+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36316 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of beta-Galactosidase with MSBP | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | enzyme / HYDROLASE | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu Y / Qin Y / Wang L / Zhang Y / Wang Y / Dang S | |||||||||
資金援助 | 香港, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024 タイトル: Metallo-supramolecular branched polymer protects particles from air-water interface in single-particle cryo-electron microscopy. 著者: Yixin Xu / Yuqi Qin / Lang Wang / Yingyi Zhang / Yufeng Wang / Shangyu Dang / 要旨: Recent technological breakthroughs in single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) enable rapid atomic structure determination of biological macromolecules. A major bottleneck in the current ...Recent technological breakthroughs in single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) enable rapid atomic structure determination of biological macromolecules. A major bottleneck in the current single particle cryo-EM pipeline is the preparation of good quality frozen cryo-EM grids, which is mostly a trial-and-error process. Among many issues, preferred particle orientation and sample damage by air-water interface (AWI) are common practical problems. Here we report a method of applying metallo-supramolecular branched polymer (MSBP) in the cryo-sample preparation for high-resolution single-particle cryo-EM. Our data shows that MSBP keeps a majority of particles away from air-water interface and mitigates preferred orientation as verified by the analyses of apoferritin, hemagglutinin) trimer and various sample proteins. The use of MSBP is a simple method to improve particle distribution for high-resolution structure determination in single-particle cryo-EM. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36316.map.gz | 57.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-36316-v30.xml emd-36316.xml | 12.3 KB 12.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36316.png | 99.1 KB | ||
マスクデータ | emd_36316_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-36316.cif.gz | 4 KB | ||
その他 | emd_36316_half_map_1.map.gz emd_36316_half_map_2.map.gz | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36316 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36316 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36316_validation.pdf.gz | 879 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_36316_full_validation.pdf.gz | 878.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36316_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36316_validation.cif.gz | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36316 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36316 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36316.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_36316_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36316_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36316_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Beta-Galactosidase with MSBP
全体 | 名称: Beta-Galactosidase with MSBP |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Beta-Galactosidase with MSBP
超分子 | 名称: Beta-Galactosidase with MSBP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 51.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 273058 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |