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- EMDB-36357: The cryo-EM structure of 30-40 nm group Parvovirus from lamellae ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36357
タイトルThe cryo-EM structure of 30-40 nm group Parvovirus from lamellae surface milled by 8 keV Ga+ FIB at 3.60 Angstrom resolution.
マップデータCryoEM structure of 30-40 nm group parvovirus from lamellae surface milled by 8 keV Ga FIB. Block-based reconstruction.
試料
  • ウイルス: Protoparvovirus (ウイルス)
キーワードicosahedral / VIRUS LIKE PARTICLE
生物種Protoparvovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Yang Q / Zhang XZ
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930069 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32150010 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: The reduction of FIB damage on cryo-lamella by lowering energy of ion beam revealed by a quantitative analysis.
著者: Qi Yang / Chunling Wu / Dongjie Zhu / Junxi Li / Jing Cheng / Xinzheng Zhang /
要旨: Focused ion beam (FIB) is widely used for thinning frozen cells to produce lamellae for cryo-electron microscopy imaging and for protein structures study in vivo. However, FIB damages the lamellae ...Focused ion beam (FIB) is widely used for thinning frozen cells to produce lamellae for cryo-electron microscopy imaging and for protein structures study in vivo. However, FIB damages the lamellae and a quantitative experimental analysis of the damage is lacking. We used a 30-keV gallium FIB to prepare lamellae of a highly concentrated icosahedral virus sample. The viruses were grouped according to their distance from the surface of lamellae and reconstructed. Damage to the approximately 20-nm-thick outermost lamella surface was similar to that from exposure to 16 e/Å in a 300-kV cryo-electron microscope at high-resolution range. The damage was negligible at a depth beyond 50 nm, which was reduced to 30 nm if 8-keV Ga was used during polishing. We designed extra steps in the reconstruction refinement to maximize undamaged signals and increase the resolution. The results demonstrated that low-energy beam polishing was essential for high-quality thinner lamellae.
履歴
登録2023年5月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月26日-
マップ公開2023年7月26日-
更新2023年10月18日-
現状2023年10月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36357.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36357.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM structure of 30-40 nm group parvovirus from lamellae surface milled by 8 keV Ga FIB. Block-based reconstruction.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0225
最小 - 最大-0.060104236 - 0.10394298
平均 (標準偏差)-0.0002532457 (±0.0071223737)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 486.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 2 of 30-40 nm group parvovirus...

ファイルemd_36357_half_map_1.map
注釈Half map 2 of 30-40 nm group parvovirus from lamellae surface milled by 8 keV Ga FIB. Block-based reconstruction.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 of 30-40 nm group parvovirus...

ファイルemd_36357_half_map_2.map
注釈Half map 1 of 30-40 nm group parvovirus from lamellae surface milled by 8 keV Ga FIB. Block-based reconstruction.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Protoparvovirus

全体名称: Protoparvovirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Protoparvovirus (ウイルス)

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超分子 #1: Protoparvovirus

超分子名称: Protoparvovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 1506574 / 生物種: Protoparvovirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Initial model generated by RELION.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 詳細: Block-based reconstruction. / 使用した粒子像数: 60000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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