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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36386 | |||||||||
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タイトル | membrane proteins | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | enzyme / acetylation / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase / heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase activity / MPS IIIC - Sanfilippo syndrome C / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / HS-GAG degradation / lysosomal transport / acyltransferase activity / tertiary granule membrane / specific granule membrane / lysosomal lumen ...heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase / heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase activity / MPS IIIC - Sanfilippo syndrome C / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / HS-GAG degradation / lysosomal transport / acyltransferase activity / tertiary granule membrane / specific granule membrane / lysosomal lumen / protein complex oligomerization / lysosomal membrane / Neutrophil degranulation / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Yu J / Ge JP / Xu RS | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: membrane proteins 著者: Yu J / Ge JP / Xu RS | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36386.map.gz | 230 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36386-v30.xml emd-36386.xml | 15.2 KB 15.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36386_fsc.xml | 13.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36386.png | 92.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36386.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_36386_half_map_1.map.gz emd_36386_half_map_2.map.gz | 226.1 MB 226.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36386 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36386 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36386.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36386_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36386_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : HGSNAT
+超分子 #1: HGSNAT
+分子 #1: Heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase
+分子 #3: ACETYL COENZYME *A
+分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #5: DODECANE
+分子 #6: N-OCTANE
+分子 #7: TETRADECANE
+分子 #8: CHOLESTEROL
+分子 #9: DECANE
+分子 #10: HEXADECANE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |