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- EMDB-36332: Atomic structure of wheat ribosome reveals unique features of the... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36332
タイトルAtomic structure of wheat ribosome reveals unique features of the plant ribosomes
マップデータ
試料
  • 複合体: The large subunit of wheat Ribosome
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 32種
  • リガンド: x 3種
キーワードProtein Synthesis Machinery / Eukaryotic Ribosome / Plant / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of translational frameshifting / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / protein kinase C binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / rRNA processing ...negative regulation of translational frameshifting / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / protein kinase C binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / rRNA processing / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily ...40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / 40S Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein S7e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / : / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S29 / 40S ribosomal protein S17 / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S16 / 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS10 domain-containing protein ...40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S29 / 40S ribosomal protein S17 / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S16 / 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS10 domain-containing protein / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S15 / S5 DRBM domain-containing protein / 40S ribosomal protein S24 / Small ribosomal subunit protein uS17 N-terminal domain-containing protein / 40S ribosomal protein S30 / 30S ribosomal protein S11, chloroplastic / 40S ribosomal protein S18 / Small ribosomal subunit protein uS8c / Small ribosomal subunit protein eS32 / 40S ribosomal protein S7 / Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein / 40S ribosomal protein S6 / Small ribosomal subunit protein uS7c / 40S ribosomal protein S28 / 40S ribosomal protein S21 / 30S ribosomal protein S4, chloroplastic / 40S ribosomal protein S23 / 40S ribosomal protein S19 / 40S ribosomal protein S27 / Small ribosomal subunit protein uS15 N-terminal domain-containing protein / 30S ribosomal protein S3, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Mishra RK / Sharma P / Hussain T
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of wheat ribosome reveals unique features of the plant ribosomes.
著者: Rishi Kumar Mishra / Prafful Sharma / Faisal Tarique Khaja / Adwaith B Uday / Tanweer Hussain /
要旨: Plants being sessile organisms exhibit unique features in ribosomes, which might aid in rapid gene expression and regulation in response to varying environmental conditions. Here, we present high- ...Plants being sessile organisms exhibit unique features in ribosomes, which might aid in rapid gene expression and regulation in response to varying environmental conditions. Here, we present high-resolution structures of the 60S and 80S ribosomes from wheat, a monocot staple crop plant (Triticum aestivum). While plant ribosomes have unique plant-specific rRNA modification (Cm1847) in the peptide exit tunnel (PET), the zinc-finger motif in eL34 is absent, and uL4 is extended, making an exclusive interaction network. We note differences in the eL15-helix 11 (25S) interaction, eL6-ES7 assembly, and certain rRNA chemical modifications between monocot and dicot ribosomes. In eukaryotes, we observe highly conserved rRNA modification (Gm75) in 5.8S rRNA and a flipped base (G1506) in PET. These features are likely involved in sensing or stabilizing nascent chain. Finally, we discuss the importance of the universal conservation of three consecutive rRNA modifications in all ribosomes for their interaction with A-site aminoacyl-tRNA.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography
著者: Uday AB / Khaja FT
履歴
登録2023年5月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月27日-
マップ公開2024年3月27日-
更新2025年2月12日-
現状2025年2月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36332.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36332.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 420 pix.
= 449.4 Å		1.07 Å/pix.
x 420 pix.
= 449.4 Å		1.07 Å/pix.
x 420 pix.
= 449.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-1.8460649 - 4.5529623
平均 (標準偏差)-0.004265758 (±0.11922515)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 449.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36332_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_36332_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The large subunit of wheat Ribosome

全体名称: The large subunit of wheat Ribosome
要素
  • 複合体: The large subunit of wheat Ribosome
    • RNA: 18S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein SA
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S3a
    • タンパク質・ペプチド: S5 DRBM domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S11 N-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S13/S15 N-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S21
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S23
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S24
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S26
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S27
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S30
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L41
    • タンパク質・ペプチド: KH type-2 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S7 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Plectin/S10 N-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S10 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S28
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S29
    • タンパク質・ペプチド: Mitogen-activated protein kinase
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S25
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: The large subunit of wheat Ribosome

超分子名称: The large subunit of wheat Ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#33
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)

+
分子 #1: 18S rRNA

分子名称: 18S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 584.3755 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAU(A2M)UG CUUGUCU(OMC)AA AGAUUAAGCC AUGCAUGUGC AAGUAUGAAC CA AUUUGAA CUGUGAAACU GCGAAUGGCU CAU(PSU)AAAUCA G(PSU)UAUAGUUU G(PSU)U(OMU)GAUGGU ACGUGCU AC UCGGAUAACC ...文字列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAU(A2M)UG CUUGUCU(OMC)AA AGAUUAAGCC AUGCAUGUGC AAGUAUGAAC CA AUUUGAA CUGUGAAACU GCGAAUGGCU CAU(PSU)AAAUCA G(PSU)UAUAGUUU G(PSU)U(OMU)GAUGGU ACGUGCU AC UCGGAUAACC GUAGUAAUUC UAG(A2M)GCUAAU ACGUGCAACA AACCCCGACU UCUGGGAGGG GCGCAUUUA(PSU) UAGAUAAAA GGCUGACGCG GGCUCUGCUC GCUGAUCC(OMG)A UGAUUCA(PSU)GA (PSU)AACUCGACG GAUCGCACG GCCUUCGUGC CGGCGACGCA UCA(PSU)UCAAA(PSU) UUCUGCCCUA UCAACUUUCG AUGGUAGGAU AGGGGCCUAC CA UGGUGGU GACGGG(PSU)GAC GGAGAAUUAG GGUUCGA(PSU)UC CGGAGA(OMG)GGA GCCUGAGAAA CGGCUACCAC A U(OMC)CAAGGA AGGCAGCAGG CGCGC(A2M)AAUU ACCCAA(PSU)CCU GACACGGGGA GGU(A2M)GUGA(OMC)A AU AAAUAAC AAUACCGGGC GCAUUAGUGU CUGGUAAUUG GAAUGAGUAC AAUCUAAAUC CCUUAACGAG G(A2M)UCCAUUG GAGGGCAAGU CUGGUGCCAG CAGCCGCGGU AA(PSU)UCCAGCU CCAAUA(OMG)CGU AUA(PSU)UUAAGU UG(OMU)U GCAGU U(A2M)AAAAGCUC GUAG(PSU)UGGAC CUUGGGCCGG GUCGGCCGGU CCGCCUCACG GCGAGCACCG ACCUACU CG ACCCUUCGGC CGGCAUCGCG CUCCUAGCCU UAAUUGGCCG GGUCGUGUUU CCGGCAUCGU UACU(PSU)UGAAG AAA (PSU)UAGAG UGCUCAAAGC AAGCCAUCGC UCUGGAU(A2M)CA UU(A2M)GCAUGGG A(PSU)AACAUCAU AGGAUUCC G GUCCUAUUGU GUUGGCCUUC GGGAUCGGAG UAAUGAUUAA UAGGGACAGU CGGGGGCAUU CGUAUUUCAU AGUCAGAGG UGAAAU(PSU)CUU GGAUUUAUGA AAGACGAACA ACUGCGAAAG CAU(PSU)(PSU)GCCAA GGAUGUUUUC AUUAAUCA A GA(A2M)CGAAAGU UGGGGGCUCG AAGACGA(PSU)CA GAUACCG(OMU)CC UAGUCUCAAC CA(PSU)AAACGAU GCC GACCAG GGAUCGGCGG AUGUUGCUUA UAGGACUCCG CCGGCACCUU AUGAGAAAUC AAAGUCUUUG GG(PSU)UCCGGGG GGAGUA(PSU)GG UCGCAAGGCU GAAACUUAAA GGAAUUGACG GAAGGGCACC ACCAGGCGUG GAGCCUGCGG CUUAAUU UG ACUCAACACG GGGAAACUUA CCAGGUCCAG ACAUAGCAAG GAUUGACAGA CUGAGAGCUC UUUCUUGAUU CUAUGGGU G GUGGUGCAUG GCCGUUCUUA GUUGGUGGAG CGAUUUGUCU GGUUAAUUCC GUUAACGAAC GAGACCUCAG CCUGCUAAC UAGCUAUGCG GAGCCAUCCC UCCGCAGCUA GCUUCUUAGA GGGACUAUCG CCGUUUAGGC GACGGAAGUU UGAGGCAAUA ACAGGUCUG UGAUGCCCUU AGAUGUUCUG GGCCGCACGC GCGCUACACU GAUGUAUUCA ACGAGUAUAU AGCCUUGGCC G ACAGGCCC GGGUAAUCUU GGGAAAUUUC AUCGUGAUGG GGAUAGAUCA UUGCAAUUGU UGGUCUUCAA CGAGGAAUGC CU AGUAAGC GCGAGUCAUC AGCUCGCGUU GACUACGUCC CUGCCCUUUG UACACACCG(OMC) CCGUCGCUCC UACCGAUUG AAUGGUCCGG UGAAGUGUUC GGAUCGCGGC GACGGGGGCG GUUCGCCGCC CCCGACGUCG CGAGAAGUCC AUUGAACCUU AUCAUUUAG AGGA(A2M)GGAGA AGUCGUAACA AGGUUUCCGU AGGUG(MA6)(MA6)CCU GCGGAAGGAU CAUUG

GENBANK: GENBANK: XR_006452643.1

+
分子 #2: 40S ribosomal protein SA

分子名称: 40S ribosomal protein SA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 32.926117 KDa
配列文字列: MAAEGGGVRA LSQREQDIQM MLAADVHLGT KNCDFQMERY VYKRRTDGIY IINLGKTWEK LQMAARVIVA IENPQDIIVQ SARPYGQRA VLKFAQYTGA NAIAGRHTPG TFTNQMQTSF SEPRLLILTD PRTDHQPIKE SALGNIPTIA FCDTDSPMRY V DIGIPANN ...文字列:
MAAEGGGVRA LSQREQDIQM MLAADVHLGT KNCDFQMERY VYKRRTDGIY IINLGKTWEK LQMAARVIVA IENPQDIIVQ SARPYGQRA VLKFAQYTGA NAIAGRHTPG TFTNQMQTSF SEPRLLILTD PRTDHQPIKE SALGNIPTIA FCDTDSPMRY V DIGIPANN KGKQSIGCLF WLLARMVLQM RGTILPGHKW EIMVDLFFYR DPEEAKELEE DEALGAPEYA AVAEYTAPAG DT WGAEWPG AAAPAAAVEA PAGAEWTGAP APAADGWDAV AAPAPTGWEQ GSAPAPAAAP AATPNWE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #3: 40S ribosomal protein S3a

分子名称: 40S ribosomal protein S3a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 30.043955 KDa
配列文字列: MAVGKNKRIS KGRKGSKKKA VDPFTKKQWY DIKAPLLFTS RNVGKTLVSR TQGTKIASEG LKHRVFEVSL ADLQNDEDQA YRKIRLRAE DVQGMNVLTN FWGMDFTTDK LRSLVRKWQT LIEAHVDVKT TDNYMLRMFA IGFTKRRPNQ VKRTCYAQAS Q IRQIRRKM ...文字列:
MAVGKNKRIS KGRKGSKKKA VDPFTKKQWY DIKAPLLFTS RNVGKTLVSR TQGTKIASEG LKHRVFEVSL ADLQNDEDQA YRKIRLRAE DVQGMNVLTN FWGMDFTTDK LRSLVRKWQT LIEAHVDVKT TDNYMLRMFA IGFTKRRPNQ VKRTCYAQAS Q IRQIRRKM VEIMVNQAAS CDLKELVNKF IPEVIGKEIE KATSSIFPLQ NVYVRKVKIL KAPKFDLGKL MEVHGDYKED VG VKLDRPA DGDEVIPGAE EVAAAE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #4: S5 DRBM domain-containing protein

分子名称: S5 DRBM domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 30.482432 KDa
配列文字列: MADRGGERGV GERGGDRGGF GRGFGRGGRG DRGGRRGGRR GPRQEEEKWV PVTKLGRLVK EGRFTKMEEI YLHSLPVKEH QIVETLCPG LKDEVMKITP VQKQTRAGQR TRFKAFVVVG DSNGHVGLGV KCAKEVATAI RGAIILAKLS IVPVRRGYWG N KIGQPHTV ...文字列:
MADRGGERGV GERGGDRGGF GRGFGRGGRG DRGGRRGGRR GPRQEEEKWV PVTKLGRLVK EGRFTKMEEI YLHSLPVKEH QIVETLCPG LKDEVMKITP VQKQTRAGQR TRFKAFVVVG DSNGHVGLGV KCAKEVATAI RGAIILAKLS IVPVRRGYWG N KIGQPHTV PCKVTGKCGS VTVRMVPAPR GSGIVAARVP KKVLQFAGID DVFTSSRGST KTLGNFVKAT FDCLMKTYGF LT PDFWRET TFTKAPYQEF TDILAKPTKA LMLDAPAEKI EA

UniProtKB: S5 DRBM domain-containing protein

+
分子 #5: 40S ribosomal protein S4

分子名称: 40S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 30.008111 KDa
配列文字列: MARGLKKHLK RLNAPSHWML DKLGGAFAPK PSSGPHKARE CLPLILILRN RLKYALTYRE VQSILMQRHI MVDGKVRTDK TYPAGFMDI ISIPKTGENY RLLYDTKGRF RLHSVRDEDA KFKLCKVRSV QFGQKGIPYL NTYDGRTIRY PDPLIKANDT I KLDLETNK ...文字列:
MARGLKKHLK RLNAPSHWML DKLGGAFAPK PSSGPHKARE CLPLILILRN RLKYALTYRE VQSILMQRHI MVDGKVRTDK TYPAGFMDI ISIPKTGENY RLLYDTKGRF RLHSVRDEDA KFKLCKVRSV QFGQKGIPYL NTYDGRTIRY PDPLIKANDT I KLDLETNK IVDFIKFDVG NVVMVTGGRN TGRVGVIKNR EKHKGTFETI HVEDAQGHQF ATRLGNVFTI GKGTKPWVSL PK GKGIKLT IIEEQRKRDA AAQAAAKA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S4

+
分子 #6: 40S ribosomal protein S6

分子名称: 40S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 28.522609 KDa
配列文字列: MKLNIANPTT GCQKKVEIDD DQKLRNLYDK RISQEVVGDL LGEEFKGYIF KIMGGCDKQG FPMKQGVLTS GRVRLLLHRG TPCFRGFGR RNGERRRKSV RGCIVSQDLS VINLVIVKKG ENDLPGLTDT EKPRMRGPKR ASKIKKLFNL GKDDDVRSYV N TYRRTFLN ...文字列:
MKLNIANPTT GCQKKVEIDD DQKLRNLYDK RISQEVVGDL LGEEFKGYIF KIMGGCDKQG FPMKQGVLTS GRVRLLLHRG TPCFRGFGR RNGERRRKSV RGCIVSQDLS VINLVIVKKG ENDLPGLTDT EKPRMRGPKR ASKIKKLFNL GKDDDVRSYV N TYRRTFLN KKGKKVSKAP KIQRLVTPLT LQRKRARIAD KKKRIAKKKS EAAEYQKLLA QRLKEQRDRR SESMAKRRSK LS AATKAPA ASA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S6

+
分子 #7: 40S ribosomal protein S7

分子名称: 40S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 22.297891 KDa
配列文字列: MYTARKKIQK DKGVEPSEFE DTVAQAFFDL ENGNQELKSD LKDLYINTAI QMDVVGNRKA VVIHVPYRLR KPFRKIHVRL VRELEKKFS GKDVVFVATR RIVRPPKKGS AVQRPRTRTL TAVHDGILED VVYPAEIVGK RVRYRLDGAK VIKIYLDPKE R NNTEYKLE ...文字列:
MYTARKKIQK DKGVEPSEFE DTVAQAFFDL ENGNQELKSD LKDLYINTAI QMDVVGNRKA VVIHVPYRLR KPFRKIHVRL VRELEKKFS GKDVVFVATR RIVRPPKKGS AVQRPRTRTL TAVHDGILED VVYPAEIVGK RVRYRLDGAK VIKIYLDPKE R NNTEYKLE TFSAVYRRLC GKDVVFEYPV TETA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S7

+
分子 #8: 40S ribosomal protein S8

分子名称: 40S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 25.185838 KDa
配列文字列: GISRDSMHKR RATGGKQKAW RKKRKYELGR QPANTKLSSN KTVRRVRVRG GNVKWRALRL DTGNFSWGSE AVTRKTRLLD VVYNSSNNE LVRTQTLVKN AIVQVDAAPF KQWYLTHYGV EIGRKKKAAA AAKKDAAEGQ ESEVAAAATE EAKKSNNVQR K LEKRQQGR ...文字列:
GISRDSMHKR RATGGKQKAW RKKRKYELGR QPANTKLSSN KTVRRVRVRG GNVKWRALRL DTGNFSWGSE AVTRKTRLLD VVYNSSNNE LVRTQTLVKN AIVQVDAAPF KQWYLTHYGV EIGRKKKAAA AAKKDAAEGQ ESEVAAAATE EAKKSNNVQR K LEKRQQGR TLDSHIEEQF SGGRLLACIS SRPGQCGRAD GYILEGKELE FYMRKLQKKK GKGATA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S8

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 22.534111 KDa
配列文字列: MVHVNFYRNY GKTFKKPRRP YEKERLDAEL KLVGEYGLRC KRELWRVQYA LSRIRNAARH LLTLDEKNPR RIFEGAALLR RMNRYGLLA EGQDKLDYVL ALTAENFLAR RLQTLVFKAG MAKSIHHARV LIRQRHIRVG RQIVNVPSFM VRVESEKHID F SLTSPFGG ...文字列:
MVHVNFYRNY GKTFKKPRRP YEKERLDAEL KLVGEYGLRC KRELWRVQYA LSRIRNAARH LLTLDEKNPR RIFEGAALLR RMNRYGLLA EGQDKLDYVL ALTAENFLAR RLQTLVFKAG MAKSIHHARV LIRQRHIRVG RQIVNVPSFM VRVESEKHID F SLTSPFGG GPAGRVKRKN QKKASGGGDA GGDEEEE

UniProtKB: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic

+
分子 #10: 40S ribosomal protein S11 N-terminal domain-containing protein

分子名称: 40S ribosomal protein S11 N-terminal domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 18.135344 KDa
配列文字列:
MAEQTEKAFL KQPKVFLCSK KTTKGNNKPG KEGNRFWKSV GLGFKTPKEA IEGTYIDKKC PFTGTVSIRG RIIAGTCHSA KMNRTIIVR RNYLHYVKKY QRYEKRHSNI PAHISPCFRV REGDHVIIGQ CRPLSKTVRF NVLKVVPAGS KSGAVKKAFT G A

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17 N-terminal domain-containing protein

+
分子 #11: Ribosomal protein S13/S15 N-terminal domain-containing protein

分子名称: Ribosomal protein S13/S15 N-terminal domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 17.132303 KDa
配列文字列:
MGRMHSRGKG ISSSALPYKR TPPSWVKTAV ADVDELITKA AKKGQMPSQI GVLLRDQHGI PLVKSVTGSK ILRILKAHGL APEIPEDLY FLIKKAVAIR KHLERNRKDK DSKFRLILVE SRIHRLARYY KRTKKLPPTW KYESTTASTL VA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15 N-terminal domain-containing protein

+
分子 #12: 40S ribosomal protein S14

分子名称: 40S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 16.398818 KDa
配列文字列:
MSSKRKTREP KEENVTLGPA VREGEHVFGV AHIFASFNDT FIHVTDLSGR ETLVRITGGM KVKADRDESS PYAAMLASQD VATRCKELG ITALHIKLRA TGGNKTKTPG PGAQSALRAL ARSGMKIGRI EDVTPVPTDS TRRKGGRRGR RL

UniProtKB: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic

+
分子 #13: 40S ribosomal protein S17

分子名称: 40S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 16.47909 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK KTSRQVIEKY YSRMTLDFHT NKKVLEEVSI LQSKRLRNKV AGFTTHLMRR IQRGPVRGIS LKLQEEERER RMDFVPEKS ALEVDEIRVD KETMDMLAFL GMADLPGVER APEATSAAAP YRQPFNGPRG GNRA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S17

+
分子 #14: 40S ribosomal protein S21

分子名称: 40S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 9.194349 KDa
配列文字列:
MQNEVGDMVD LYVPRKCSAT NRIITAKDHA SVQINIGHVD ENGLYDGRFT TFALSGFVRA QGDADGSLDR LWQKRKAEIK QL

UniProtKB: 40S ribosomal protein S21

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S8, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S8, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 14.815363 KDa
配列文字列:
MVRVSVLNDA LKSMYNAEKR GKRQVMIRPS SKVIIKFLIV MQKHGYIGEF EYVDDHRSGK IVVELNGRLN KCGVISPRFD VGVKEIEGW TARLLPSRQF GYIVLTTSAG IMDHEEARRK NVGGKVLGFF Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8c

+
分子 #16: 40S ribosomal protein S23

分子名称: 40S ribosomal protein S23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 15.696476 KDa
配列文字列:
MGKTRGMGAG RKLKTHRRNQ RWADKAYKKS HLGNEWKKPF AGSSHAKGIV LEKIGIEAKQ PNSAIRKCAR VQLVKNGKKI AAFVPNDGC LNFIEENDEV LIAGFGRKGH AVGDIPGVRF KVVKVSGVSL LALFKEKKEK PRS

UniProtKB: 40S ribosomal protein S23

+
分子 #17: 40S ribosomal protein S24

分子名称: 40S ribosomal protein S24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 15.739685 KDa
配列文字列:
MADAKTAPAV TLRTRKFMTN RLLSRKQFVL EVIHPGRANV SKADLKERLA KIYEVKDSNC IFVFKFRTHF GGGKSTGFGL IYDNLEAAK KFEPKYRLIR NGLATKVEKS RKQIKERKNR TKKIRGVKKT KAGDAKKK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S24

+
分子 #18: 40S ribosomal protein S26

分子名称: 40S ribosomal protein S26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 15.319789 KDa
配列文字列:
MTFKRRNGGR NKHGRGHVKY IRCSNCAKCC PKDKAIKRFL VRNIVEQAAV RDVQEACVHD GYVLPKLYAK VHHCVSCAIH AHIVRVRSR ENRRNREPPQ RFRRRDDGPR PGQGGPPRAG GPGGAPAGAG AVPGAPAPRV

UniProtKB: 40S ribosomal protein S26

+
分子 #19: 40S ribosomal protein S27

分子名称: 40S ribosomal protein S27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 9.583195 KDa
配列文字列:
MVLQNDIDLL NPPAELEKLK HKKKRLVQSP NSFFMDVKCQ GCFNITTVFS HSQTVVVCPG CQTVLCQPTG GKARLTEGCS FRRKGD

UniProtKB: 40S ribosomal protein S27

+
分子 #20: 40S ribosomal protein S30

分子名称: 40S ribosomal protein S30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 6.934164 KDa
配列文字列:
MGKVHGSLAR AGKVRGQTPK VAKQDKKKQP RGRAHKRIQY NRRFVTAVVG FGKKRGPNSS EK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S30

+
分子 #21: 60S ribosomal protein L41

分子名称: 60S ribosomal protein L41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 3.445437 KDa
配列文字列:
MRAKWKKKRM RRLKRKRRKM RQRSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS32

+
分子 #22: KH type-2 domain-containing protein

分子名称: KH type-2 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 25.39873 KDa
配列文字列: MATQISKKKK FVSDGVFYAE LNEMLTRELA EDGYSGVEVR VTPMRTEIII RATRTQNVLG EKGRRIRELT SVVQKRFNFP ENGVELYAE KVVNRGLCAI AQAESLRYKL LGGLAVRRAC YGVLRFVMES GAKGCEVIVS GKLRAQRAKS MKFKDGYMIS S GQPVNEYI ...文字列:
MATQISKKKK FVSDGVFYAE LNEMLTRELA EDGYSGVEVR VTPMRTEIII RATRTQNVLG EKGRRIRELT SVVQKRFNFP ENGVELYAE KVVNRGLCAI AQAESLRYKL LGGLAVRRAC YGVLRFVMES GAKGCEVIVS GKLRAQRAKS MKFKDGYMIS S GQPVNEYI DAAVRHVLLR QGVLGIKVKI MLDWDPKGKL GPTTPLPDLV TIHPPKEEDE LRPPALVEV

UniProtKB: 30S ribosomal protein S3, chloroplastic

+
分子 #23: Ribosomal protein S7 domain-containing protein

分子名称: Ribosomal protein S7 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 22.350879 KDa
配列文字列: MAVVEPVPGG DVKLFNRWTF EDVQVSDISL NDYLAVTSMK HYTFLPHSAG RYSAKRFRKA QCPIIERLTN SLMMHGRNNG KKIMAVRII KHTMEIIHLL TDANPIQIIV DAIINSGPRE DATRIGSAGV VRRQAVDISP LRRVNQAIYL LTTGARESAF R NVKTIAEC ...文字列:
MAVVEPVPGG DVKLFNRWTF EDVQVSDISL NDYLAVTSMK HYTFLPHSAG RYSAKRFRKA QCPIIERLTN SLMMHGRNNG KKIMAVRII KHTMEIIHLL TDANPIQIIV DAIINSGPRE DATRIGSAGV VRRQAVDISP LRRVNQAIYL LTTGARESAF R NVKTIAEC LADELINAAK GSSNSYAIKK KDEIERVAKA NR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7c

+
分子 #24: Plectin/S10 N-terminal domain-containing protein

分子名称: Plectin/S10 N-terminal domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 20.463965 KDa
配列文字列:
MIISKKNRNE ICKYLFQEGV LYAKKDYNLA KHPQIDVPNL QVIKLMQSFK SKEYVRETFS WQHYYWYLTN DGIEFLRNFL NLPSEIVPA TLKKSARPPG RPLGSGPPGD RPRGPPRFEG DRPRYGDRDG YRGGPRGAPG DFGGEKGGAP AEFQPSFRSS G GGGFGRGG GGGFGRGGGG GGGFGASPME

UniProtKB: Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein

+
分子 #25: 40S ribosomal protein S15

分子名称: 40S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 17.295375 KDa
配列文字列:
MADVDVDPEV AAAGPKKRTF RKFSYRGVDL DALLDMSTED LVQLFPARPR RRFSRGLKRK PMALVKKLRK AKSEAPAGEK PEQVRTHLR NMIIMPEMIG SVVGIYNGKC FNQVEIKPEM IGHYLAEFSL SYKPVKHGRP GIGATHSSRF IPLK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S15

+
分子 #26: 40S ribosomal protein S16

分子名称: 40S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 16.870992 KDa
配列文字列:
MAAVLTRPTP GTVQCFGRKK TAVAVAYCKP GRGLIKVNGA PIELIRPEML RLKAFEPILL AGRSRFKDID MRIRVRGGGK TSQIYSIRQ AIAKSLVAYY QKYVDEAAKK EVKEIFARYD RTLLVADPRR CEPKKFGGRG ARARFQKSYR

UniProtKB: 40S ribosomal protein S16

+
分子 #27: 40S ribosomal protein S18

分子名称: 40S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 17.676605 KDa
配列文字列:
MSLSAGEEFQ HILRVLNTNV DGKQKIMFAL TSIKGVGRRF SNIVCKKADI DMNKRAGELS AEEMDRLMAV VHNPRQFKVP DWFLNRKKD YKDGRFSQVV SNAVDMKLRD DLERLKKIRN HRGLRHYWGV RVRGQHTKTT GRRGKTVGVS KKR

UniProtKB: 40S ribosomal protein S18

+
分子 #28: 40S ribosomal protein S19

分子名称: 40S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 17.097604 KDa
配列文字列:
MATVPAPAAE TAASTARTVK DVNPHEFVKA YSAHLKRSGK MELPEWVDIV KTARFKELPP SDADWYYIRA ASMARKIYLR QGIGIGGFQ KIYGGRQRNG SRPPHFCKSS GAVSRNILQE LQKMGIIDVD PKGGRLITSQ GRRDLDQVAG TVPAEF

UniProtKB: 40S ribosomal protein S19

+
分子 #29: Ribosomal protein S10 domain-containing protein

分子名称: Ribosomal protein S10 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 13.036149 KDa
配列文字列:
MKSGKAGFEG PQEAQHRIRI TLSSKSVKNL EKVCSDLVRG AKDKLLRVKG PVRMPTKVLN ITTRKSPCGE GTNTWDRFEM RVHKRVIDL VSSPDVVKQI TSITIEPGVE VEVTISDQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10 domain-containing protein

+
分子 #30: 40S ribosomal protein S28

分子名称: 40S ribosomal protein S28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 7.477787 KDa
配列文字列:
MDTQVKLAVV VKVMGRTGSR GQVTQVRVKF LDDQNRLIMR NVKGPVREGD ILTLLESERE ARRLR

UniProtKB: 40S ribosomal protein S28

+
分子 #31: 40S ribosomal protein S29

分子名称: 40S ribosomal protein S29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 6.417492 KDa
配列文字列:
MGHSNVWNSH PKNYGPGSRV CRVCGNSHGL IRKYGLMCCR QCFRSNAKDI GFIKYR

UniProtKB: 40S ribosomal protein S29

+
分子 #32: Mitogen-activated protein kinase

分子名称: Mitogen-activated protein kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 36.314793 KDa
配列文字列: MANMQESLAL VGTMRGHNDV VTAIAAPIDN SPYIVSGSRD KSLLVWDLTN PVPSLGDGTV GTDYAVPFRR LTGHGHFVQD VVISSDGQF ALSGSWDGEL RLWDLSTGLT TRRFVGHTKD VISVAFSVDN RQIVSASRDN TIKLWNTLGE CKYTIGGDMG G GEGHTGWV ...文字列:
MANMQESLAL VGTMRGHNDV VTAIAAPIDN SPYIVSGSRD KSLLVWDLTN PVPSLGDGTV GTDYAVPFRR LTGHGHFVQD VVISSDGQF ALSGSWDGEL RLWDLSTGLT TRRFVGHTKD VISVAFSVDN RQIVSASRDN TIKLWNTLGE CKYTIGGDMG G GEGHTGWV SCVRFSPNIQ QPTIVSGSWD KTVKVWNLTN CKLRSTLAGH GGYVNAVAVS PDGSLCASGG KDGVTLLWDL SE GKRLYQL EAGSIIHALC FSPNRYWLCA ATEESVKIWD LESKHVVQDL KPEVQVSKNQ MLYCTSLSWS ADGSTLYTGY TDG TIRVFK IQAGFAGYA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #33: 40S ribosomal protein S25

分子名称: 40S ribosomal protein S25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 10.86064 KDa
配列文字列:
MAPKKEKAPA ASSKPAKSGG GKQKEKVNNA VLFDQATYDK LLTEVPKYKQ ITPSVLSERL RINGSLARRA IKDLMERGLI RMVSIHSSQ QIFTRATNT

UniProtKB: 40S ribosomal protein S25

+
分子 #34: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 16 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #35: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 70 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #36: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The sample is the small subunit of wheat ribosome

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 44.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 75000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4v7e

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 105563
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る