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万見
- EMDB-36254: Structure of the auxin exporter PIN1 in Arabidopsis thaliana in t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36254
タイトルStructure of the auxin exporter PIN1 in Arabidopsis thaliana in the Naproxen-bound state
マップデータ
試料
  • 複合体: Binary complex of PIN1 with nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Auxin efflux carrier component 1
    • タンパク質・ペプチド: nanobody
  • リガンド: (2S)-2-(6-methoxynaphthalen-2-yl)propanoic acid
キーワードmembrane transporter / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cotyledon morphogenesis / leaf formation / cotyledon development / leaf shaping / shoot system development / xylem and phloem pattern formation / inflorescence development / gravitropism / auxin export across the plasma membrane / auxin efflux transmembrane transporter activity ...cotyledon morphogenesis / leaf formation / cotyledon development / leaf shaping / shoot system development / xylem and phloem pattern formation / inflorescence development / gravitropism / auxin export across the plasma membrane / auxin efflux transmembrane transporter activity / auxin polar transport / plant-type cell wall / flower development / root development / photomorphogenesis / embryo development ending in seed dormancy / auxin-activated signaling pathway / plasmodesma / basal plasma membrane / cell periphery / apical part of cell / apical plasma membrane / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Auxin efflux carrier, plant type / : / Membrane transport protein / Membrane transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Auxin efflux carrier component 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Sun L / Liu X / Yang Z / Xia J
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB37020103 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900885 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870732 中国
引用ジャーナル: Plant Commun / 年: 2023
タイトル: Chemical inhibition of Arabidopsis PIN-FORMED auxin transporters by the anti-inflammatory drug naproxen.
著者: Jing Xia / Mengjuan Kong / Zhisen Yang / Lianghanxiao Sun / Yakun Peng / Yanbo Mao / Hong Wei / Wei Ying / Yongxiang Gao / Jiří Friml / Jianping Weng / Xin Liu / Linfeng Sun / Shutang Tan /
要旨: The phytohormone auxin plays central roles in many growth and developmental processes in plants. Development of chemical tools targeting the auxin pathway is useful for both plant biology and ...The phytohormone auxin plays central roles in many growth and developmental processes in plants. Development of chemical tools targeting the auxin pathway is useful for both plant biology and agriculture. Here we reveal that naproxen, a synthetic compound with anti-inflammatory activity in humans, acts as an auxin transport inhibitor targeting PIN-FORMED (PIN) transporters in plants. Physiological experiments indicate that exogenous naproxen treatment affects pleiotropic auxin-regulated developmental processes. Additional cellular and biochemical evidence indicates that naproxen suppresses auxin transport, specifically PIN-mediated auxin efflux. Moreover, biochemical and structural analyses confirm that naproxen binds directly to PIN1 protein via the same binding cavity as the indole-3-acetic acid substrate. Thus, by combining cellular, biochemical, and structural approaches, this study clearly establishes that naproxen is a PIN inhibitor and elucidates the underlying mechanisms. Further use of this compound may advance our understanding of the molecular mechanisms of PIN-mediated auxin transport and expand our toolkit in auxin biology and agriculture.
履歴
登録2023年5月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月29日-
マップ公開2024年5月29日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36254.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36254.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.47
最小 - 最大-2.089839 - 3.1177664
平均 (標準偏差)0.0026055318 (±0.07875225)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36254_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36254_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Binary complex of PIN1 with nanobody

全体名称: Binary complex of PIN1 with nanobody
要素
  • 複合体: Binary complex of PIN1 with nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Auxin efflux carrier component 1
    • タンパク質・ペプチド: nanobody
  • リガンド: (2S)-2-(6-methoxynaphthalen-2-yl)propanoic acid

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超分子 #1: Binary complex of PIN1 with nanobody

超分子名称: Binary complex of PIN1 with nanobody / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Auxin efflux carrier component 1

分子名称: Auxin efflux carrier component 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 67.080781 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MITAADFYHV MTAMVPLYVA MILAYGSVKW WKIFTPDQCS GINRFVALFA VPLLSFHFIA ANNPYAMNLR FLAADSLQKV IVLSLLFLW CKLSRNGSLD WTITLFSLST LPNTLVMGIP LLKGMYGNFS GDLMVQIVVL QCIIWYTLML FLFEYRGAKL L ISEQFPDT ...文字列:
MITAADFYHV MTAMVPLYVA MILAYGSVKW WKIFTPDQCS GINRFVALFA VPLLSFHFIA ANNPYAMNLR FLAADSLQKV IVLSLLFLW CKLSRNGSLD WTITLFSLST LPNTLVMGIP LLKGMYGNFS GDLMVQIVVL QCIIWYTLML FLFEYRGAKL L ISEQFPDT AGSIVSIHVD SDIMSLDGRQ PLETEAEIKE DGKLHVTVRR SNASRSDIYS RRSQGLSATP RPSNLTNAEI YS LQSSRNP TPRGSSFNHT DFYSMMASGG GRNSNFGPGE AVFGSKGPTP RPSNYEEDGG PAKPTAAGTA AGAGRFHYQS GGS GGGGGA HYPAPNPGMF SPNTGGGGGT AAKGNAPVVG GKRQDGNGRD LHMFVWSSSA SPVSDVFGGG GGNHHADYST ATND HQKDV KISVPQGNSN DNQYVEREEF SFGNKDDDSK VLATDGGNNI SNKTTQAKVM PPTSVMTRLI LIMVWRKLIR NPNSY SSLF GITWSLISFK WNIEMPALIA KSISILSDAG LGMAMFSLGL FMALNPRIIA CGNRRAAFAA AMRFVVGPAV MLVASY AVG LRGVLLHVAI IQAALPQGIV PFVFAKEYNV HPDILSTAVI FGMLIALPIT LLYYILLGL

UniProtKB: Auxin efflux carrier component 1

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分子 #2: nanobody

分子名称: nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.337863 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSSSQVQLVE SGGGLVQAGG SLRLSCAASG FPVDITWMEW YRQAPGKERE WVAAIYSSGQ STWYADSVKG RFTISRDNAK NTVYLQMNS LKPEDTAVYY CRVKVGAWYK GQGTQVTVSA GRAG

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分子 #3: (2S)-2-(6-methoxynaphthalen-2-yl)propanoic acid

分子名称: (2S)-2-(6-methoxynaphthalen-2-yl)propanoic acid / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NPS
分子量理論値: 230.259 Da
Chemical component information

ChemComp-NPS:
(2S)-2-(6-methoxynaphthalen-2-yl)propanoic acid / 抗炎症剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7y9t

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 48551
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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