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- EMDB-36370: AfsR(T337A) transcription activation complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36370
タイトルAfsR(T337A) transcription activation complex
マップデータ
試料
  • 複合体: AfsR(T337A)-dependent transcription activation complex with afsS promoter
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 2種
キーワードRNA polymerase / SARP regulator / gene regulation / TRANSCRIPTION / GENE REGULATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pigment binding / bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / phosphorelay signal transduction system / sigma factor activity / rRNA transcription / antibiotic biosynthetic process / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / ADP binding ...pigment binding / bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / phosphorelay signal transduction system / sigma factor activity / rRNA transcription / antibiotic biosynthetic process / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / ADP binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial transcriptional activator domain / Bacterial transcriptional activator domain / Bacterial transcriptional activator domain / : / CarD, C-terminal domain / CarD-like, C-terminal domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain ...Bacterial transcriptional activator domain / Bacterial transcriptional activator domain / Bacterial transcriptional activator domain / : / CarD, C-terminal domain / CarD-like, C-terminal domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain / Tetratricopeptide repeat / NB-ARC / NB-ARC domain / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Tetratricopeptide repeat / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / TPR repeat region circular profile. / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase principal sigma factor HrdB / Regulatory protein AfsR / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / Transcriptional factor regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å
データ登録者Wang Y / Zheng J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070040 中国
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2024
タイトル: Structural and functional characterization of AfsR, an SARP family transcriptional activator of antibiotic biosynthesis in Streptomyces.
著者: Yiqun Wang / Xu Yang / Feng Yu / Zixin Deng / Shuangjun Lin / Jianting Zheng /
要旨: Streptomyces antibiotic regulatory proteins (SARPs) are widely distributed activators of antibiotic biosynthesis. Streptomyces coelicolor AfsR is an SARP regulator with an additional nucleotide- ...Streptomyces antibiotic regulatory proteins (SARPs) are widely distributed activators of antibiotic biosynthesis. Streptomyces coelicolor AfsR is an SARP regulator with an additional nucleotide-binding oligomerization domain (NOD) and a tetratricopeptide repeat (TPR) domain. Here, we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures and in vitro assays to demonstrate how the SARP domain activates transcription and how it is modulated by NOD and TPR domains. The structures of transcription initiation complexes (TICs) show that the SARP domain forms a side-by-side dimer to simultaneously engage the afs box overlapping the -35 element and the σHrdB region 4 (R4), resembling a sigma adaptation mechanism. The SARP extensively interacts with the subunits of the RNA polymerase (RNAP) core enzyme including the β-flap tip helix (FTH), the β' zinc-binding domain (ZBD), and the highly flexible C-terminal domain of the α subunit (αCTD). Transcription assays of full-length AfsR and truncated proteins reveal the inhibitory effect of NOD and TPR on SARP transcription activation, which can be eliminated by ATP binding. In vitro phosphorylation hardly affects transcription activation of AfsR, but counteracts the disinhibition of ATP binding. Overall, our results present a detailed molecular view of how AfsR serves to activate transcription.
履歴
登録2023年6月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月14日-
マップ公開2024年2月14日-
更新2024年4月3日-
現状2024年4月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36370.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36370.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.81262636 - 1.5883764
平均 (標準偏差)0.0012577267 (±0.0220883)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 436.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_36370_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_36370_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36370_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AfsR(T337A)-dependent transcription activation complex with afsS ...

全体名称: AfsR(T337A)-dependent transcription activation complex with afsS promoter
要素
  • 複合体: AfsR(T337A)-dependent transcription activation complex with afsS promoter
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase principal sigma factor HrdB
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase-binding protein RbpA
    • タンパク質・ペプチド: Putative transcriptional factor regulator
    • タンパク質・ペプチド: Regulatory protein AfsR
    • DNA: DNA(65-MER)
    • DNA: DNA(65-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: AfsR(T337A)-dependent transcription activation complex with afsS ...

超分子名称: AfsR(T337A)-dependent transcription activation complex with afsS promoter
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
分子量理論値: 700 KDa

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
分子量理論値: 36.734641 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLIAQRPSLT EEVVDEFRSR FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTDLILNI KQLVVSSEH DEPVVMYLRK QGPGLVTAAD IAPPAGVEVH NPDLVLATLN GKGKLEMELT VERGRGYVSA VQNKQVGQEI G RIPVDSIY ...文字列:
MLIAQRPSLT EEVVDEFRSR FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTDLILNI KQLVVSSEH DEPVVMYLRK QGPGLVTAAD IAPPAGVEVH NPDLVLATLN GKGKLEMELT VERGRGYVSA VQNKQVGQEI G RIPVDSIY SPVLKVTYKV EATRVEQRTD FDKLIVDVET KQAMRPRDAM ASAGKTLVEL FGLARELNID AEGIDMGPSP TD AALAADL ALPIEELELT VRSYNCLKRE GIHSVGELVA RSEADLLDIR NFGAKSIDEV KAKLAGMGLA LKDSPPGFDP TAA ADAFGA DDDADAGFVE TEQY

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
分子量理論値: 128.644945 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAASRNASTA NTNNAASTAP LRISFAKIKE PLEVPNLLAL QTESFDWLLG NDAWKARVES ALESGQDVPT KSGLEEIFEE ISPIEDFSG SMSLTFRDHR FEPPKNSIDE CKDRDFTYAA PLFVTAEFTN NETGEIKSQT VFMGDFPLMT NKGTFVINGT E RVVVSQLV ...文字列:
MAASRNASTA NTNNAASTAP LRISFAKIKE PLEVPNLLAL QTESFDWLLG NDAWKARVES ALESGQDVPT KSGLEEIFEE ISPIEDFSG SMSLTFRDHR FEPPKNSIDE CKDRDFTYAA PLFVTAEFTN NETGEIKSQT VFMGDFPLMT NKGTFVINGT E RVVVSQLV RSPGVYFDSS IDKTSDKDIF SAKIIPSRGA WLEMEIDKRD MVGVRIDRKR KQSVTVLLKA LGWTTEQILE EF GEYESMR ATLEKDHTQG QDDALLDIYR KLRPGEPPTR EAAQTLLENL YFNPKRYDLA KVGRYKVNKK LGADEPLDAG VLT TDDVIA TIKYLVKLHA GETETVGESG REIVVETDDI DHFGNRRIRN VGELIQNQVR TGLARMERVV RERMTTQDVE AITP QTLIN IRPVVASIKE FFGTSQLSQF MDQNNPLSGL THKRRLNALG PGGLSRERAG FEVRDVHPSH YGRMCPIETP EGPNI GLIG SLASYGRINP FGFIETPYRK VVEGQVTDDV DYLTADEEDR FVIAQANAAL GDDMRFAEAR VLVRRRGGEV DYVPGD DVD YMDVSPRQMV SVATAMIPFL EHDDANRALM GANMMRQAVP LIKSESPLVG TGMEYRSAAD AGDVVKAEKA GVVQEVS AD YITTTNDDGT YITYRLAKFS RSNQGTSVNQ KVIVAEGDRI IEGQVLADGP ATENGEMALG KNLLVAFMPW EGHNYEDA I ILSQRLVQDD VLSSIHIEEH EVDARDTKLG PEEITRDIPN VSEEVLADLD ERGIIRIGAE VVAGDILVGK VTPKGETEL TPEERLLRAI FGEKAREVRD TSLKVPHGEI GKVIGVRVFD REEGDELPPG VNQLVRVYVA QKRKITDGDK LAGRHGNKGV ISKINPIED MPFLEDGTPV DIILNPLAVP SRMNPGQVLE IHLGWLASRG WDVSGLAEEW AQRLQVIGAD KVEPGTNVAT P VFDGARED ELAGLLQHTI PNRDGERMVL PSGKARLFDG RSGEPFPEPI SVGYMYILKL HHLVDDKLHA RSTGPYSMIT QQ PLGGKAQ FGGQRFGEME VWALEAYGAA YALQELLTIK SDDVTGRVKV YEAIVKGENI PEPGIPESFK VLIKEMQSLC LNV EVLSSD GMSIEMRDTD EDVFRAAEEL GIDLSRREPS SVEEV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
分子量理論値: 145.912219 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MLDVNFFDEL RIGLATADDI RQWSHGEVKK PETINYRTLK PEKDGLFCEK IFGPTRDWEC YCGKYKRVRF KGIICERCGV EVTRAKVRR ERMGHIELAA PVTHIWYFKG VPSRLGYLLD LAPKDLEKVI YFAAYMITFV DEERRTRDLP SLEAHVSVER Q QIEQRRDS ...文字列:
MLDVNFFDEL RIGLATADDI RQWSHGEVKK PETINYRTLK PEKDGLFCEK IFGPTRDWEC YCGKYKRVRF KGIICERCGV EVTRAKVRR ERMGHIELAA PVTHIWYFKG VPSRLGYLLD LAPKDLEKVI YFAAYMITFV DEERRTRDLP SLEAHVSVER Q QIEQRRDS DLEARAKKLE TDLAELEAEG AKADVRRKVR EGAEREMKQL RDRAQREIDR LDEVWNRFKN LKVQDLEGDE LL YRELRDR FGTYFDGSMG AAALQKRLES FDLDEEAERL REIIRTGKGQ KKTRALKRLK VVSAFLQTSN SPKGMVLDCV PVI PPDLRP MVQLDGGRFA TSDLNDLYRR VINRNNRLKR LLDLGAPEII VNNEKRMLQE AVDALFDNGR RGRPVTGPGN RPLK SLSDM LKGKQGRFRQ NLLGKRVDYS ARSVIVVGPQ LKLHQCGLPK AMALELFKPF VMKRLVDLNH AQNIKSAKRM VERGR TVVY DVLEEVIAEH PVLLNRAPTL HRLGIQAFEP QLVEGKAIQI HPLVCTAFNA DFDGDQMAVH LPLSAEAQAE ARILML SSN NILKPADGRP VTMPTQDMVL GLFFLTTDSE GRSPKGEGRA FGSSAEAIMA FDAGDLTLQA KIDIRFPVGT IPPRGFE PP AREEGEPEWQ QGDTFTLKTT LGRALFNELL PEDYPFVDYE VGKKQLSEIV NDLAERYPKV IVAATLDNLK AAGFFWAT R SGVTVAISDI VVPDAKKEIV KGYEGQDEKV QKQYERGLIT KEERTQELIA IWTKATNEVA EAMNDNFPKT NPVSMMVNS GARGNMMQMR QIAGMRGLVS NAKNETIPRP IKASFREGLS VLEYFISTHG ARKGLADTAL RTADSGYLTR RLVDVSQDVI IREEDCGTE RGLKLPIATR DADGTLRKAE DVETSVYARM LAEDVVIDGK VIAPANVDLG DVLIDALVAH GVEEVKTRSI L TCESQVGT CAMCYGRSLA TGKLVDIGEA VGIIAAQSIG EPGTQLTMRT FHTGGVAGDD ITQGLPRVVE LFEARTPKGV AP ISEASGR VRIEETEKTK KIVVTPDDGS DETAFPISKR ARLLVGEGDH VEVGQKLTVG ATNPHDVLRI LGQRAVQVHL VGE VQKVYN SQGVSIHDKH IEIIIRQMLR RVTIIESGDA ELLPGELVER TKFETENRRV VQEGGHPASG RPQLMGITKA SLAT ESWLS AASFQETTRV LTDAAINAKS DSLIGLKENV IIGKLIPAGT GLSRYRNIRV EPTEEAKAAM YSAVGYDDID YSPFG TGSG QAVPLEDYDY GPYNQHHHHH HHH

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
分子量理論値: 9.716941 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSSSISAPEG IINPPIDELL EATDSKYSLV IYAAKRARQI NAYYSQLGEG LLEYVGPLVD THVHEKPLSI ALREINAGLL TSEAIEGPA Q

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #5: RNA polymerase principal sigma factor HrdB

分子名称: RNA polymerase principal sigma factor HrdB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
分子量理論値: 58.188953 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MSASTSRTLP PEIAESVSVM ALIERGKAEG QIAGDDVRRA FEADQIPATQ WKNVLRSLNQ ILEEEGVTL MVSAAEPKRT RKSVAAKSPA KRTATKAVAA KPVTSRKATA PAAPAAPATE PAAVEEEAPA KKAAAKKTTA K KATAKKTT ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MSASTSRTLP PEIAESVSVM ALIERGKAEG QIAGDDVRRA FEADQIPATQ WKNVLRSLNQ ILEEEGVTL MVSAAEPKRT RKSVAAKSPA KRTATKAVAA KPVTSRKATA PAAPAAPATE PAAVEEEAPA KKAAAKKTTA K KATAKKTT AKKAAAKKTT AKKEDGELLE DEATEEPKAA TEEPEGTENA GFVLSDEDED DAPAQQVAAA GATADPVKDY LK QIGKVPL LNAEQEVELA KRIEAGLFAE DKLANSDKLA PKLKRELEII AEDGRRAKNH LLEANLRLVV SLAKRYTGRG MLF LDLIQE GNLGLIRAVE KFDYTKGYKF STYATWWIRQ AITRAMADQA RTIRIPVHMV EVINKLARVQ RQMLQDLGRE PTPE ELAKE LDMTPEKVIE VQKYGREPIS LHTPLGEDGD SEFGDLIEDS EAVVPADAVS FTLLQEQLHS VLDTLSEREA GVVSM RFGL TDGQPKTLDE IGKVYGVTRE RIRQIESKTM SKLRHPSRSQ VLRDYLD

UniProtKB: RNA polymerase principal sigma factor HrdB

+
分子 #6: RNA polymerase-binding protein RbpA

分子名称: RNA polymerase-binding protein RbpA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
分子量理論値: 14.146094 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSERALRGTR LVVTSYETDR GIDLAPRQAV EYACEKGHRF EMPFSVEAEI PPEWECKVCG AQALLVDGDG PEEKKAKPAR THWDMLMER RTREELEEVL EERLAVLRSG AMNIAVHPRD SRKSA

+
分子 #7: Putative transcriptional factor regulator

分子名称: Putative transcriptional factor regulator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
分子量理論値: 17.855338 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MTFKVGDTVV YPHHGAALIE AIETRQIKGV DKTYLVLKVA QGDLTVRVPA DNAEFVGVRD VVGQDGLDRV FEVLRAPYAE EPTNWSRRY KANLEKLASG DVIKVAEVVR DLWRRERERG LSAGEKRMLA KARQILVSEL ALAENTNEDK AEALLDEVLA S

UniProtKB: Transcriptional factor regulator

+
分子 #8: Regulatory protein AfsR

分子名称: Regulatory protein AfsR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
分子量理論値: 107.98393 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MDGGPRVPEQ RRPGFPAEEE ESGALRFGVL GPVRAWRDGE TLATGSPQQR ALLAALLLRE GRTATAGEL IDALWGEEPP SQALAAVRTY ASRLRKVLDP GVLVSESGGY AVRGLAEGAL DLARAQDLAS AAEKARSAGD L CHARDLLR ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MDGGPRVPEQ RRPGFPAEEE ESGALRFGVL GPVRAWRDGE TLATGSPQQR ALLAALLLRE GRTATAGEL IDALWGEEPP SQALAAVRTY ASRLRKVLDP GVLVSESGGY AVRGLAEGAL DLARAQDLAS AAEKARSAGD L CHARDLLR RALDLWDGEV LAGVPGPYAQ TQRVRLGEWR LQLLETRLDM DLDQGCHAEA VSELTALTAA HPLRERLREL LM LALYRSG RQAEALAVYA DTRRLLADEL GVDPRPGLQE LQQRILQADP ALAELSAATA ETATATLRPA QLPATVSDFT GRA AFVREL SDVLSAASGE SASGRVMAVS ALAGIGGVGK ATLAVHVAHR ARAAFPDGQL YVDLQGAGAR PAEPETVLGS FLRA LGTAD SAIPDSLEER AALYRSVLDG RRVLVLLDNA RDAAQVRPLL PGTDGCAALV TARVRMVDLA GAHLVDLDVM APEEA LALF TKIVGEERVA SERQAALDVV GACGFLPLAI RIAASRLAAR RTWTVSVLAA KLADERRRLD ELQAGDQAVE ATFELG YGQ LEPAQARAFR LLGLADGPDI SLAAAAAVLD LPAQDTEDLL ESLVDTSLLE SAAPGRYRFH DLVRLYARAC AERTERD GN APSERGAALS RLLDFYLATA AGVYAIERPG DRLVDGLEPT EYPGLTFTEG SAALDWLYTE AAPLLACVRQ SAGTARLR R AVDLLWAAKD LTESGANSHQ YEATARAMCD ATGSAADTRA EGRARTVLSD VLLVSGRIEH AEEEARLAMR LAGSAEDSA AVSWVANNRG LVCLHQRRYA EGKGLFHQAI AGFRATDNRA GEASALSNLS RAQLGMGNVA EAVDIARQGL AVYAELGRTM RLANGHFAL GVALTRAGRH EEALGEFAEA LDLFGDHRQR LWEGATNFRL AEVHLAAGRP SSAAQHAEQA LALGCIGGDR M RGNVLALL GRALSALGQA DRARACWREA LSLYEQHDAQ EVGEVRALLA RSVAR

UniProtKB: Regulatory protein AfsR

+
分子 #9: DNA(65-MER)

分子名称: DNA(65-MER) / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
分子量理論値: 19.863656 KDa
配列文字列: (DG)(DT)(DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC) (DA) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC) ...文字列:
(DG)(DT)(DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC) (DA) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC) (DC)(DG) (DT)(DC)(DG)(DC)(DA)

+
分子 #10: DNA(65-MER)

分子名称: DNA(65-MER) / タイプ: dna / ID: 10 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
分子量理論値: 20.086846 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC) (DT)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DA) ...文字列:
(DT)(DG)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC) (DT)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC) (DC)(DG) (DG)(DC)(DT)(DA)(DC)

+
分子 #11: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #12: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTRISTRIS
50.0 mMKClKCl
3.0 mMDTTDTT
5.0 mMMgCl2MgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 193644
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 45208
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8jke:
AfsR(T337A) transcription activation complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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