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- EMDB-36376: membrane proteins -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36376
タイトルmembrane proteins
マップデータ
試料
  • 複合体: HG
    • タンパク質・ペプチド: Heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: DODECANE
  • リガンド: N-OCTANE
  • リガンド: TETRADECANE
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: DECANE
  • リガンド: HEXADECANE
キーワードenzyme / acetylation / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase / heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase activity / MPS IIIC - Sanfilippo syndrome C / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / HS-GAG degradation / lysosomal transport / acyltransferase activity / protein complex oligomerization / tertiary granule membrane / specific granule membrane ...heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase / heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase activity / MPS IIIC - Sanfilippo syndrome C / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / HS-GAG degradation / lysosomal transport / acyltransferase activity / protein complex oligomerization / tertiary granule membrane / specific granule membrane / lysosomal lumen / lysosomal membrane / Neutrophil degranulation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase, catalytic domain / Heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase, catalytic
類似検索 - ドメイン・相同性
Heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Yu J / Ge JP / Ruisheng X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structure and mechanism of lysosome transmembrane acetylation by HGSNAT.
著者: Ruisheng Xu / Yingjie Ning / Fandong Ren / Chenxia Gu / Zhengjiang Zhu / Xuefang Pan / Alexey V Pshezhetsky / Jingpeng Ge / Jie Yu /
要旨: Lysosomal transmembrane acetylation of heparan sulfates (HS) is catalyzed by HS acetyl-CoA:α-glucosaminide N-acetyltransferase (HGSNAT), whose dysfunction leads to lysosomal storage diseases. The ...Lysosomal transmembrane acetylation of heparan sulfates (HS) is catalyzed by HS acetyl-CoA:α-glucosaminide N-acetyltransferase (HGSNAT), whose dysfunction leads to lysosomal storage diseases. The mechanism by which HGSNAT, the sole non-hydrolase enzyme in HS degradation, brings cytosolic acetyl-coenzyme A (Ac-CoA) and lysosomal HS together for N-acyltransferase reactions remains unclear. Here, we present cryogenic-electron microscopy structures of HGSNAT alone, complexed with Ac-CoA and with acetylated products. These structures explain that Ac-CoA binding from the cytosolic side causes dimeric HGSNAT to form a transmembrane tunnel. Within this tunnel, catalytic histidine and asparagine approach the lumen and instigate the transfer of the acetyl group from Ac-CoA to the glucosamine group of HS. Our study unveils a transmembrane acetylation mechanism that may help advance therapeutic strategies targeting lysosomal storage diseases.
履歴
登録2023年6月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月22日-
マップ公開2024年5月22日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36376.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36376.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-2.39387 - 3.325816
平均 (標準偏差)0.00021640444 (±0.04331885)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 332.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36376_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36376_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HG

全体名称: HG
要素
  • 複合体: HG
    • タンパク質・ペプチド: Heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: DODECANE
  • リガンド: N-OCTANE
  • リガンド: TETRADECANE
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: DECANE
  • リガンド: HEXADECANE

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超分子 #1: HG

超分子名称: HG / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase

分子名称: Heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 77.183992 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTGARASAAE QRRAGRSGQA RAAERAAGMS GAGRALAALL LAASVLSAAL LAPGGSSGRD AQAAPPRDLD KKRHAELKMD QALLLIHNE LLWTNLTVYW KSECCYHCLF QVLVNVPQSP KAGKPSAAAA SVSTQHGSIL QLNDTLEEKE VCRLEYRFGE F GNYSLLVK ...文字列:
MTGARASAAE QRRAGRSGQA RAAERAAGMS GAGRALAALL LAASVLSAAL LAPGGSSGRD AQAAPPRDLD KKRHAELKMD QALLLIHNE LLWTNLTVYW KSECCYHCLF QVLVNVPQSP KAGKPSAAAA SVSTQHGSIL QLNDTLEEKE VCRLEYRFGE F GNYSLLVK NIHNGVSEIA CDLAVNEDPV DSNLPVSIAF LIGLAVIIVI SFLRLLLSLD DFNNWISKAI SSRETDRLIN SE LGSPSRT DPLDGDVQPA TWRLSALPPR LRSVDTFRGI ALILMVFVNY GGGKYWYFKH ASWNGLTVAD LVFPWFVFIM GSS IFLSMT SILQRGCSKF RLLGKIAWRS FLLICIGIII VNPNYCLGPL SWDKVRIPGV LQRLGVTYFV VAVLELLFAK PVPE HCASE RSCLSLRDIT SSWPQWLLIL VLEGLWLGLT FLLPVPGCPT GYLGPGGIGD FGKYPNCTGG AAGYIDRLLL GDDHL YQHP SSAVLYHTEV AYDPEGILGT INSIVMAFLG VQAGKILLYY KARTKDILIR FTAWCCILGL ISVALTKVSE NEGFIP VNK NLWSLSYVTT LSSFAFFILL VLYPVVDVKG LWTGTPFFYP GMNSILVYVG HEVFENYFPF QWKLKDNQSH KEHLTQN IV ATALWVLIAY ILYRKKIFWK IGSGGGGSGG GGSGGGWSHP QFEKGGGSGG GSGGSAWSHP QFEK

UniProtKB: Heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #4: DODECANE

分子名称: DODECANE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: D12
分子量理論値: 170.335 Da
Chemical component information

ChemComp-D12:
DODECANE / ドデカン

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分子 #5: N-OCTANE

分子名称: N-OCTANE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 30 / 式: OCT
分子量理論値: 114.229 Da
Chemical component information

ChemComp-OCT:
N-OCTANE / オクタン

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分子 #6: TETRADECANE

分子名称: TETRADECANE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 24 / 式: C14
分子量理論値: 198.388 Da
Chemical component information

ChemComp-C14:
TETRADECANE / テトラデカン

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分子 #7: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #8: DECANE

分子名称: DECANE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: D10
分子量理論値: 142.282 Da
Chemical component information

ChemComp-D10:
DECANE / デカン

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分子 #9: HEXADECANE

分子名称: HEXADECANE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: R16
分子量理論値: 226.441 Da
Chemical component information

ChemComp-R16:
HEXADECANE / ヘキサデカン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 715945
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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