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- EMDB-35766: Structure and characteristics of a photosystem II supercomplex co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35766
タイトルStructure and characteristics of a photosystem II supercomplex containing monomeric LHCX and dimeric FCPII antennae from the diatom Thalassiosira pseudonana
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of PSII-FCPII supercomplex containing monomeric LHCX and dimeric FCPII from Thalassiosira pseudonana
    • タンパク質・ペプチド: x 29種
  • リガンド: x 19種
キーワードPSII supercomplex / LHCX / FCP / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / plastid ...light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / plastid / extrinsic component of membrane / photosystem II / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / response to light stimulus / photosynthesis / respiratory electron transport chain / chloroplast / electron transfer activity / protein stabilization / oxidoreductase activity / iron ion binding / calcium ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II Psb31 protein / Photosystem II Psb31 protein / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain ...Photosystem II Psb31 protein / Photosystem II Psb31 protein / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Photosystem II protein D1 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein Z ...Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit beta / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II protein D1 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein-LI818 clade / Uncharacterized protein / Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade / Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6 / Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein, major type / Photosystem II reaction center M protein, plastid / Oxygen-evolving enhancer protein 1 / PSII 6.1 kDa protein / Photosystem II Psb31 protein domain-containing protein / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Thalassiosira pseudonana (珪藻)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Feng Y / Li ZH / Wang WD / Shen JR
資金援助 中国, 9件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences2019YFA0906300 中国
Chinese Academy of Sciences2021YFA1300403 中国
Chinese Academy of SciencesXDA26050402 中国
Chinese Academy of SciencesXDB17000000 中国
Chinese Academy of Sciences2020081 中国
Chinese Academy of SciencesJCTD-2020-06 中国
Chinese Academy of SciencesYSBR-004 中国
Chinese Academy of Sciences31970260 中国
Chinese Academy of Sciences32222007 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structure of a diatom photosystem II supercomplex containing a member of Lhcx family and dimeric FCPII.
著者: Yue Feng / Zhenhua Li / Xiaoyi Li / Lili Shen / Xueyang Liu / Cuicui Zhou / Jinyang Zhang / Min Sang / Guangye Han / Wenqiang Yang / Tingyun Kuang / Wenda Wang / Jian-Ren Shen /
要旨: Diatoms rely on fucoxanthin chlorophyll -binding proteins (FCPs) for their great success in oceans, which have a great diversity in their pigment, protein compositions, and subunit organizations. We ...Diatoms rely on fucoxanthin chlorophyll -binding proteins (FCPs) for their great success in oceans, which have a great diversity in their pigment, protein compositions, and subunit organizations. We report a unique structure of photosystem II (PSII)-FCPII supercomplex from at 2.68-Å resolution by cryo-electron microscopy. FCPIIs within this PSII-FCPII supercomplex exist in dimers and monomers, and a homodimer and a heterodimer were found to bind to a PSII core. The FCPII homodimer is formed by Lhcf7 and associates with PSII through an Lhcx family antenna Lhcx6_1, whereas the heterodimer is formed by Lhcf6 and Lhcf11 and connects to the core together with an Lhcf5 monomer through Lhca2 monomer. An extended pigment network consisting of diatoxanthins, diadinoxanthins, fucoxanthins, and chlorophylls is revealed, which functions in efficient light harvesting, energy transfer, and dissipation. These results provide a structural basis for revealing the energy transfer and dissipation mechanisms and also for the structural diversity of FCP antennas in diatoms.
履歴
登録2023年3月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月25日-
マップ公開2023年10月25日-
更新2023年11月8日-
現状2023年11月8日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35766.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35766.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 500 pix.
= 440. Å		0.88 Å/pix.
x 500 pix.
= 440. Å		0.88 Å/pix.
x 500 pix.
= 440. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.088
最小 - 最大-0.24096127 - 0.7193644
平均 (標準偏差)0.0009805791 (±0.023143515)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35766_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_35766_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of PSII-FCPII supercomplex containing monomeric LHCX an...

全体名称: Structure of PSII-FCPII supercomplex containing monomeric LHCX and dimeric FCPII from Thalassiosira pseudonana
要素
  • 複合体: Structure of PSII-FCPII supercomplex containing monomeric LHCX and dimeric FCPII from Thalassiosira pseudonana
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II Psb31 protein domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein J
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center M protein, plastid
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II subunit, PsbN.
    • タンパク質・ペプチド: Oxygen-evolving enhancer protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: PS II complex 12 kDa extrinsic protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c-550
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II subunit, PsbW
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center X protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein-LI818 clade
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Ycf12
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II subunit, PsbQ.
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein, major type
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: Chlorophyll c1
  • リガンド: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
  • リガンド: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
  • リガンド: Chlorophyll c2
  • リガンド: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15-octaen-17-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol

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超分子 #1: Structure of PSII-FCPII supercomplex containing monomeric LHCX an...

超分子名称: Structure of PSII-FCPII supercomplex containing monomeric LHCX and dimeric FCPII from Thalassiosira pseudonana
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#29
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)

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分子 #1: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 36.982176 KDa
配列文字列: VSLWERFCAW ITSTENRLYI GWFGCLMFPT LLTATSCFII AFIAAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIISG AVIPSSNAIG MHFYPIWEA ASVDEWLYNG GPYQLIVLHF LLGVASYMGR EWELSYRLGM RPWIFVAFSA PVAAASAVFL VYPIGQGSFS D GMPLGISG ...文字列:
VSLWERFCAW ITSTENRLYI GWFGCLMFPT LLTATSCFII AFIAAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIISG AVIPSSNAIG MHFYPIWEA ASVDEWLYNG GPYQLIVLHF LLGVASYMGR EWELSYRLGM RPWIFVAFSA PVAAASAVFL VYPIGQGSFS D GMPLGISG TFNFMLVFQA EHNILMHPFH MAGVAGVFGG SLFSAMHGSL VTSSLIRETT ENESTNYGYK FGQEEETYNI VA AHGYFGR LIFQYASFNN SRALHFFLAL WPVLGIWLTA MGISTMAFNL NGFNFNQSVV DSQGRVINTW ADIINRADLG MEV MHERNA HNFPLDL

UniProtKB: Photosystem II protein D1

+
分子 #2: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 56.465262 KDa
配列文字列: MALPWYRVHT VVLNDPGRLI SVHLMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLNPMWRQGM FVMPFMTRLG ITDSWGGWSI TGESVSNPG LWSFEGVALS HIVLSGMCFL AAIWHWVYWD LELFRDPRTG EPALDLPKIF GIHLLLSGLL CFGFGAFHVT G LFGPGIWV ...文字列:
MALPWYRVHT VVLNDPGRLI SVHLMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLNPMWRQGM FVMPFMTRLG ITDSWGGWSI TGESVSNPG LWSFEGVALS HIVLSGMCFL AAIWHWVYWD LELFRDPRTG EPALDLPKIF GIHLLLSGLL CFGFGAFHVT G LFGPGIWV SDAYGITGKV QPVAPSWGAD GFNPFNPGGI AAHHIAAGIF GIFAGIFHLT VRPPQRLYRA LRMGNIETVL SS SISAVFW AAFVTSGTMW YGAAATPIEL FGPTRYQWDS GYFQQEIERQ VESSVTEGLS ESQAWSRIPD KLAFYDYIGN NPA KGGLFR SGPMDKGDGI AEAWLGHPIF RDKDGRELTV RRMPAFFETF PVILVDKDGI IRADIPFRRA ESKYSIEQVG VTVD FYGGK LNGQTFKDAP TVKKFARKAQ LGEVFEFDRT SLESDGVFRS SPRGWYTFGH ANFALLFFLG HLWHGGRTIF RDVFT GIGA EVTEQVEFGA FQKLGDKTTK KQGAV

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #3: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 51.776156 KDa
配列文字列: MKTLYSLRRY YHVETPFNSS IAGRDIESTG FAWWSGNARL INVSGKLLGA HVAHAGLMVF WAGAMILFEV SHFVPEKPLY EQGFICMQH LATLGYGIGP GGEITSTVPY FAVGVIHLIS SAVLGFGGIY HSLLGPDTLE ESFPFFGYDW RDKNKMTTIL G IHLCLLGL ...文字列:
MKTLYSLRRY YHVETPFNSS IAGRDIESTG FAWWSGNARL INVSGKLLGA HVAHAGLMVF WAGAMILFEV SHFVPEKPLY EQGFICMQH LATLGYGIGP GGEITSTVPY FAVGVIHLIS SAVLGFGGIY HSLLGPDTLE ESFPFFGYDW RDKNKMTTIL G IHLCLLGL GALLLVAKAM YLGGVYDTWA PGGGDVRYIT TPTLNPIVIF GYVFRSPFGG DGWVVSVNNM EDLVGGHIWV GI LCIVGGV WHIFTKPFSW ARRAFVWSGE AYLSYSLAAI SLMGFTASLY AWYNNTAYPS ELYGPTGPEA SQSQAFTFLV RDQ RLGANV SSAQGPTGLG KYLMRSPSGE IIFGGETMRF WDLRAPWVEP LRGPNGLDIN KIKNDIQPWQ ERRAAEYMTH APLG SLNSV GGVATEINSV NYVSPRSWLC CSHFFLGFFF LIGHWWHSGR ARAAAAGFEK GINRANEPVL SMRPI

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #4: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 39.089582 KDa
配列文字列: MTIAIGQNQE RGLFDLVDDW LKRDRFVFVG WSGILLFPTA YLAAGGWFTG TTFVTSWYTH GLASSYLEGC NFLTAAVSTP ANSMGHSLL LLWGPEAQGD FTRWCQIGGL WAFIALHGAF GLIGFCLRQF EIARLVGIRP YNAIAFSGPI AVFVSVFLLY P LGQASWFF ...文字列:
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UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #5: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 9.521692 KDa
配列文字列:
MSGGSTGERP FSDIITSVRY WIIHTITIPS LFVSGWLFIS TGLAYDVFGT PRPNEYFTQD RQQVPLVNDR FSAKQELEDL TKGL

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #6: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 4.913846 KDa
配列文字列:
MTKNINQPVA YPIFTFRWLA VHGLAIPTVF FLGGITAMQF IQR

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #7: Photosystem II Psb31 protein domain-containing protein

分子名称: Photosystem II Psb31 protein domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 18.176705 KDa
配列文字列:
MKIIALCLVA SAAAFAPAPV ERASTSLNMD RRMATAQIAT SAAVLAGLPS LALADGAKSA ATQSRARGIY GQRIAALESA VNAGDFGAV AAEKNAFILF NSGAIADKSK KSEAVKQTNA IFAAIRAKDA GALKSAYATY KGANDIKVIV ADKESGQGYS N DYDFKART TLGTIYVR

UniProtKB: Photosystem II Psb31 protein domain-containing protein

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 7.391801 KDa
配列文字列:
MALRTRLGEI LRPLNAEYGK VVPGWGTTPI MGLTMVLFLV FLLIILQIYN SSLIIENVDV DWANAI

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 3.940673 KDa
配列文字列:
MLTLKILVYT TVIFFVSLFI FGFLSSDPSR NPNR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein J

分子名称: Photosystem II reaction center protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 4.045768 KDa
配列文字列:
MVNTGRVPLW LVGLVGGFAV ITIVSLFIYG SYSGLGSSL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein J

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 4.98399 KDa
配列文字列:
MESLLLARLP EAYVVFSPLV DVFPVIPVFF LLLAFVWQAA VGFR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 4.367076 KDa
配列文字列:
MTGPNPNKQA VELNRTSLYW GLLLIFVLAV LFSSYFFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #13: Photosystem II reaction center M protein, plastid

分子名称: Photosystem II reaction center M protein, plastid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 12.05105 KDa
配列文字列:
MKSFQIVTLF AMIAATMAFA PNKAPQVAQR FAESGFDMKK AAIAAIPAAI ATPAFAMDSI VEALPTQTLS LEVQFGAYLA VLLGTFLPV LFLINLYIQT ESRKAGRDGG IDSE

UniProtKB: Photosystem II reaction center M protein, plastid

+
分子 #14: Photosystem II subunit, PsbN.

分子名称: Photosystem II subunit, PsbN. / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 詳細: Author stated that sequence was not found / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 2.571161 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

+
分子 #15: Oxygen-evolving enhancer protein 1

分子名称: Oxygen-evolving enhancer protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 32.168496 KDa
配列文字列: MKLVAALSLV AGVSAFAPAQ TNSRSTQLNA MKDDIAKVGA AALASAAIFG ITAAPAQAIT KSELNQLSYL QVKGTGLANR CSEVIGEDT ITPKSGARLV DMCIEPKAWA VEEEIGKAGK TEKKFVNSKV MTRQTYTLEG IEGSLKTDGG KIVFTEEEGI D YAPTTVQL ...文字列:
MKLVAALSLV AGVSAFAPAQ TNSRSTQLNA MKDDIAKVGA AALASAAIFG ITAAPAQAIT KSELNQLSYL QVKGTGLANR CSEVIGEDT ITPKSGARLV DMCIEPKAWA VEEEIGKAGK TEKKFVNSKV MTRQTYTLEG IEGSLKTDGG KIVFTEEEGI D YAPTTVQL PGGERVPFLF TVKELVATGN GGAFKPGFQM GGDFSVPSYR TGLFLDPKGR GGVTGYDMAV ALPGLQSGEE GD AELFKEN NKTFEVGNGR IEMEVNKVNA EESEIGGVFV ASQSGDTDMG SKVPKKILTK GIFYAKIQ

UniProtKB: Oxygen-evolving enhancer protein 1

+
分子 #16: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 3.314011 KDa
配列文字列:
MEALVYTFLL IGTLMVIFFA VFFRDTPR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #17: PS II complex 12 kDa extrinsic protein

分子名称: PS II complex 12 kDa extrinsic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 15.486596 KDa
配列文字列:
MKLAVIAALV SSAAAFAPNA QPAAQTALNA ESDRRSFLGA AAAFGAAALP LAANAVVDYE NVALLGGSQT VDLNNANVRA YLRMPGMYP AAAGKIVTHG PYKSVADVYN IPGLTNAEKE VIKKYESRFT AKAVAPEYAI DRINNGLYR

UniProtKB: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein

+
分子 #18: Cytochrome c-550

分子名称: Cytochrome c-550 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 17.713232 KDa
配列文字列:
MFKTYSKSFA CILFCIFNIF VVSASAIDLD EATRTVVTDS SGNTTVLTPE QVKRGKRLFN ATCGACHTGG ITKTNPNVGL DPEALSLAT PRRDNISALV DYLKNPTTYD GLESIAEIHP SIKSADIYPR MRSLTDEDLY SIAGHIMLQP KIVAEKWGGG K IY

UniProtKB: Photosystem II extrinsic protein V

+
分子 #19: Photosystem II subunit, PsbW

分子名称: Photosystem II subunit, PsbW / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 6.096549 KDa
配列文字列:
TEGTNEWFGV DDIRVLAVLF IGHYFILSLW LGQYGNATED DDADFFGEID YTGS

UniProtKB: PSII 6.1 kDa protein

+
分子 #20: Photosystem II reaction center X protein

分子名称: Photosystem II reaction center X protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 3.933643 KDa
配列文字列:
MTTSLANFIA SLTAGALVLS AIGIALIIIS KNDRVQRS

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein X

+
分子 #21: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 6.417546 KDa
配列文字列:
MITALTALFV LVSLALVVTV PVALATPGEW ETSKDQFNKI FQLWVGLVVA IATADGISTA I

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Z

+
分子 #22: Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade

分子名称: Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 24.10099 KDa
配列文字列: WNEAPRALPF GSAPPTLDGS LVGDVGFDPI GFSTAPFASF NNPIYQEGNF MTDVQWLREA ELTHGRIAQL AVVGFIWPAL FGTFPGNEN FGGADAYSYV NPLEAINHIP SLAIYQIVGG MAWVEYQRVQ RIKEQGKDRI SGDIGLAYPG GWNPFNINYS P EEYAEKQL ...文字列:
WNEAPRALPF GSAPPTLDGS LVGDVGFDPI GFSTAPFASF NNPIYQEGNF MTDVQWLREA ELTHGRIAQL AVVGFIWPAL FGTFPGNEN FGGADAYSYV NPLEAINHIP SLAIYQIVGG MAWVEYQRVQ RIKEQGKDRI SGDIGLAYPG GWNPFNINYS P EEYAEKQL QEIKHCRLAM LGAFGLFFQA LNSGEDIVSQ LSPAFAAPEY AAKAGYFLPQ GI

UniProtKB: Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade

+
分子 #23: Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid

分子名称: Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid
タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 21.058961 KDa
配列文字列: MMKLAVFASL IAGSSAFAPA QVGRASTSVQ AFENEIGVLP PTGFFDPAGL SDGISQEKFD SYRLAELKHG RAAMLAVLGY VAPETYRFG YDLIPGELST NDIPNGVAAI KAIPFGGWAQ MIAFVGCVET YGWFTSPTGV LDLPDDILAK RQTAELQHGR L AMLAFLEL ...文字列:
MMKLAVFASL IAGSSAFAPA QVGRASTSVQ AFENEIGVLP PTGFFDPAGL SDGISQEKFD SYRLAELKHG RAAMLAVLGY VAPETYRFG YDLIPGELST NDIPNGVAAI KAIPFGGWAQ MIAFVGCVET YGWFTSPTGV LDLPDDILAK RQTAELQHGR L AMLAFLEL IRHDSQNLAQ PGFDGLDNLI TGLPFLYN

UniProtKB: Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid

+
分子 #24: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 20.87267 KDa
配列文字列: MYKSLLIASS IAAASAFAPV QVAKTTTSLN AFESEIGAQA PLGFWDPLGF LDRADQETFD RLRYVELKHG RIAQLAFVGN LITRAGYHL PGDISLGRAF ADVPNGIAAI NGPDAISTAA LLQTLAFIGF LETRVMIDAT GESQFRGDFR NGFDFGWDKQ S PEWQTNKR ...文字列:
MYKSLLIASS IAAASAFAPV QVAKTTTSLN AFESEIGAQA PLGFWDPLGF LDRADQETFD RLRYVELKHG RIAQLAFVGN LITRAGYHL PGDISLGRAF ADVPNGIAAI NGPDAISTAA LLQTLAFIGF LETRVMIDAT GESQFRGDFR NGFDFGWDKQ S PEWQTNKR AIELNQGRAA MMGILGLMMH EQVG

UniProtKB: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6

+
分子 #25: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 5

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 21.402484 KDa
配列文字列: MYKSLLIASS IAAASAFAPA PVAKSTTAIN AFENELGAQP PLGFFDPLGM LDEAGQARFD RLRYVELKHG RICQLAFLGN IITRAGIHL PGAISLDGTK FSDIGNGWAG SFEVPKDGAL QILFFVGFLE LFVMKDVTGE GEFVGDFRNG ALDFGWDSFS E ETKLQKRA ...文字列:
MYKSLLIASS IAAASAFAPA PVAKSTTAIN AFENELGAQP PLGFFDPLGM LDEAGQARFD RLRYVELKHG RICQLAFLGN IITRAGIHL PGAISLDGTK FSDIGNGWAG SFEVPKDGAL QILFFVGFLE LFVMKDVTGE GEFVGDFRNG ALDFGWDSFS E ETKLQKRA IELNNGRAAM MGILGLMVHE QLGGELPIVG Q

UniProtKB: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 5

+
分子 #26: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein-LI818 clade

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein-LI818 clade / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 21.279365 KDa
配列文字列: MKLAIISTLI AGAAAFAPQT VGPSTSALSA TRAGLVGALP PVGFFDPAGF AAKASPEELA RYREVEIMHG RFAQMAVLGF IIPEKCAYD GAFGDDFLAP TGRALEAINT DPVWLALTLG VISALETLRL LQTEPGTRTD AKIEGLGWRP KSEAEFVNYQ V RELQQGRL ...文字列:
MKLAIISTLI AGAAAFAPQT VGPSTSALSA TRAGLVGALP PVGFFDPAGF AAKASPEELA RYREVEIMHG RFAQMAVLGF IIPEKCAYD GAFGDDFLAP TGRALEAINT DPVWLALTLG VISALETLRL LQTEPGTRTD AKIEGLGWRP KSEAEFVNYQ V RELQQGRL AMLAFAGEIA QELVNEKPLL VNLQDSGFVS W

UniProtKB: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein-LI818 clade

+
分子 #27: Photosystem II reaction center protein Ycf12

分子名称: Photosystem II reaction center protein Ycf12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 3.591463 KDa
配列文字列:
MVNWQVIGQL VSTGAIMLLG PAIIILLALK KGNL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Psb30

+
分子 #28: Photosystem II subunit, PsbQ.

分子名称: Photosystem II subunit, PsbQ. / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 22.439217 KDa
配列文字列: MKIVLALVAA SSVSAFAPQS NGRQSVAMQA ENSRREALST IAAATAAILP AAANAAAGES PRFSVFGVIG DGTSYSEGAA YGSDQSAET YSPYSVYGKV GSKDALFEAG NAGEIARKKG YIVESQKRLK NLPGYVEKKQ WFNVKDELTR YMYETRGAVR G LAQTPEQK ...文字列:
MKIVLALVAA SSVSAFAPQS NGRQSVAMQA ENSRREALST IAAATAAILP AAANAAAGES PRFSVFGVIG DGTSYSEGAA YGSDQSAET YSPYSVYGKV GSKDALFEAG NAGEIARKKG YIVESQKRLK NLPGYVEKKQ WFNVKDELTR YMYETRGAVR G LAQTPEQK KLAKAFFQAI EEASLQATLK NGDKCAAASA DSIKLLDQFY ASL

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #29: Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein, major type

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein, major type
タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 20.786684 KDa
配列文字列: MKSVIIASLA CSAAAFAPAQ VGRSSTAVQG FENEPGVIAP TGFFDPLGFT DDIDQEKFDQ YRTAELKHGR VAQLAVIGYI VPEIFRWGF DIAPGVACAD VPNGVAAIDA IPALGWAQII FAIGAVDVRG WFGNFDIGKP DLKGKDEERA LQELQHGRLA M LAILELLR ...文字列:
MKSVIIASLA CSAAAFAPAQ VGRSSTAVQG FENEPGVIAP TGFFDPLGFT DDIDQEKFDQ YRTAELKHGR VAQLAVIGYI VPEIFRWGF DIAPGVACAD VPNGVAAIDA IPALGWAQII FAIGAVDVRG WFGNFDIGKP DLKGKDEERA LQELQHGRLA M LAILELLR HDSQNLVKPG FDGLDNLITG LPFLY

UniProtKB: Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein, major type

+
分子 #30: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 22 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #31: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 2 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #32: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 2 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #33: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 183 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #34: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

+
分子 #35: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM

+
分子 #36: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 20 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #37: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 12 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #38: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 11 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #39: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 26 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #40: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #41: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 2 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #42: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #43: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 6 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #44: Chlorophyll c1

分子名称: Chlorophyll c1 / タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 3 / 式: KC1
分子量理論値: 610.941 Da
Chemical component information

ChemComp-KC1:
Chlorophyll c1

+
分子 #45: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5...

分子名称: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 29 / 式: A86
分子量理論値: 658.906 Da

+
分子 #46: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,be...

分子名称: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 10 / 式: DD6
分子量理論値: 582.855 Da
Chemical component information

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol

+
分子 #47: Chlorophyll c2

分子名称: Chlorophyll c2 / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 5 / 式: KC2
分子量理論値: 608.926 Da
Chemical component information

ChemComp-KC2:
Chlorophyll c2

+
分子 #48: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},...

分子名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15-octaen- ...名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15-octaen-17-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 2 / 式: ET4
分子量理論値: 566.856 Da
Chemical component information

ChemComp-ET4:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15-octaen-17-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / ジアトキサンチン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 97098
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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