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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36376 | |||||||||
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タイトル | membrane proteins | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | enzyme / acetylation / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | : 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å | |||||||||
データ登録者 | Yu J / Ge JP / Ruisheng X | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: membrane proteins 著者: Yu J / Ge JP / Ruisheng X | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36376.map.gz | 229.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36376-v30.xml emd-36376.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36376_fsc.xml | 13.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36376.png | 92.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36376.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_36376_half_map_1.map.gz emd_36376_half_map_2.map.gz | 226.5 MB 226.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36376 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36376 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36376_validation.pdf.gz | 764.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36376_full_validation.pdf.gz | 764.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36376_validation.xml.gz | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36376_validation.cif.gz | 27.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36376 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36376 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36376.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36376_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36376_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : HG
全体 | 名称: HG |
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要素 |
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-超分子 #1: HG
超分子 | 名称: HG / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase
分子 | 名称: Heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ec: 2.3.1.78 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 77.183992 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MTGARASAAE QRRAGRSGQA RAAERAAGMS GAGRALAALL LAASVLSAAL LAPGGSSGRD AQAAPPRDLD KKRHAELKMD QALLLIHNE LLWTNLTVYW KSECCYHCLF QVLVNVPQSP KAGKPSAAAA SVSTQHGSIL QLNDTLEEKE VCRLEYRFGE F GNYSLLVK ...文字列: MTGARASAAE QRRAGRSGQA RAAERAAGMS GAGRALAALL LAASVLSAAL LAPGGSSGRD AQAAPPRDLD KKRHAELKMD QALLLIHNE LLWTNLTVYW KSECCYHCLF QVLVNVPQSP KAGKPSAAAA SVSTQHGSIL QLNDTLEEKE VCRLEYRFGE F GNYSLLVK NIHNGVSEIA CDLAVNEDPV DSNLPVSIAF LIGLAVIIVI SFLRLLLSLD DFNNWISKAI SSRETDRLIN SE LGSPSRT DPLDGDVQPA TWRLSALPPR LRSVDTFRGI ALILMVFVNY GGGKYWYFKH ASWNGLTVAD LVFPWFVFIM GSS IFLSMT SILQRGCSKF RLLGKIAWRS FLLICIGIII VNPNYCLGPL SWDKVRIPGV LQRLGVTYFV VAVLELLFAK PVPE HCASE RSCLSLRDIT SSWPQWLLIL VLEGLWLGLT FLLPVPGCPT GYLGPGGIGD FGKYPNCTGG AAGYIDRLLL GDDHL YQHP SSAVLYHTEV AYDPEGILGT INSIVMAFLG VQAGKILLYY KARTKDILIR FTAWCCILGL ISVALTKVSE NEGFIP VNK NLWSLSYVTT LSSFAFFILL VLYPVVDVKG LWTGTPFFYP GMNSILVYVG HEVFENYFPF QWKLKDNQSH KEHLTQN IV ATALWVLIAY ILYRKKIFWK IGSGGGGSGG GGSGGGWSHP QFEKGGGSGG GSGGSAWSHP QFEK UniProtKB: UNIPROTKB: Q68CP4 |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #4: DODECANE
分子 | 名称: DODECANE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: D12 |
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分子量 | 理論値: 170.335 Da |
Chemical component information | ChemComp-D12: |
-分子 #5: N-OCTANE
分子 | 名称: N-OCTANE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 30 / 式: OCT |
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分子量 | 理論値: 114.229 Da |
Chemical component information | ChemComp-OCT: |
-分子 #6: TETRADECANE
分子 | 名称: TETRADECANE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 24 / 式: C14 |
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分子量 | 理論値: 198.388 Da |
Chemical component information | ChemComp-C14: |
-分子 #7: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ChemComp-CLR: |
-分子 #8: DECANE
分子 | 名称: DECANE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: D10 |
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分子量 | 理論値: 142.282 Da |
Chemical component information | ChemComp-D10: |
-分子 #9: HEXADECANE
分子 | 名称: HEXADECANE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: R16 |
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分子量 | 理論値: 226.441 Da |
Chemical component information | ChemComp-R16: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |