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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Human ZnT1-D47N/D255N mutant | |||||||||
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![]() | zinc exporter / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of zinc ion transmembrane import / zinc export across plasma membrane / detoxification of zinc ion / detoxification of cadmium ion / Zinc efflux and compartmentalization by the SLC30 family / cadmium ion transmembrane transport / zinc ion import into organelle / zinc:proton antiporter activity / zinc ion transmembrane transporter activity / zinc ion transport ...negative regulation of zinc ion transmembrane import / zinc export across plasma membrane / detoxification of zinc ion / detoxification of cadmium ion / Zinc efflux and compartmentalization by the SLC30 family / cadmium ion transmembrane transport / zinc ion import into organelle / zinc:proton antiporter activity / zinc ion transmembrane transporter activity / zinc ion transport / zinc ion transmembrane transport / negative regulation of calcium ion import / negative regulation of neurotransmitter secretion / intracellular zinc ion homeostasis / calcium ion import / calcium channel inhibitor activity / T-tubule / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / cytoplasmic vesicle membrane / intracellular calcium ion homeostasis / basolateral plasma membrane / nuclear membrane / in utero embryonic development / defense response to bacterium / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Sun L / Liu X / Sun C / He B | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the human ZnT1-D47N/D255N double mutant 著者: Sun L / Liu X / Sun C / He B | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 28.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.7 KB 12.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 121.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 27.9 MB 27.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 689.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 688.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8j2gMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35949_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35949_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Human ZnT1-D47N/D255N mutant homodimer
全体 | 名称: Human ZnT1-D47N/D255N mutant homodimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Human ZnT1-D47N/D255N mutant homodimer
超分子 | 名称: Human ZnT1-D47N/D255N mutant homodimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Proton-coupled zinc antiporter SLC30A1
分子 | 名称: Proton-coupled zinc antiporter SLC30A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 55.360633 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MGCWGRNRGR LLCMLALTFM FMVLEVVVSR VTSSLAMLSD SFHMLSNVLA LVVALVAERF ARRTHATQKN TFGWIRAEVM GALVNAIFL TGLCFAILLE AIERFIEPHE MQQPLVVLGV GVAGLLVNVL GLCLFHHHSG FSQDSGHGHS HGGHGHGHGL P KGPRVKST ...文字列: MGCWGRNRGR LLCMLALTFM FMVLEVVVSR VTSSLAMLSD SFHMLSNVLA LVVALVAERF ARRTHATQKN TFGWIRAEVM GALVNAIFL TGLCFAILLE AIERFIEPHE MQQPLVVLGV GVAGLLVNVL GLCLFHHHSG FSQDSGHGHS HGGHGHGHGL P KGPRVKST RPGSSDINVA PGEQGPDQEE TNTLVANTSN SNGLKLDPAD PENPRSGDTV EVQVNGNLVR EPDHMELEED RA GQLNMRG VFLHVLGNAL GSVIVVVNAL VFYFSWKGCS EGDFCVNPCF PDPCKAFVEI INSTHASVYE AGPCWVLYLD PTL CVVMVC ILLYTTYPLL KESALILLQT VPKQIDIRNL IKELRNVEGV EEVHELHVWQ LAGSRIIATA HIKCEDPTSY MEVA KTIKD VFHNHGIHAT TIQPEFASVG SKSSVVPCEL ACRTQCALKQ CCGTLPQAPS GKDAEKTPAV SISCLELSNN LEKKP RRTK AENIPAVVIE IKNMPNKQPE SSL UniProtKB: Proton-coupled zinc antiporter SLC30A1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: DIFFRACTION 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 550472 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |