[日本語] English
万見
- EMDB-35963: Immune complex of W328-6H2 IgG binding the RBD of Omicron BA.1 6p... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35963
タイトルImmune complex of W328-6H2 IgG binding the RBD of Omicron BA.1 6p spike protein
マップデータImmune complex of W328-6H2 IgG binding the RBD of Omicron BA.1 6p spike protein
試料
  • 複合体: Omicron BA.1 6p in complex with W328-6H2 IgG
    • 複合体: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Omicron BA.1 6p
      • 複合体: W328-6H2 IgG
キーワードComplex / Omicron BA.1 / antibody / Homo sapiens / RBD / Fab / dimer / VIRAL PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Nan XY / Li YJ
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other government22277017
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Exploring distinct modes of inter-spike cross-linking for enhanced neutralization by SARS-CoV-2 antibodies.
著者: Xuanyu Nan / Yujie Li / Rui Zhang / Ruoke Wang / Niannian Lv / Jiayi Li / Yuanfang Chen / Bini Zhou / Yangjunqi Wang / Ziyi Wang / Jiayi Zhu / Jing Chen / Jinqian Li / Wenlong Chen / Qi Zhang ...著者: Xuanyu Nan / Yujie Li / Rui Zhang / Ruoke Wang / Niannian Lv / Jiayi Li / Yuanfang Chen / Bini Zhou / Yangjunqi Wang / Ziyi Wang / Jiayi Zhu / Jing Chen / Jinqian Li / Wenlong Chen / Qi Zhang / Xuanling Shi / Changwen Zhao / Chunying Chen / Zhihua Liu / Yuliang Zhao / Dongsheng Liu / Xinquan Wang / Li-Tang Yan / Taisheng Li / Linqi Zhang / Yuhe R Yang /
要旨: The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and its Omicron subvariants drastically amplifies transmissibility, infectivity, and immune escape, mainly due to their ...The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and its Omicron subvariants drastically amplifies transmissibility, infectivity, and immune escape, mainly due to their resistance to most neutralizing antibodies. Thus, exploring the mechanisms underlying antibody evasion is crucial. Although the full-length native form of antibody, immunoglobulin G (IgG), offers valuable insights into the neutralization, structural investigations primarily focus on the fragment of antigen-binding (Fab). Here, we employ single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to characterize a W328-6H2 antibody, in its native IgG form complexed with severe acute respiratory syndrome (SARS), severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 wild-type (WT) and Omicron variant BA.1 spike protein (S). Three high-resolution structures reveal that the full-length IgG forms a centered head-to-head dimer of trimer when binds fully stoichiometrically with both SARS and WT S, while adopting a distinct offset configuration with Omicron BA.1 S. Combined with functional assays, our results suggest that, beyond the binding affinity between the RBD epitope and Fab, the higher-order architectures of S trimer and full-length IgG play an additional role in neutralization, enriching our understanding of enhanced neutralization by SARS-CoV-2 antibodies.
履歴
登録2023年4月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月18日-
マップ公開2024年12月18日-
更新2025年12月31日-
現状2025年12月31日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_35963.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35963.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Immune complex of W328-6H2 IgG binding the RBD of Omicron BA.1 6p spike protein
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.21 Å/pix.
x 192 pix.
= 424.32 Å		2.21 Å/pix.
x 192 pix.
= 424.32 Å		2.21 Å/pix.
x 192 pix.
= 424.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.21 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0223
最小 - 最大-0.055792917 - 0.099668376
平均 (標準偏差)0.000091727234 (±0.0075894413)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 424.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Immune complex of W328-6H2 IgG binding the RBD...

ファイルemd_35963_half_map_1.map
注釈Immune complex of W328-6H2 IgG binding the RBD of Omicron BA.1 6p spike protein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Immune complex of W328-6H2 IgG binding the RBD...

ファイルemd_35963_half_map_2.map
注釈Immune complex of W328-6H2 IgG binding the RBD of Omicron BA.1 6p spike protein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Omicron BA.1 6p in complex with W328-6H2 IgG

全体名称: Omicron BA.1 6p in complex with W328-6H2 IgG
要素
  • 複合体: Omicron BA.1 6p in complex with W328-6H2 IgG
    • 複合体: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Omicron BA.1 6p
      • 複合体: W328-6H2 IgG

-
超分子 #1: Omicron BA.1 6p in complex with W328-6H2 IgG

超分子名称: Omicron BA.1 6p in complex with W328-6H2 IgG / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Immune complex of W328-6H2 IgG binding the RBD of Omicron BA.1 6p spike protein
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #2: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Omicron BA.1 6p

超分子名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Omicron BA.1 6p
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 詳細: Omicron BA.1 6p
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

-
超分子 #3: W328-6H2 IgG

超分子名称: W328-6H2 IgG / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 2 / 詳細: W328-6H2 IgG
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.015 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1546
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る