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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3583 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a Separase-Securin complex from Caenorhabditis elegans at 3.8 A resolution | |||||||||
マップデータ | Map of the C. elegans Separase-Securin complex. Manual B-factor sharpening of 140 applied. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Separation of Sister Chromatids / separase-securin complex / eggshell formation / metaphase plate / regulation of nematode larval development / separase / cortical granule exocytosis / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / meiotic chromosome separation / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion ...Separation of Sister Chromatids / separase-securin complex / eggshell formation / metaphase plate / regulation of nematode larval development / separase / cortical granule exocytosis / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / meiotic chromosome separation / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / polarity specification of anterior/posterior axis / polar body extrusion after meiotic divisions / cortical granule / mitotic sister chromatid separation / regulation of centriole-centriole cohesion / centrosome duplication / multicellular organismal reproductive process / regulation of exocytosis / meiotic spindle / centrosome localization / regulation of locomotion / condensed chromosome / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / condensed nuclear chromosome / spindle microtubule / protein processing / mitotic spindle / spindle / chromosome / nuclear envelope / protein localization / cell cortex / midbody / protease binding / protein stabilization / cysteine-type endopeptidase activity / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Boland A / Martin TG / Zhang Z / Yang J / Bai XC / Chang L / Scheres SHW / Barford D | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017 タイトル: Cryo-EM structure of a metazoan separase-securin complex at near-atomic resolution. 著者: Andreas Boland / Thomas G Martin / Ziguo Zhang / Jing Yang / Xiao-Chen Bai / Leifu Chang / Sjors H W Scheres / David Barford / 要旨: Separase is a caspase-family protease that initiates chromatid segregation by cleaving the kleisin subunits (Scc1 and Rec8) of cohesin, and regulates centrosome duplication and mitotic spindle ...Separase is a caspase-family protease that initiates chromatid segregation by cleaving the kleisin subunits (Scc1 and Rec8) of cohesin, and regulates centrosome duplication and mitotic spindle function through cleavage of kendrin and Slk19. To understand the mechanisms of securin regulation of separase, we used single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine a near-atomic-resolution structure of the Caenorhabditis elegans separase-securin complex. Separase adopts a triangular-shaped bilobal architecture comprising an N-terminal tetratricopeptide repeat (TPR)-like α-solenoid domain docked onto the conserved C-terminal protease domain. Securin engages separase in an extended antiparallel conformation, interacting with both lobes. It inhibits separase by interacting with the catalytic site through a pseudosubstrate mechanism, thus revealing that in the inhibited separase-securin complex, the catalytic site adopts a conformation compatible with substrate binding. Securin is protected from cleavage because an aliphatic side chain at the P1 position represses protease activity by disrupting the organization of catalytic site residues. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3583.map.gz | 1.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3583-v30.xml emd-3583.xml | 15.8 KB 15.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3583.png | 153 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3583 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3583 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3583_validation.pdf.gz | 211.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3583_full_validation.pdf.gz | 210.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3583_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3583 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3583 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3583.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map of the C. elegans Separase-Securin complex. Manual B-factor sharpening of 140 applied. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.43 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Caenorhabditis elegans Separase-Securin complex
全体 | 名称: Caenorhabditis elegans Separase-Securin complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Caenorhabditis elegans Separase-Securin complex
超分子 | 名称: Caenorhabditis elegans Separase-Securin complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: C. elegans Separase-Securin complex at 3.8 Angstrom resolution refined with Relion. |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
分子量 | 理論値: 170 KDa |
-分子 #1: SEParase
分子 | 名称: SEParase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
分子量 | 理論値: 144.315984 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MKITNKSVDK QHIEKLDELR KNVSCTVIGF AEQTAELQQE ISELFIAEFG VNGPIDMNSL SKLARITSYY ASSEYFQGLA KYQRTACKM FITWQTLRKE AMECRSKDRE IFASIPAKLC FFYFYNGELC RAVVCLLDYI DLSDDTLAKE AALRWLMFLG E TELIEKKL ...文字列: MKITNKSVDK QHIEKLDELR KNVSCTVIGF AEQTAELQQE ISELFIAEFG VNGPIDMNSL SKLARITSYY ASSEYFQGLA KYQRTACKM FITWQTLRKE AMECRSKDRE IFASIPAKLC FFYFYNGELC RAVVCLLDYI DLSDDTLAKE AALRWLMFLG E TELIEKKL KTWKMDKSSK DMFSATEFAM NYLKKSEYRV EMLEKLMKLR DKVKSDPTRS FSRYELASYV SWLCSTLSNV PV GSALREC EFPDRVSHIQ EAALKSDSLV RNRIPGLASS QFDNSVNASI WPFLDGHQED SNYYVHIGST IAWHFEMRRE CAL VNVTTA QTRDSMSAMI LNLRVALKSA SFFRVLQTTN TLAYYSSIIE EAGSEKNAKL MRVSCVNLLS SNPIIVRCST PKET GATSR AHTPMAGSSV SEKQNTMRPD LADLLGDLEL LDEQSFHPIT RSCVCNVCTI YPLHSSFAAE YMMSYAIHSD FSQLS IKHF NDEFARIRER GMSSQVLMHR DSSVRPRPNI IQNEIFGMCV IRWLTKKLDS KESADEDTME IFNNALKIVR YLQQRT TDM ILAVTQLGRQ LEFPMECNYS WMRPTIRKPR VKATIDCAVD ILRAVSPFGR RPKVEKLEKN LQPFDKERFE KVRLAMR NE MNHYGHILYR EWRCRLFAYV GRTSRDPWEA AYAWAESTQI GARNAVQSRL EKCKRGLVTM SGHDRFKTCV QSMPDEMT L VQIAMADDKT IYLVKLHADR DPIIMPLAHY SQAVELMDKF TFLLDEDEMI AKYPGDITPE EFWKRRKIVD GRMMTFVDE VQKHFLGVAA SLLMPSGQLG PKAAELAIKI HKLSKGGLLL GEAKEMVYQS KLMDAKSWEA LILRFCEMRT TDEKFKSFLP LMHRNSVEV MNQDDSIVTE KKYTYLVICP HLSQFCWERL PIFDEYPYVG RQVSIHSTFS QLEAMKSQEK QIPLQIDVQN A YYILDPDN NLGETQKRMV EYINKFNWEG TVGSAPKSNE ISAALSQRDA FFFIGHGSGS SVMPRSVLKQ STCNAISLLM GC GSVRTIP QALGFDGKTA ILDYAMAKCP LIVGCLWTVT DGEIDRFLIR MIDDCFEDSK SLTGIDKLRQ LSEAMHEARS KAR LKYLTG AAVVMYGLPV VAKQTTPFVE KDQRNLPQTP KTSARTSMRM ETVPKTPKQE FVTSKSVPMT PIFSNNENKS PSRA RMPSR VLKTPRQVKT FQEEDDEAPK RSTTRQLKPL VAPPIPATPT TRTTRSSART PSRSRNL |
-分子 #2: Interactor of FizzY protein
分子 | 名称: Interactor of FizzY protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
分子量 | 理論値: 27.027646 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MEDLNFEERG STQIPASLQQ HFSAKLGRQN ELEKTPSRGG LGLVVNSSKT PGGKSLQSLA SACKVPPSTK KNTIPIAFEC YEDETDDQI ADVATIKKTE KHPCSPIDTA NRCETFDSLA ADIEDDMLNL EDQDVVLSED RPYGDVIDPA ESEAEALAEL G VEEWDSYP ...文字列: MEDLNFEERG STQIPASLQQ HFSAKLGRQN ELEKTPSRGG LGLVVNSSKT PGGKSLQSLA SACKVPPSTK KNTIPIAFEC YEDETDDQI ADVATIKKTE KHPCSPIDTA NRCETFDSLA ADIEDDMLNL EDQDVVLSED RPYGDVIDPA ESEAEALAEL G VEEWDSYP PIDPASRIGD DFNYVLRTED FAEEGDVKLE ETRHRTVIAD IDEVKMSKAE RNELFSMLAD DLDSYDLLAE EA NLPL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.02 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR 詳細: Glow discharging was performed before applying graphene oxide solution onto the grid. Grid was washed three times, dried and sample was applied. For detailed information see: https://figshare. ...詳細: Glow discharging was performed before applying graphene oxide solution onto the grid. Grid was washed three times, dried and sample was applied. For detailed information see: https://figshare.com/articles/Graphene_Oxide_Grid_Preparation/3178669 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 詳細: Custom Manual Plunger. |
詳細 | Monodisperse sample |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF エネルギーフィルター - エネルギー下限: -20 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均露光時間: 0.8 sec. / 平均電子線量: 1.25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-5mz6: |