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万見
- EMDB-35815: ETB-Gi complex bound to Endotheline-1, focused on receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35815
タイトルETB-Gi complex bound to Endotheline-1, focused on receptor
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of Endothelin-1, ETB, and Gi
    • タンパク質・ペプチド: Endothelin type B receptor
    • タンパク質・ペプチド: Endothelin-1
キーワードClass A GPCR / Endothelin / Gi / Vasoactive peptide / PEPTIDE BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endothelin A receptor binding / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / rhythmic excitation / negative regulation of phospholipase C/protein kinase C signal transduction / peptide hormone secretion / endothelin B receptor binding / cellular response to human chorionic gonadotropin stimulus / meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance ...: / endothelin A receptor binding / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / rhythmic excitation / negative regulation of phospholipase C/protein kinase C signal transduction / peptide hormone secretion / endothelin B receptor binding / cellular response to human chorionic gonadotropin stimulus / meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / positive regulation of artery morphogenesis / cellular response to mineralocorticoid stimulus / histamine secretion / neural crest cell fate commitment / vein smooth muscle contraction / glomerular endothelium development / response to prostaglandin F / sympathetic neuron axon guidance / positive regulation of sarcomere organization / noradrenergic neuron differentiation / leukocyte activation / body fluid secretion / maternal process involved in parturition / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / rough endoplasmic reticulum lumen / positive regulation of renal sodium excretion / : / pharyngeal arch artery morphogenesis / regulation of D-glucose transmembrane transport / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / positive regulation of odontogenesis / epithelial fluid transport / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of hormone secretion / response to leptin / Weibel-Palade body / endothelin receptor signaling pathway / response to ozone / podocyte differentiation / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / renal sodium ion absorption / positive regulation of cation channel activity / axonogenesis involved in innervation / glomerular filtration / artery smooth muscle contraction / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / cellular response to luteinizing hormone stimulus / positive regulation of prostaglandin secretion / respiratory gaseous exchange by respiratory system / positive regulation of smooth muscle contraction / regulation of pH / basal part of cell / response to salt / positive regulation of hormone secretion / cellular response to toxic substance / positive regulation of urine volume / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / vasoconstriction / embryonic heart tube development / dorsal/ventral pattern formation / axon extension / signal transduction involved in regulation of gene expression / positive regulation of neutrophil chemotaxis / prostaglandin biosynthetic process / superoxide anion generation / cellular response to glucocorticoid stimulus / cartilage development / middle ear morphogenesis / negative regulation of protein metabolic process / cellular response to fatty acid / nitric oxide transport / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / response to testosterone / response to dexamethasone / thyroid gland development / cAMP/PKA signal transduction / cellular response to interleukin-1 / membrane depolarization / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of cell size / response to amino acid / canonical Wnt signaling pathway / regulation of vasoconstriction / positive regulation of heart rate / transport vesicle / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / response to muscle stretch / positive regulation of endothelial cell migration / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAP kinase activity / response to amphetamine / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to calcium ion / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Peptide ligand-binding receptors
類似検索 - 分子機能
Endothelin-like toxin / Endothelin-like toxin, conserved site / Endothelin / Endothelin family / Endothelin family signature. / Endothelin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Sano FK / Akasaka H / Shihoya W / Nureki O
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H05037 日本
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the endothelin-1-ET-G complex.
著者: Fumiya K Sano / Hiroaki Akasaka / Wataru Shihoya / Osamu Nureki /
要旨: The endothelin ET receptor is a promiscuous G-protein coupled receptor that is activated by vasoactive peptide endothelins. ET signaling induces reactive astrocytes in the brain and vasorelaxation in ...The endothelin ET receptor is a promiscuous G-protein coupled receptor that is activated by vasoactive peptide endothelins. ET signaling induces reactive astrocytes in the brain and vasorelaxation in vascular smooth muscle. Consequently, ET agonists are expected to be drugs for neuroprotection and improved anti-tumor drug delivery. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the endothelin-1-ET-G complex at 2.8 Å resolution, with complex assembly stabilized by a newly established method. Comparisons with the inactive ET receptor structures revealed how endothelin-1 activates the ET receptor. The NPxxY motif, essential for G-protein activation, is not conserved in ET, resulting in a unique structural change upon G-protein activation. Compared with other GPCR-G-protein complexes, ET binds G in the shallowest position, further expanding the diversity of G-protein binding modes. This structural information will facilitate the elucidation of G-protein activation and the rational design of ET agonists.
履歴
登録2023年4月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35815.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35815.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.16 Å/pix.
x 86 pix.
= 99.932 Å		1.16 Å/pix.
x 68 pix.
= 79.016 Å		1.16 Å/pix.
x 80 pix.
= 92.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.162 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.12
最小 - 最大-6.088579 - 6.920754
平均 (標準偏差)-0.041043565 (±0.43348587)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin636137
サイズ688086
Spacing806886
セルA: 92.95999 Å / B: 79.016 Å / C: 99.93199 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_35815_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35815_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35815_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Endothelin-1, ETB, and Gi

全体名称: Complex of Endothelin-1, ETB, and Gi
要素
  • 複合体: Complex of Endothelin-1, ETB, and Gi
    • タンパク質・ペプチド: Endothelin type B receptor
    • タンパク質・ペプチド: Endothelin-1

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超分子 #1: Complex of Endothelin-1, ETB, and Gi

超分子名称: Complex of Endothelin-1, ETB, and Gi / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Endothelin type B receptor

分子名称: Endothelin type B receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 67.492219 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: EERGFPPDRA TPLLQTAEIM TPPTKTLWPK GDYKDDDDKL APAEVPKGDR TAGSPPRTIS PPPCQGPIEI KETFKYINTV VSCLVFVLG IIGNSTLLRI IYKNKCMRNG PNILIASLAL GDLLHIVIDI PINVYKLLAE DWPFGAEMCK LVPFIQKASV G ITVLSLCA ...文字列:
EERGFPPDRA TPLLQTAEIM TPPTKTLWPK GDYKDDDDKL APAEVPKGDR TAGSPPRTIS PPPCQGPIEI KETFKYINTV VSCLVFVLG IIGNSTLLRI IYKNKCMRNG PNILIASLAL GDLLHIVIDI PINVYKLLAE DWPFGAEMCK LVPFIQKASV G ITVLSLCA LSIDRYRAVA SWSRIKGIGV PKWTAVEIVL IWVVSVVLAV PEAIGFDIIT MDYKGSYLRI CLLHPVQKTA FM QFYKTAK DWWLFSFYFC LPLAITAFFY TLMTCEMLRK KSGMQIALND HLKQRREVAK TVFCLVLVFA LCWLPLHLSR ILK LTLYNQ NDPNRCELLS FLLVLDYIGI NMASLNSCIN PIALYLVSKR FKNCFKSCLC CWCQSFEEKQ SLEEKQSCLK FKAN DHGYD NFRSSNKYSS SGSGGGGSGG SSSGGVFTLE DFVGDWEQTA AYNLDQVLEQ GGVSSLLQNL AVSVTPIQRI VRSGE NALK IDIHVIIPYE GLSADQMAQI EEVFKVVYPV DDHHFKVILP YGTLVIDGVT PNMLNYFGRP YEGIAVFDGK KITVTG TLW NGNKIIDERL ITPDGSMLFR VTINSGGSGG GGSGGSSSGG LEVLFQ

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分子 #2: Endothelin-1

分子名称: Endothelin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 2.497951 KDa
配列文字列:
CSCSSLMDKE CVYFCHLDII W

UniProtKB: Endothelin-1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 10408 / 平均露光時間: 2.3 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 260085
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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