: Soluble cytochrome b562,Trace amine-associated receptor 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.128133 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDKHH HHHHHHHHEN LYFQGADLED NWETLNDNLK VIEKADNAAQ VKDALTKMRA AALDAQKATP PKLEDKSPDS PEMKDFRHG FDILVGQIDD ALKLANEGKV KEAQAAAEQL KTTRNAYIQK YLMMPFCHNI INISCVKNNW SNDVRASLYS L MVLIILTT ...文字列:
DYKDDDDKHH HHHHHHHHEN LYFQGADLED NWETLNDNLK VIEKADNAAQ VKDALTKMRA AALDAQKATP PKLEDKSPDS PEMKDFRHG FDILVGQIDD ALKLANEGKV KEAQAAAEQL KTTRNAYIQK YLMMPFCHNI INISCVKNNW SNDVRASLYS L MVLIILTT LVGNLIVIVS ISHFKQLHTP TNWLIHSMAT VDFLLGCLVM PYSMVRSAEH CWYFGEVFCK IHTSTDIMLS SA SIFHLSF ISIDRYYAVC DPLRYKAKMN ILVICVMIFI SWSVPAVFAF GMIFLELNFK GAEEIYYKHV HCRGGCSVFF SKI SGVLTF MTSFYIPGSI MLCVYYRIYL IAKEQARLIS DANQKLQIGL EMKNGISQSK ERKAVKTLGI VMGVFLICWC PFFI CTVMD PFLHYIIPPT LNDVLIWFGY LNSTFNPMVY AFFYPWFRKA LKMMLFGKIF QKDSSRCKLF LELSS

UniProtKB: Soluble cytochrome b562, Trace amine-associated receptor 1

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #5: scFV16

分子名称: scFV16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 28.66682 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGSSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGSSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAAENLYFQ GHHHHHHHH

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分子 #6: (1~{S},3~{R})-3-(1-adamantyl)-1-(aminomethyl)-3,4-dihydro-1~{H}-i...

分子名称: (1~{S},3~{R})-3-(1-adamantyl)-1-(aminomethyl)-3,4-dihydro-1~{H}-isochromene-5,6-diol
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: VRK
分子量理論値: 329.433 Da
Chemical component information

ChemComp-VRK:
(1~{S},3~{R})-3-(1-adamantyl)-1-(aminomethyl)-3,4-dihydro-1~{H}-isochromene-5,6-diol / (1S,3R)-3-(アダマンタン-1-イル)-1-(アミノメチル)-3,4-ジヒドロ-1H-2-ベンゾピラン-5,6(以下略)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 7933222
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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